MacGyver a Jack Dalton na Kubě hledají zločince Murdoc, se kterým mají nevyrovnané účty po jeho pokusu o atentát na centrálu společnosti Phoenix. Pátrání je zpočátku neúspěšné. Doma už Matty Webberová na ně čeká s novou úlohou. Agentka CIA Samantha Cageovo požádala MacGyver tým, aby vystopoval její kolegy, který před dvěma lety zmizel po neúspěšné operaci na Středním východě. Považovali ho za mrtvého, ale v současnosti se ozvali teroristé a požadují za něj výkupné.

Akce vysoko v oblacích nad Jižní Koreou skončí neúspěchem, protože Riley Davisová nedokáže střílet na jednoho z útočníků. Doma v centrále společnosti Phoenix se tým dozví, že hackerská skupina Bedlam 74 hledá Davisové hackerské alter ego, aby jí nabídla lukrativní práci. Matty Webberová chce, aby Riley vzala tuto nabídku a pomohla Phoenixu chytit zločince. Jack Dalton však není tímto plánem nadšený, obává se, že Riley se na tuto misi nehodí.

Agentura Phoenix se dozví, že východoevropská teroristická organizace Červená pěst plánuje velký útok a odcizila značné množství diamantů na jeho financování, které jsou nyní uloženy v trezoru kasina hotelu v Ázerbájdžánu. Agenti Phoenixu mají ukrást diamanty, určené na nákup zbraní hromadného ničení, ale dostat se do trezoru v kasinu hotelu bude problém. MacGyver vymyslí velmi odvážný a nebezpečný plán, v němž každý člen týmu bude muset podstoupit mimořádně vysoké osobní riziko.

MacGyver cestuje do Paříže, aby vypátral svého otce. Jack se zlobí, že ho nevzal s sebou a tajně ho sleduje. Po návratu domů se chce MacGyver s Jackem usmířit, ale Maca unese maskovaný muž. Samozřejmě, za únosem stojí jeho životní nepřítel Murdoc. Mac ale neví, o co tentokrát zloduchovi jde, ani to, kde se skrývá. Stačí mu pouze obyčejná jehla a vlastní zub, aby ze zajetí utekl a stihl zachránit další Murdocove oběti.

V Nigérii povstalci zapálili ropnou plošinu, aby vydírali vládu. Kromě toho zabraňují všem pokusům o likvidaci požáru. Společnost Phoenix má za úkol uhasit hořící ropu a MacGyver navrhuje použít bombu, která způsobí obrovskou tlakovou vlnu. Ale na cestě k hořícímu vrtu padne jeho tým do zajetí a skupina maskovaných povstalců ho odveze do vesnice. MacGyver má k záchraně své lidi znovu k dispozici pouze omezený výběr možností a prostředků, které musí rafinovat využít.

Z pověření agentury Phoenix má MacGyver v Ekvádoru zajistit, aby v nadcházejících prezidentských volbách nezvítězil plukovník Zarate, diktátor, který svrhl předchozího prezidenta a dostal se k moci násilím. Jeho protivník Hector León má sice ve volbách dobrou šanci, ale zároveň je na Zaratovom seznamu smrti, v patách má zabijáků, a navíc potřebuje naléhavou transplantaci srdce od dárce, jinak brzy zemře. Mac a Jack mají za úkol získat nové srdce, Riley a Cage musí bezpečně dopravit León do nemocnice. A to se snadněji plánuje než realizuje v nepřátelském terénu. MacGyver musí šikovně využít ohřívač a pálivé Tabasco, aby úspěšně doručil srdce na transplantaci a zároveň se zbavil rebelů, kteří chtějí zabít klíčového prezidentského kandidáta.

MacGyveruv tým musí zastavit kšeftaře s uměním Enza Lemairea, který výnosy z černého trhu financuje teroristy. Jelikož všechny své obchody realizuje výlučně přes prostředníka, MacGyver mu potřebuje hodit pořádnou návnadu, a tak vybere drahocennou malbu Věž z modrých koní. Jelikož vzácný obraz německého expresionisty Franze Marca visí ve vile belgického milionáře, Mac a Jack se musí stát na chvíli zloději ...

