Angus “Mac” MacGyver a Jack Dalton, speciální agenti z Oddělení vnější bezpečnosti, spojují síly, aby získali zpět ukradenou biozbraň, která může v mžiku zničit miliony lidí.

MacGyver a zbytek týmu se snaží zachránit Jackovu bývalou policejní partnerku, a také bývalou životní partnerku, která se ztratila ve Venezuele. Tam se vydala, jelikož získala důkaz, díky kterému mohla zatknout obchodníka s mezinárodními zbraněmi.

MacGyver a ostatní jsou v Malajsii, kde je jejich cílem dostat se k muži jménem Ralph, jenž se stará o peníze teroristické skupiny a ví klíčové informace o nastávajícím útoku. Mise se však pokazí, když je tento muž postřelen a MacGyver jej tak musí udržet při životě jen s omezenými možnostmi a zároveň se od něj dozvědět plán teroristů.

Mac a Jack se spojí se svými staršími verzemi – ruským bombovým programátorem a jeho odcizeným pomocníkem, aby v Moskvě zastavili jaderné hlavice z dob Sovětského svazu. Avšak když přestane fungovat počítač potřebný k jejich vypnutí, musí Mac najít způsob, jak jej opravit, aby zabránil nové Studené válce.

MacGyver musí opravit sabotovaný vlak, a to pouze s pomocí loketní opěrky, garnýže a párátka, aby ochránil člověka, který našel důkaz, že jeho šéf prodává zbraně nepřátelům.

MacGyver je zaúkolován, aby šel v přestrojení do vězení s maximální ostrahou, aby za použití baterií a soli pomohl utéci El Nochovi, šéfovi drogového podsvětí, a poté jej sledoval až k tajnému sídlu jeho kartelu, jehož operace musí ukončit.

MacGyver se ocitne tváří v tvář nájemnému vrahovi, který jej má zabít, a proto se dostane Mac do situace, kde musí bránit nejen sebe, ale i Bozera s pomocí vývrtky a rolí papírových ubrousků. Navíc se Bozer cítí být zrazen poté, co se o Macovi dozví pravdu.

Pomocí dláta a krabičky zápalek musí MacGyver společně s týmem ochránit sebe a zaměstnance na americké ambasádě v Lotyšsku před extrémisty, kteří se snaží získat jejich zajatého vůdce. Bozer musí čelit velkému rozhodnutí, jelikož nyní ví, kdo Mac opravdu je.

Mac a ostatní jedou na výlet do Macova a Bozerova rodného města, ale nemají čas na vzpomínky, jelikož musejí najít geniální Valerii, která byla unesena z Macovy bývalé školy. Pomocí kleští a drátů k reproduktorům se Mac snaží zachránit mladého génia, se kterým toho má hodně společného.

MacGyver a Jack za použití mikrovlnky a rozdvojky hledají Riley, která záhadně zmizela a nabourala se do sítě Národní bezpečnostní agentury a může tak vyvolat třetí světovou válku. Bozer se vydává na svou první misi a Jack promluví o své minulosti s Rileyinou matkou Diane.

Za použití šroubováku a spreje na hmyz musí MacGyver zjistit, kdo je zrádcem v americké vládě, který předává tajné informace organizaci, která se snaží zničit Phoenix Foundation. Na pomoc přichází také Sarah a také se objevuje Nikki, avšak Mac si není jistý, na jaké straně vlastně Nikki je.

Poté, co se Mac a Jack vracejí se zajatcem, jejich helikoptéra se zřítí do odlehlé oblasti v Kazachstánu. Jejich pilotka je zraněná a zajatec uprchne s Jackovou pistolí. Jen s pomocí pár věcí musí Mac přivolat pomoc, jelikož se pilotčino zranění zhoršuje a jsou v oblasti plné nepřátel.

S pomocí rybářského náčiní musejí Mac a Jack vystopovat zkorumpovaného agenta FBI, který hodil vraždu na někoho jiného. Navíc jsou všichni v týmu nervózní z jejich prvního ohodnocení od nové šéfové Matty.

Matty společně s ostatními odjíždí do San Franciska vyřešit vraždu její kmotřenky a jejího přítele. Vychází najevo, že za vraždami stojí vrah ze sedmdesátých let Zodiac.

Když jsou Mac s Jackem na stopě nebezpečnému uprchlíkovi Aaronu Deckardovi, tak narazí na rodinu Coltonových, kteří jsou lovci odměn a kteří chytili jejich cíl sami. Mac tak musí vymyslet, jak kriminálníka získat, jelikož si Coltonovi nejsou vědomi, v jaké nebezpečné situaci se objevili. Bozer a Riley se mezitím nabourávají do Jackovy tajné složky, aby se dozvěděli o jeho minulosti s Matty.

Bozerova první zahraniční mise se pokazí, když jsou Mac a zbytek týmu obviněni z teroristického útoku a Phoenix Foundation se od nich distancuje. V přestrojení se tak musí vyhnout policii a očistit svá jména, a to bez podpory z Phoenixu.

CROSSOVER SE SERIÁLEM HAWAII FIVE-O. Mac s týmem odjíždí pomoct na Havaj, jelikož zde bylo zemětřesení. Spojí se zde s Chinem a Kono z Five-O, aby zachránili tým vědců, kteří jsou uvězněni v troskách zřícené budovy. Když však pracují na jejich záchraně, tak zjistí, že v budově je další skupina, která zde přišla ukrást nebezpečnou zbraň.

Mac a Jack pomáhají Macově kamarádce z M.I.T. poté, co nafinguje svou vlastní smrt, aby zabránila svému zabití, neboť pracuje na významném vědeckém projektu.

Když tým zachytne zprávu teroristické skupiny, která byla zaslána Murdocovi, musí Mac předstírat, že je tento psychopat, aby zachránil určený cíl a zjistil, proč byl Murdoc najat, aby ho zabil.

Murdoc dává do chodu svůj plán pomsty proti MacGyverovi tím, že si najme svého nedávno propuštěného spoluvězně, který má za úkol infiltrovat Phoenix jako laboratorní technik a zabít všechny agenty uvnitř.