Een CIA-agent vraagt het team om haar te helpen een voormalige medewerker naar huis te halen waarvan men geloofde dat hij twee jaar geleden was vermoord, maar vermoedelijk gevangen wordt gehouden door terroristen.

Na het verknoeien van een missie, gaat Riley undercover om een hackergroep te infiltreren die zich richt tot de Amerikaanse minister van Defensie.

Het team moet inbreken in een kluis bij een Oost-Europees casino en een fortuin stelen aan diamanten die een terroristische groep wil gebruiken om massavernietigingswapens te kopen.

Murdoc vangt Mac op als onderdeel van zijn nieuwste schema, waarbij een basisschoolleraar genaamd Henry betrokken is.

Wanneer Halloween nadert, stuurt Matty het team naar de Bermudadriehoek om een groep soldaten te redden nadat hun vliegtuig ten onder is gegaan terwijl ze een mysterieuze gevangene vervoerden.

Met behulp van een cassettespeler en een plastic emmer proberen Mac en het team een grote oliebrand in een Nigeriaans dorp te doven. Een rebellengroep heeft deze oliebron aangestoken om zijn regering omver te werpen door hun meest waardevolle hulpbron te vernietigen.

MacGyver gebruikt een kachel en een tabasco-saus om een ??belangrijke presidentskandidaat in Ecuador te helpen een harttransplantatie te ontvangen die hij hard nodig heeft nadat een rebellengroep de levering van het donorhart probeert te saboteren.

Mac en het team moeten een kostbaar schilderij stelen om te voorkomen dat het op de zwarte markt terechtkomt. Bozer krijgt les op een spionnenschool. Riley moet om zien te gaan met de terugkeer van haar vervreemde vader.

Het team gaat achter een terrorist aan die een huurling heeft gestuurd om een gestolen bus met dodelijk zenuwgas terug te halen.

Mac communiceert met de leider van een groep studenten die gestrand zijn op een zinkend schip in het Noordpoolgebied. Jack werkt ondertussen samen met Elwood.

De LAPD onderbreekt de kerstviering van het team om Mac te arresteren voor binnenlands terrorisme wanneer ze een lijk vinden in een gebouw dat is verwoest door een bom die Mac bouwde.

Terwijl Mac probeert een bom onschadelijk te maken die zich onder zijn huis bevindt, herinnert hij zich hoe hij en Jack elkaar in Afghanistan ontmoetten.

While Mac participates in a challenge for government operatives to create robotic combat machines, he must help his biggest competitor, Allie, when her vehicle is hacked and heads to the Pentagon. Also, Jack attends his high school reunion, hoping for a showdown with his old rival who beat him out for homecoming king.

When the team heads to New Orleans to track down the con artist who is posing as the wife of “Duke Jacoby,” one of Jack’s old CIA aliases, Jack finds himself in jeopardy when “Duke’s” old enemies resurface looking for revenge.

MacGyver, Leanna, Riley and Bozer pose as honeymoon couples at a resort in order to gain information about a Serbian war criminal from his newly married son. Also, Bozer wonders if Matty knows about his relationship with Leanna, and Jack recruits Elwood to help him break into Matty’s home.

Mac, Jack and Riley set out to find a mobster-turned-informant after he’s kidnapped and taken to Chernobyl by an international crime boss who’s worried he will deliver incriminating information to the CIA. Also, Bozer struggles to keep a secret from Matty.

When Matty and the team search for a former government tech who stole classified intel and has been evading capture, they reunite with the Coltons, the family of bounty hunters, who are pursuing the same man for different reasons.

As Mac and the team investigate the suspicious death of Dawn's CIA supervisor, the evidence leads to a dirty CIA agent and a massive counterfeiting ring.

Mac and Jack attempt to rescue a billionaire’s son after he is kidnapped by a former Navy SEAL who uses an EMP weapon to cut off power and communication lines to the Shanghai skyscraper where the boy lives.

While MacGyver is in Puerto Rico helping his friend rebuild his hurricane-damaged home, he is taken hostage in the bank his friend manages when robbers attempt to steal $2 million.

Mac and Riley are attacked by a group of masked men after the government calls them in to examine a mysterious object that crash-landed in the Nevada desert. Also, Riley uncovers new information about Mac’s father but questions whether to deliver it to him after he says he needs to move on.

MacGyver gets a shocking surprise when he tries to tell Matty that he’s quitting the Phoenix Foundation.