Společnost Phoenix pověří MacGyver tým složitým úkolem. Spojené státy měly zničit 50 kanystrů nervového plynu, laborant však vyčlenil jednu nádobu pro sebe a vražedný plyn nabízí na černém trhu. Mac, Jack a Cage mají ukradený plyn zajistit. Zatímco Mac a Jack čekají v laboratoři, přichází četa žoldáky vyslaných obávaným teroristům. Matty se rozhodne přenechat plyn žoldnéřům a tajně je sledovat, aby ji dovedli do centrály teroristů. Tam pak může MacGyver zasáhnout.

MacGyver se pokouší pomocí přepínače videa z think-tanku pomoci posádce výzkumné lodi, která uvízla v Arktidě. Na palubě se stala nehoda, nenaskočí nouzový generátor a teplota nadále klesá. Posádce i výzkumníkům hrozí, že v chladu zamrznou. Mezitím Jack unese Elwood, aby mu zachránil život. Pronásleduje ho totiž zločinec, se kterým se zapletl v minulosti, a žádá peníze, které mu Elwood stále dluží.

Policie v Los Angeles zatkne MacGyver přímo na vánočním večírku v jeho domě a obviní ho z terorismu. V budově, kterou při poslední akci zničila Maců bomba, totiž našli mrtvého muže ... Jsou Vánoce a MacGyver tým se těší na rozjímavý večer v Maců domě. Z toho však nic nebude. MacGyver zatknou a obviní, že usmrtil skladovatele bombou. Je pravda, že MacGyver při svém posledním zásahu opravdu musel vyhodit budovu do vzduchu. Jack ji však předtím prohledal a nenašel v ní živé duše. Členové týmu staví vše na záchranu Maca tak, aby neohrozily jeho status tajného agenta.

Cage sotva přežil Murdoc atentát a MacGyver tým se těší na několik klidných hodin dovolené. To se však nepodaří, protože někdo proměnil Macov dům na obrovskou bombu. Duch, Macov úhlavní nepřítel z Afghánistánu, se vrátil na scénu, aby se pomstil a naplnil celý jeho dům výbušninami. Zatímco jsou Mac s Jackem uvězněni v Podminovaný domě, musí přijít na to, jak gigantická bomba funguje a jak ji zneškodnit, zatímco Matty a ostatní členové týmu jim zvenčí aktivně jim pomáhají.

MacGyveruv tým se přihlásil do tvůrčí soutěže o nejlepší robotické bojové stroje. Americké vládní agentury představují vlastní prototypy moderního bezpilotního bojového vozidla a největší konkurencí je CIA. Mac však musí pomoci svému největšímu soupeři, když jeho soutěžní model bojového vozidla někdo hackne a nasměruje ho přímo na Pentagon. Když se jeho vozidlo stane neovladatelným, pro agenturu Phoenix začne zcela odlišná soutěž - soutěž o záchranu Pentagonu. Mezitím na setkání starých spolužáků Jack narazí na svého úhlavního nepřítele z dávných školních dob, Jimmyho. Jejich stará vzájemná antipatie je okamžitě zpět. Jakoby to nestačilo, vzápětí přichází tísňové volání od kolegyně Matty z týmu Phonix.

Když Matty zjistí, že kdosi v New Orleans reaktivitě Jackovu starou falešnou identitu Dukea Jacobyho, není moc nadšená. Spolu s Macem a Jackem cestují do New Orleans, aby celou záležitost objasnily. Očividně je za vším Jackova falešná manželka Dixi. A opravdu, v jejím domě najde Riley dalších 16 skrytých identit, které Dixi ukradla. Riley vypátrá Dixi, ale při jejím zadržení se objeví pár odporných ozbrojených chlapů ...

MacGyveruv tým se baví hraním hádanek, když se před dveřmi Macov domu náhle zjeví nájemný vrah Henry Fletcher a navrhuje Matty, že za výkupné 10 milionů dolarů a zaručení beztrestnosti doručí agentuře Phoenix zloducha Murdoc a jeho zločineckou bandu. Matty souhlasí s plánem dát Fletcherovi druhou šanci a vše se daří, ale jen do chvíle, kdy helikoptéra, v níž mají přivézt Murdoc, exploduje. Choromyslného zločince zřejmě pronásleduje ještě někdo další, kdo se mu chce pomstít.

