Agenci specjalni Angus MacGyver i Jack Dalton jednoczą siły, by odzyskać skradzioną broń biologiczną. Tajemniczy wirus może zabić setki tysięcy ludzi. Muszą wykazać się niezwykłą intuicją i spostrzegawczością.

MacGyver i jego towarzysze próbują uratować Sarę, byłą partnerkę Jacka z CIA. Kobieta zaginęła w Wenezueli po znalezieniu dowodów obciążających handlarzy bronią. Zgromadzone przez nią informacje zniszczyłyby międzynarodową siatkę przestępczą.

Malezja. MacGyver i jego towarzysze muszą odnaleźć Ralpha, księgowego grupy terrorystycznej. Tylko on wie, gdzie jest planowany kolejny zamach. Wkrótce jednak mężczyzna zostaje postrzelony. Agenci usiłują utrzymać go przy życiu, by poznać zamiary przestępców.

Mac i Jack, by rozbroić sowiecką głowicę bojową, jednoczą siły z agentami podobnymi do siebie - rosyjskim programistą bomb oraz jego wycofanym pomocnikiem. Niestety, dysponują jedynie przestarzałym komputerem, który nagle przestaje z nimi współpracować. Mac musi szybko go naprawić przy pomocy taśmy klejącej i kabla.

Mając do dyspozycji podłokietnik, karnisz i wykałaczkę, MacGyver musi naprawić uszkodzony pociąg. To nie lada wyzwanie, zwłaszcza że na jego pomoc oczekuje pewna informatorka. Kobieta posiada cenne dowody obciążające jej szefa, który sprzedaje broń wrogom Stanów Zjednoczonych.

Using only a wrench and rope, MacGyver must diffuse a bomb set near the United Nations by his old nemesis, “The Ghost”, a notorious criminal whose work killed his mentor, and track him down before he strikes again.

MacGyver is tasked to go undercover as an inmate in a maximum security prison to break out El Noche, a notorious drug kingpin, using only batteries and salt, and track him to his cartel's secret location and dismantle it.

When MacGyver comes face to face with Murdoc, an international assassin hired to kill him, Mac must defend both himself and Bozer, armed with only a corkscrew and paper towel rolls. Also, Bozer feels completely betrayed when he finally learns Mac's true identity.

Wiltowi udaje się wreszcie przekonać Maca do powrotu do ich rodzinnego miasta. Już wkrótce muszą się jednak zmierzyć z porywaczami miejscowej studentki nauk ścisłych, próbującymi zmusić jej ojca do popełnienia w ich imieniu zbrodni.

Zespół udaje się do Szanghaju. Mając do dyspozycji jedynie mikrofalówkę i rozgałęźnik elektryczny, MacGyver i Jack muszą odnaleźć Riley, która zniknęła po przeprowadzeniu ataku hackerskiego na Amerykańską Agencję Bezpieczeństwa Narodowego (NSA), co mogło zapoczątkować III wojnę światową.

Korzystając ze śrubokręta i środka na owady MacGyver musi znaleźć pracującego dla amerykańskiego rządu agenta, który przekazuje tajne informacje organizacji próbującej zniszczyć Fundację Fenix.

Angus i Jack chwytają zbrodniarza wojennego. W drodze powrotnej ich helikopter rozbija się w dzikim rejonie Kazachstanu. Wskutek wypadku pilot zostaje ranny, a więzień ucieka z bronią Jacka. Korzystając z kawałka metalu i butelki wody, Mac musi wezwać pomoc do umierającego pilota. Istnieje także obawa, że w każdej chwili zbiegły przestępca może wziąć ich na zakładników.

Angus i Jack natrafiają na ślad ściganego federalnym listem gończym zbiega, Douglasa Bishopa, który utrzymuje, że zmuszano go do współpracy ze skorumpowanym agentem FBI. Okazuje się, że życie uciekiniera jest zagrożone, a o jego bezpieczeństwo muszą się zatroszczyć tropiący go funkcjonariusze. Ponadto próbują odkryć tożsamość niedawnego mocodawcy Bishopa. Tymczasem Bozer i Riley poznają wyniki swojej pracy.

San Francisco. O zmroku ginie przechadzająca się po parku para zakochanych, Vanessa Frank i Daniel Lee. Sposób działania mordercy do złudzenia przypomina zbrodnie dokonywane na przełomie lat 60. i 70. XX w. przez nieobliczalnego Zodiaka. Okazuje się, że denatka była chrześnicą Matty. Angus angażuje się w rozwikłanie tej tajemniczej zbrodni. Przy użyciu narzędzia do zbierania pyłu elektrostatycznego i nadajnika Wi-Fi znajduje pierwszy ślad - odcisk buta.

Mac próbuje namierzyć współpracownika mafii. Wkrótce odkrywa, że poszukiwany został pojmany przez rodzinny klan łowców nagród. Problem jednak w tym, że tropiciele nie chcą wydać go konkurencji. Tymczasem Riley usiłuje zgłębić przeszłość Jacka i pani Matty.

Pierwsza zamorska podróż Bozera kończy się wielkim niepowodzeniem. Angus i jego współpracownicy zostają oskarżeni o planowanie zamachu terrorystycznego. W przebraniu stworzonym przy pomocy linijki i oleju kokosowego, muszą uciekać przed wymiarem sprawiedliwości. Chcą odzyskać dobre imię.

Zespół udaje się na Hawaje, by pomóc w działaniach operacyjnych po trzęsieniu ziemi. Po spotkaniu z członkami jednostki Five-0 Angus i Jack odkrywają, że ktoś wykorzystał tę tragedię do przeprowadzenia ataku na tajne laboratorium ministerstwa obrony.

Mac pomaga bliskiej przyjaciółce z M.I.T., która upozorowała swoją śmierć. Kobieta obawia się zamachu na swoje życie, bo nie wszystkim podobają się wyniki badań, które wkrótce zamierza opublikować. W sprawę angażuje się również Jack Dalton.

Fundacja Feniksa przechwytuje zlecenie zabójstwa, które miał wykonać Murdoc. W tej sytuacji Mac podszywa się pod przestępcę. Wilt i Riley szukają niepodważalnych dowodów, dzięki którym uda się skazać mordercę.

W Fundacji Fenix niespodziewanie pojawia się nowy naukowiec, niejaki doktor Zito. Wkrótce wychodzi na jaw, że Mac i jego współpracownicy mają do czynienia z oszustem. Mężczyzna został przysłany przez wrogą organizację, by włamać się do bazy Feniksa i uwolnić uwięzionego Horna.