עונה שנייה לדרמת המתח וההרפתקאות, הרימייק המצליח לסדרה הקלאסית הוותיקה. אנגוס "מק" מק'גייוור מקים ארגון חשאי יחד עם ממשלת ארה"ב, שבו הוא נלחם בטרור ומציל חיי אדם בעזרת כשרונו המיוחד לפתור בעיות בדרכים לא קונבנציוניליות.

מקגייוור והצוות נשלחים לקזינו באזרבייג'ן בזהות בדויה לפרוץ לכספת מאובטחת ומשוכללת ביותר במטרה לגנוב יהלומים ששייכים לארגון רדיקלי מסתורי שמתכנן להשתמש בהם למימון פיגוע טרור רחב היקף במקום בלתי ידוע.

ריילי יוצאת לבדה למשימה מול קבוצת האקרים מסוכנים שמתכננים לפגוע בשר ההגנה. כאשר חייה בסכנה הצוות כולו יוצא לאתר ולהציל אותה.

מרדוק מסמם וחוטף את מקגייוור והצוות מנסה להבין היכן מרדוק מחזיק אותו גם כדי למנוע ממנו את הקורבן הבא שלו.

צוות טקטי של הסי-איי-איי בפיקודו של בנו של סגן נשיא ארה"ב מטיס אסירה, אבל היא משתחררת ומרסקת את המטוס במשולש ברמודה. אנשי קרן פניקס נשלחים לחלץ את הצוות ולתפוס את האסירה, בלי לדעת מה מצפה להם.

הצוות נשלח לניגריה לכבות דליקה בבאר נפט, שארגון מורדים מקומי פוצץ בכדי למוטט את הממשל ולפתוח במלחמת אזרחים. כשהם מגיעים לאזור מתברר שהמידע שהם קיבלו לא מדויק, ועליהם לאלתר פתרון במהירות.

הצוות נשלח לאקוודור, להציל את חייו של מועמד לנשיאות שזקוק להשתלת לב, בכדי שלא ישתלט על המדינה דיקטטור אכזרי. מישהו פורץ לדירה של ג'ק וגונב את הדסקיות של אבא שלו, ובוזר מחליט שהוא חייב למצוא אותן.

מקגייוור וג'ק מנהלים מרדף אחרי גנב של יצירות אמנות. בוזר נכנס לתוכנית הכשרה של סוכנים, ועל הדרך חושף מזימה דרמטית.

מכל גז עצבים שנועד להשמדה מוצע למכירה בשוק השחור, וארגון טרור אינדונזי עומד להשתמש בו לפיגוע, אז הצוות נשלח להשיג אותו. בוזר עובר מבחן חקירה, ונאלץ להתמודד עם הדבר הנורא ביותר שקרה לו בחייו.

לאחר פיצוץ מחסן נשק מקגיוור מואשם במותו של אזרח ששהה במקום ונעצר ע"י המשטרה, הצוות יוצא למירוץ נגד הזמן למצוא ראיות שיוכיחו את חפותו ולהציל אותו מאישום בפעולת טרור.

הרוח מטמין במרתף של מק פצצה ענקית, שמחוברת לכל דבר בבית שלו. מק וג'ק צריכים למצוא דרך לתקשר עם הצוות ולנטרל את הפצצה, וזה מזכיר להם איך הם הכירו לראשונה באפגניסטן.

הצוות משתתף בתחרות רכבי קרב רובוטיים ממשלתית, שבמהלכה יוצא הרכב של הסי-איי-איי משליטה, והם חייבים לעצור את הרובוט הקטלני. ג'ק נוסע לפגישת מחזור של התיכון שלו, ופוגש שם את אויבו המר.

דיוק ג'קובי, זהות בדויה ישנה של ג'ק מהסי-איי-איי, מופיעה שוב לפתע בניו אורלינס, ומתברר שנוכלת בשם דיקסי לי מתחזה לאשתו. ג'ק נאלץ לשוב לניו אורלינס ולהתחזות שוב לדיוק, כדי לעצור בעדה.

הנרי פלטשר בוגד במרדוק ומסגיר אותו לידי מק וג'ק, אבל כשהם מסיעים אותו חזרה לכלא, מתברר שמישהו מנסה לחסל אותו, והם נאלצים להגן עליו.

בנו של פושע מלחמה סרבי מגיע לירח דבש באתר נופש בצרפת, אז מאטי שולחת את ריילי ובוזר ומק וליאנה להתחזות לזוגות בירח דבש ולגלות היכן מסתתר אביו. במקביל, ג'ק, ג'יל ואלווד מנסים לפרוץ לכספת של מאטי.

מאפיונר אוקראיני שמשתף פעולה עם הסי-אי-איי, נעלם בצ'רנוביל, אז מק, ג'ק וריילי נשלחים לחלץ אותו, אבל מתברר שזה לא כזה פשוט. במקביל, מאטי מבקשת מבוזר לגלות מי פרץ לבית שלה, והוא לא יודע מה לעשות.

איש מחשבים בממשלת ארה"ב שגנב מידע סודי ונמלט מהמדינה, שב לפתע לארה"ב לאחר שהוא חמק מג'ק ומאטי במשך שנים רבות. הצוות נשלח ללכוד אותו, אבל מתברר שגם ציידי הראשים ממשפחת קולטון רודפים אחריו.

דון מופיעה לפתע בביתו של ג'ק ומבקשת ממנו עזרה. היא מספרת לצוות שהבוס שלה בסי-איי-איי נרצח כשהוא גילה שמישהו בסי-איי-איי מזייף דרכונים, אבל חוץ מג'ק, אף אחד מחברי הצוות לא מאמין לה.

הצוות מגלה שמתקן הפעימה האלקטרומגנטית שריילי איבדה מוצע למכירה, אז הם טסים לסיאול כדי להחזיר אותו.

הצוות יוצא לחופשה בפורטו ריקו, אבל במקום לבלות, הם עוזרים לקרלוס, חבר של מק מהצבא לשפץ את ביתו שנהרס בהוריקן מריה. בדיוק כשהם עומדים לחזור ללוס אנג'לס, קרלוס נעלם.

עב"מ מתרסק במדבר נבדה, ומאטי שולחת את מק וריילי לעזור לצבא לברר במה מדובר.

בפרק האחרון לעונה, למק נמאס מהשקרים של מאטי והוא מחליט להתפטר מפניקס. מאטי אומרת לו שהוא צריך להגיש את בקשתו למבקר, והוא נדהם לגלות מי זה.