Mit Hilfe eines Mobiltelefons und eines Fußballs suchen MacGyver und das Team nach einem Navy SEAL, von dem man glaubt, dass er in Gefangenschaft im Nahen Osten lebt.

Mithilfe einer Halskette und eines Mikrowellensenders versuchen Mac und das Team, Riley ausfindig zu machen, nachdem ihre erste Solo-Mission mit einer Gruppe gefährlicher Hacker schief gelaufen ist

Mit Hilfe von Manschettenknöpfen und Draht gehen MacGyver und das Team undercover in ein Spielcasino, um Diamanten aus einem Tresor zu stehlen, bevor eine Terroristengruppe die Juwelen gegen eine Massenvernichtungswaffe eintauschen kann.

Als Murdoc MacGyver unter Drogen setzt und entführt, benutzt Mac eine Nadel und seine Zähne, um zu entkommen und sich dem Team anzuschließen, um Murdocs nächstes Opfer zu retten.

Das Team wird aus seinen Halloween-Plänen gerissen, als es sich in das gefürchtete Bermuda-Dreieck begibt, um den Sohn des Vizepräsidenten zu retten, nachdem sein Flugzeug mit einem mysteriösen Gefangenen an Bord abgestürzt ist.

Mit einem Kassettenrekorder und einem Plastikeimer versuchen Mac und das Team, ein großes Feuer in einem nigerianischen Dorf zu löschen, das von einer Rebellengruppe gelegt wurde, die versucht, die Regierung zu stürzen, indem sie deren wertvollste Ressource zerstört.

MacGyver setzt einen Heizlüfter und scharfe Soße ein, um einem wichtigen Präsidentschaftskandidaten in Ecuador zu helfen, eine Herztransplantation zu erhalten, die er dringend benötigt, nachdem eine Rebellengruppe versucht hat, die Lieferung des Organs zu sabotieren.

Als MacGyver und Jack mit Hilfe einer Tischdecke und eines Schnürsenkels ein unbezahlbares Gemälde "stehlen", um einen berüchtigten Kunsthändler aus seinem Versteck zu locken, werden sie vom Team des Händlers um das Gemälde betrogen. Außerdem bittet Rileys entfremdeter Vater Elwood darum, an ihrem Leben teilzuhaben, und Matty schickt Bozer in ein Spionage-Trainingslager.

Mac und das Team verfolgen eine Gruppe indonesischer Söldner, die eine tödliche Menge gestohlenen Nervengases transportieren, in der Hoffnung, sie zu ihrem gefährlichen Anführer zu führen. Außerdem konfrontiert Jack Elwood mit Riley, und Bozer wird in der Spionageschule bis an seine Grenzen gebracht.

Als 32 College-Studenten auf einem Forschungsschiff im Arktischen Ozean ohne Wärme und mit ausbrechenden Bränden gestrandet sind, entwickelt Mac per Videochat eine emotionale Bindung zu dem Gruppenleiter, der ihnen erzählt, wie sie überleben können, während sie auf ein Rettungsschiff warten. Außerdem entführt Jack Elwood, um herauszufinden, welchen Betrug er als Nächstes vorhat, und Bozers Gefühle für Leanna werden stärker.

Die LAPD unterbricht die Weihnachtsfeier des Teams, um Mac wegen Terrorismus zu verhaften, als sie eine Leiche in einem Gebäude finden, das durch eine von Mac gebaute Bombe zerstört wurde.

Als Mac und Jack in Macs Haus gefangen sind, das sein Erzfeind, The Ghost, mit Sprengstoff präpariert hat, benutzt Mac ein Karaoke-Mikrofon und einen Audio-Transformator, um das Team wissen zu lassen, dass diese Bombe eine Ablenkung für eine größere Bombe ist. Außerdem wird in Rückblenden Macs und Jacks umstrittenes erstes Treffen gezeigt.

Während Mac an einem Wettbewerb für Regierungsangestellte teilnimmt, bei dem es um die Entwicklung von Kampfrobotern geht, muss er seiner größten Konkurrentin Allie helfen, als ihr Fahrzeug gehackt wird und zum Pentagon fährt. Außerdem besucht Jack sein Highschool-Klassentreffen und hofft auf ein Kräftemessen mit seinem alten Rivalen, der ihn bei der Wahl zum Ballkönig geschlagen hat.

Als sich das Team nach New Orleans begibt, um den Hochstapler aufzuspüren, der sich als die Frau von "Duke Jacoby" ausgibt, einem von Jacks alten CIA-Decknamen, gerät Jack in Gefahr, als "Dukes" alte Feinde wieder auftauchen und auf Rache sinnen.

Nachdem sich einer von Murdocs Auftragskillern bereit erklärt hat, Murdoc im Tausch gegen 10 Millionen Dollar an MacGyver auszuliefern, muss das Team Murdoc vor seinem ehemaligen Mentor Nicholas Helman beschützen, der ihn töten will. Außerdem wird Jack klar, dass er immer noch Gefühle für Rileys Mutter Diane hegt.

Mac, Jack und Riley machen sich auf die Suche nach einem Mafioso, der zum Informanten geworden ist, nachdem er von einem internationalen Verbrecherboss entführt und nach Tschernobyl gebracht wurde, weil er befürchtet, dass er der CIA belastende Informationen liefert. Außerdem kämpft Bozer darum, ein Geheimnis vor Matty zu bewahren.

Als Matty und das Team nach einem ehemaligen Regierungstechniker suchen, der geheime Informationen gestohlen hat und sich seiner Verhaftung entzieht, treffen sie auf die Coltons, eine Familie von Kopfgeldjägern, die denselben Mann aus unterschiedlichen Gründen verfolgen.

Als Mac und das Team den verdächtigen Tod von Dawns CIA-Vorgesetztem untersuchen, führen die Beweise zu einem korrupten CIA-Agenten und einem großen Geldfälscherring.

Mac und Jack versuchen, den Sohn eines Milliardärs zu retten, nachdem er von einem ehemaligen Navy SEAL entführt wurde, der eine EMP-Waffe einsetzt, um die Strom- und Kommunikationsleitungen zu dem Wolkenkratzer in Shanghai, in dem der Junge lebt, zu kappen.

Während MacGyver in Puerto Rico seinem Freund beim Wiederaufbau seines vom Hurrikan zerstörten Hauses hilft, wird er in der Bank, die sein Freund leitet, als Geisel genommen, als Räuber versuchen, 2 Millionen Dollar zu stehlen.

Mac und Riley werden von einer Gruppe maskierter Männer angegriffen, nachdem die Regierung sie gebeten hat, ein mysteriöses Objekt zu untersuchen, das in der Wüste von Nevada eine Bruchlandung gemacht hat. Außerdem findet Riley neue Informationen über Macs Vater heraus, fragt sich aber, ob er sie ihm überbringen soll, nachdem er gesagt hat, er müsse weiterziehen.

MacGyver erlebt eine schockierende Überraschung, als er Matty mitteilen will, dass er aus der Phoenix Foundation aussteigt.