Mac ja Jack palaavat maailmalta sorvin ääreen etsittyään turhaan Macin kadonnutta isää ja vankilasta karannutta Murdocia. Uusi tehtävä vie heidät Lähi-itään pelastamaan vangittua amerikkalaissotilasta, josta terroristit vaativat lunnaita. Mukaan lyöttäytyy arvoituksellinen CIA-agentti Samantha Cage.

Jack huolestuu, kun Riley jäätyy ensin tosipaikassa ja saa sitten soolotehtävän. Hakkeriryhmä kiinnostuu Rileyn taidoista, ja hänen on soluttauduttava joukkoon selvittääkseen heidän aikeensa. Ylisuojeleva Jack vain on vaarantaa koko tehtävän.

Mac ja kumppanit matkustavat Azerbaidzaniin ryöstämään terroristiryhmän timantteja kasinon holvista, etteivät terroristit voisi käyttää timantteja iskunsa rahoittamiseen.

Murdoc palaa kuvioihin ja sieppaa Macin. Siitä pinteestä selvitään, ja Phoenix-tiimi saa vihiä Murdocin seuraavasta siirrosta - mutta mikä onkaan psykopaatin pirullisen suunnitelman perimmäinen päämäärä?

Macin ja kumppaneiden halloween-valmistelut keskeytyvät, kun heidät lähetetään etsimään varapresidentin poikaa tämän lentokoneen syöksyttyä maahan pahamaineisen Bermudan kolmion alueella. Tiimi päätyy hylättyyn sotilastukikohtaan salaperäisellä saarella ja pian selviää, että turmakoneessa kuljetettu vaarallinen vanki on elossa ja vapaalla jalalla.

Kun Mac ja Jack ovat selvittäneet itsensä tukalasta tilanteesta Suomen maaperällä, edessä on reissu Nigeriaan. Sisällissodan partaalla olevassa maassa riehuu öljykenttäpalo, joka pitäisi sammuttaa maan vaarallisesta tilanteesta huolimatta.

Ecuadorissa järjestetään presidentinvaalit, mutta vain yksi ehdokas uskaltaa asettautua itsensä valtaan nostanutta everstiä vastaan. Ongelmana on lisäksi se, että kyseinen ehdokas tarvitsee pikaisen sydämensiirron. Mac ja Jack rientävät hakemaan sydäntä ja sydänkirurgia Kolumbiasta, kun Riley ja Cage suojelevat presidenttiehdokasta everstin joukoilta. Bozer jää Los Angelesiin tekemään muita töitä ja hän selvittää samalla Jackin asuntoon kohdistunutta murtoa.

Kohteena on tällä kertaa varastetun taiteen kauppias, joka rahoittaa terroristeja. Ryhmä yrittää houkutella hänet esiin Franz Marcin arvokkaan Sinisten hevosten torni -taideteoksen avulla, mutta ensin kyseinen maalaus täytyy varastaa. Riley tapaa Elwood-isänsä (William Baldwin), ja koulutuksessa oleva Bozer törmää vakoilutoimintaan.

Kadonnut hermokaasukanisteri uhkaa päätyä terroristiryhmän haltuun - ja Mattyn siunauksella päätyykin, jotta ryhmä johtohahmoineen saadaan nalkkiin. Bozer törmää kipeään lapsuudenmuistoon yrittäessään läpäistä kuulustelukoetta. Riley lähentyy isänsä Elwoodin kanssa, joskin Jackilla on epäilyksensä miehen suhteen.

Jackille selviää, että Elwoodin perässä on vanha rikoskumppani. Nämä varastivat yhdessä arvokkaan baseball-pallon, jonka Elwood hävitti parantaessaan tapansa, ja nyt on tilinteon aika. Jack ja Riley yrittävät selvittää sotkun yksissä tuumin. Sillä välin Mac auttaa Jäämerellä merihätään joutuneen tutkimusaluksen pelastusoperaatiossa - etänä. Bozer ja Leanna joutuvat viimeiseen kokeeseen.

Joulupirskeet keskeytyvät, kun MacGyver pidätetään epäiltynä murhasta ja terroriteosta. Poliisin silmissä tapaus näyttää selvältä, mutta räjäytetystä varastorakennuksesta löytynyt ruumis ei kuulunut Phoenix-tiimin suunnitelmiin. Nyt Mac on saatava vapaaksi työnantajaansa paljastamatta.