MacGyveruv tým musí dopadnout srbského válečného zločince Borise Mitrovic, který již 20 let uniká Interpolu. Aby se k němu dostali, MacGyver pronásleduje jeho syna Omara. Ten se mezitím ubytuje se svou čerstvou nevěstou v luxusním hotelu ve Francii, aby si užili líbánky. Mac Leanna, Bozer a Riley se tam také objeví jako čerstvě sezdané páry, aby Omara - pokud možno nenápadně - přinutily promluvit.

MacGyveruv tým vyráží na novou misi na Ukrajinu. Informátor Sergej Neličuk, který chtěl do rukou CIA vydat šéfa místní mafie Dimitrije Pavloviče, je nezvěstný. Pátrání zavede Jacka, Riley a MacGyver až do radioaktivitou zamořené zóny v Černobylu, kam Neličuka zavlekli únosci. Mezitím se MacGyver dozvídá o Mattyiných lžích a chce se s ní setkat, aby si vyjasnili pozice.

Na scéně se objeví starý MacGyver známý Emil Beck, bývalý vládní zaměstnanec, který před mnoha lety ukradl tajné informace a pak zmizel. Společnost Phoenix pověří MacGyver tým, aby chytil Becka, ale ten je vždy o krok před svými pronásledovateli. Navíc Macov práci ztěžuje lovkyně hlav Mama Coltonová, která se doslechla o vysoké odměně za dopadení Becka, a bojuje o lukrativní trofej s celým svým týmem. Takovou skvělou příležitost získat velké peníze si přece nemůže dát ujít ...

Jacka navštíví celkem zničena Dawn. Její šéf z CIA přišel o život při autonehodě, ale ona si myslí, že šlo o vraždu. Krátce před svou smrtí jí Paul řekl, že někdo z CIA vydává falešné pasy, aby pašoval lidi do země. Společnost Phoenix celou záležitost přezkoumá a potvrdí, že Dawnino podezření bylo oprávněné. MacGyver lidé nyní musí nejen vypátrat nelegálních imigrantů a infiltrovaných uprchlíků, ale také odkrýt síť špinavých agentů a padělatelů, kteří se na zločinu podíleli - a to je riskantní podnik.

Agentura Phoenix získala nové informace o elektromagnetickému pulzní zbrani, kterou ukradli teroristé. V Soulu má dojít ke změně jejího majitele. MacGyver tým se vydá na cestu a kupců EMP pronásleduje až do Šanghaje. Tam chce elitní skupina žoldáků pod velením bývalého vojáka Moralese pulzní zbraní paralyzovat elektroniku výškové budovy a unést miliardáře Ralpha Jericha.

MacGyver a jeho tým odcestovali do Puerto Rica, aby pomohli Macovmu starému příteli Carlosovi při obnově jeho domu, který padl za oběť hurikánu Maria. Ale zpustošený dům již brzy přestává být Carlosova jediným problémem - bankovní lupiči přepadnou banku, kde pracuje, a vezmou ho jako rukojmí. Tým se horečně snaží najít způsob, jak Carlosovi pomoci, ale tlačí jejich čas, protože zločinci jsou extrémně bezohlední. A zároveň jsou pořádně chamtiví - chtějí ukrást dva miliony dolarů ...

Na příkaz vlády MacGyver a Riley Davisová odcházejí do nevadské pouště, aby prozkoumali pozoruhodný létající objekt, který náhle spadl z oblohy. Vědec Dr. Isaac Herman, který jim má pomáhat, zpočátku není moc ochotný s nimi spolupracovat. Pak se však na obrazovce objeví hrůzostrašné postavy a našemu triu nezbude, jen aby táhly za jeden provaz. Riley získá nové informace o MacGyverovom otci, ale váha, zda je má Macovi posunout.

Angus MacGyver se rozhodne odejít ze služeb vládní agentury Phoenix. Zaskočí ho však šokující překvapení, když se setká se svým vlastním otcem, po kterém tak dlouho pátral. Tajemství kolem MacGyverovho otce je konečně odhaleno. Ale namísto usmíření čeká na obou MacGyver nová mise. Jonah Walshovi, bývalému partnerovi MacGyver seniora, se dostane do rukou droga stimulující výkon, což nevěstí nic dobrého. Tým otec-syn stojí na pevných základech, ale musí překonat nejednu překážku. Nakonec dojde ke konfrontaci, která všechno změní ...