Macgyver og teamet hans bruker en mobiltelefon og en fotball når de skal forsøke å finne en savnet spesialstyrkesoldat som skal være fanget og holdt i live i Midtøsten.

Etter å ha rotet til et oppdrag, går Riley undercover for å infiltrere en hackergruppe som truer dem amerikanske forsvarsministeren på livet.

Teamet må ta seg inn i hvelvet på et østeuropeisk casino for å stjele diamanter verdt en formue, som en terroristgruppe planlegger å bruke på en atombombe.

MacGyver blir kidnappet av Murdoc, men heldigvis har Mac både en nål tilgjengelig og skarpe tenner!

Teamet må avlyse alle Halloween-planer når de blir beordret til det fryktede Bermuda-triangelet. Her er oppdraget å redde visepresidentens sønn etter at flyet han var om bord gikk ned med en mystisk fange om bord.

En plastbøtte og en kassettspiller er hva Mac og teamet har til rådighet når de skal slokke en brann i en oljebrønn i en nigeriansk landsby.

For å lokke en kunsthandler som driver med svindel ut fra hjemmestedet sitt, “stjeler” MacGyver og Jack et verdifullt maleri. Men alt går ikke helt etter planen.

Teamet tar opp jakten på en terrorist som har sendt en leiesoldat for å stjele en stjålet beholder med nervegass. Jack gir Elwood en advarsel, og Wilt står overfor en viktig prøve på spionskolen.

Mac prøver å redde en gruppe studenter som er strandet på et synkende skip i Arktis, ved å kommunisere med lederen. Jack slår seg sammen med Elwood, mens Wilt og Leanna må flykte fra mystiske pistolmenn.

Politiet i Los Angeles avbryter teamets julefeiring ved å arrestere MacGyver for terrorisme, etter å ha funnet et lik i en bygning som er ødelagt av en bombe.

Når Macs erkefiende rigger huset hans med eksplosiver, bruker Mac det han har av hjelpemidler for å advare teamaet om at denne bomben kun er en distraksjon for en enda større bombe.

Samtidig som han deltar i en øvelse for agenter for å skape kamproboter, må Mac hjelpe sin største konkurrent, Allie. Noen har hacket seg inn i dataanlegget i bilen hennes, og kjøretøyet er på vei mot Pentagon. Jack skal på high school-reunion, og håper han kan få revansje over sin gamle rival som ble homecoming-king i stedet for ham.

Når noen bruker en av Jacks gamle CIA-identiteter i New Orleans, drar Mac og Matty dit for å finne ut hvem det kan være. Samtidig, finner Riley ut at Wilt og Leanna har sendt tekstmeldinger til hverandre.

Etter å ha betalt 10 millioner dollar for å få utlevert Murdoc, tar teamet på seg jobben med å beskytte ham mot hans tidligere mentor, Nicholas Helman som ønsker ham død. Jack innser at han fremdeles har følelser for Rileys mor, Diane.

MacGyver, Leanna, Riley og Bozer gir seg ut for å være par på bryllupsreise for å få informasjon om en serbisk krigsforbryter.

Mac, Jack og Riley forsøker å finne en tidligere informant som har gått til mafiaen, etter at han har blitt kidnappet og bragt til Tsjernobyl.

Mac og teamet tar opp jakten på en tidligere statsansatt vitenskapsmann som har stjålet klassifisert informasjon, og som ingen tidligere har klart å fange. Underveis treffer de igjen Colton-familien, som er på utkikk etter samme mann, men av helt andre grunner.

Teamet etterforsker det mistenkelige dødsfallet til en tidligere CIA-sjef. Sporene leder dem til en utro CIA-agent og et stort nettverk av pengeforfalskere.

Mac og Jack forsøker å redde en milliardærsønn som har blitt kidnappet av en tidligere militær.

MacGyver drar til Puerto Rico for å hjelpe en venn som har fått huset sitt ødelagt av en orkan. Her blir han tatt som gissel av ranere som forsøker å rane banken vennen er direktør i.

Mac og Riley blir angrepet av en gruppe maskerte menn etter å ha blitt bedt av regjeringen om å undersøke et mystisk objekt som krasjlandet i Nevada-ørkenen. Riley avdekker ny informasjon om Macs far.

MacGyver får en sjokkerende overraskelse når han prøver å fortelle Matty at han vil slutte i Phoenix Foundation.