Vaikka Cage selviääkin Murdocin hyökkäyksestä, Mac ja Jack joutuvat vuorostaan pinteeseen, kun toinen vanha vihollinen palaa maisemiin. "Kummitus" on virittänyt pirullisen ansan, mutta MacGyverin kodin alla makaava pommi ei ole ainoa laatuaan kaupungissa. Takaumissa palataan Afganistaniin ja siihen, kuinka Macin ja Jackin ystävyys sai alkunsa myrskyisissä merkeissä.

Mac ja Jack kohtaavat vanhat kilpailijansa, joskin eri ympyröissä. Jackin pyrkiessä nokittamaan lukioaikaisen vihamiehensä luokkakokouksessa Mac ottaa mittaa vanhasta ihastuksestaan kilpailussa, jossa etsitään uutta miehittämätöntä ajoneuvoa sotilaskäyttöön. Robottiauton lähtiessä omille teilleen tuhoisin seurauksin kilpakumppanien on yritettävä pysäyttää se yhteistuumin.

Jackin vanha CIA-peitenimi, Duke Jacoby, aktivoituu yllättäen New Orleansissa. Selvittäessään asiaa Phoenix-tiimi kohtaa Jacobyn vaimoa esittävän naisen, joka on saanut haltuunsa tietoja useammastakin agentista. Jackin epäonneksi Duken vanhat vihamiehet janoavat kostoa. Riley saa tietää Bozerin viestitelleen Leannan kanssa luvatta salaista kanavaa pitkin.

Murdocin palkolliset kääntyvät miestä vastaan ja luovuttavat tämän Phoenix-säätiölle miljoonasummasta - sillä ehdolla, että Mac ja Jack pannaan asialle. Konna saadaan jälleen kiikkiin, mutta ongelmia seuraa, kun kolmikko saa kimppuunsa Murdocin kostonjanoisen oppi-isän.

MacGyverin isän etsintä keskeytyy jälleen kerran, kun Mac, Jack ja Riley lähetetään ukrainalaisen rikollisjärjestön takinkääntäjän perään. Tehtävä vie kolmikon pahamaineisen Tsernobylin maisemiin. Sillä välin Matty haluaa Bozerin selvittävän, kuka hänen kotiinsa murtautui - vaikka Bozer epäileekin pomonsa tietävän jo totuuden.

Jäljittäessään tällä kertaa valtion salaista tietoa varastanutta petturia Phoenix-tiimi törmää tuttuihin palkkionmetsästäjiin, Coltonin perheeseen. Keskinäinen nokittelu uhkaa kostautua, kun varastettu tieto osoittautuu vaaralliseksi aseeksi.

New Orleansista tuttu ex-huijari Dawn alias Dixie kertoo Jackille CIA-miehen kuolemaan liittyvästä sotkusta. Phoenix-tiimin ryhtyessä tutkimaan asiaa selviää, että joku CIA:ssa pyörittää väärennösrinkiä.

Phoenix-tiimi pääsee aiemmin kadottamansa EMP-aseen jäljille. Paljastuu, että entisen erikoisjoukkojen sotilaan johtama kopla on ottanut kohteekseen miljardööri Ralph Jericon. Mac ja Jack seuraavat konnia Pekingiin, missä seuraa kilpajuoksu pilvenpiirtäjässä, kun koplan todellinen suunnitelma paljastuu.

MacGyver ja kumppanit matkustavat Puerto Ricoon auttamaan Macin vanhan armeijatoverin, Carlosin, hurrikaanin runteleman kodin jälleenrakennuksessa. Matkaan tulee mutkia, kun konnakopla yrittää varastaa miljoonien edestä avustusrahoja paikallisesta pankista, jonka johtaja Carlos sattuu olemaan. Mac hankkiutuu panttivangiksi selvittääkseen tilanteen sisältä käsin.

Nevadan autiomaahan putoaa salaperäinen esine, jota Mac ja Riley lähetetään tutkimaan. Esine kiinnostaa muitakin tahoja, ja ajojahdin myötä päädytään arvoitukselliselle Alue 51:lle. Matty hiillostaa Jackia kotiinsa tehdystä murrosta. Vaikka Matty vaikeneekin Macin isästä, totuus on askeleen lähempänä.

Mac päättää jättää Phoenix-säätiön, koska ei voi enää työskennellä Mattyn alaisuudessa. Vain ylempi taho voi hyväksyä eron, ja Mac kokee elämänsä yllätyksen, kun kyseinen taho osoittautuu hänen isäkseen. Selitysten aika on myöhemmin, sillä ensin pitäisi estää isä-MacGyverin entisen ystävän rikolliset puuhat.