דרמת מתח והרפתקאות, הרימייק המצליח לסדרה הקלאסית הוותיקה, שכבשה את דמיוננו בשנות השמונים. אנגוס "מק" מק'גייוור בן ה- 20 פלוס, מקים ארגון חשאי יחד עם ממשלת ארה"ב, שבו הוא נלחם בטרור ומציל חיי אדם.

שותפתו לשעבר של ג'ק נעצרת במהלך משימת ריגול בוונצואלה, אז הצוות נשלח לחלץ אותה. מבצע החילוץ מסתבך, אך למק דרכים משלו לפתור כל בעיה.

רו"ח של ארגון טרור נמלט מארה"ב למלזיה, והצוות נשלח לחטוף אותו, כדי לברר בעזרתו היכן יתבצע הפיגוע הבא של הארגון. במהלך החטיפה הרו"ח נורה, ומק צריך לאלתר במהירות כדי להציל את חייו.

אל"מ בדימוס מרוסיה מתכנן לפוצץ פצצה גרעינית, במטרה לחדש את המלחמה הקרה. הדרך היחידה לעצור בעדו, היא להיעזר במדען שבנה את הפצצה שערק לארה"ב ובמפעיל שלו מהקג"ב. השניים מזכירים מאוד את מק וג'ק.

באמצעות מסעד לזרוע, מוט וילון וקיסם שיניים, מקגייוור נדרש לעצור רכבת שדוהרת לקראת התרסקות, כדי להגן על עדה המחזיקה בהוכחה לכך שהבוס שלה מכר כלי נשק לאויבי ארה"ב.

מטען מוטמן סמוך לבניין האו"ם, במטרה לקטוע שיחות שלום. מק מזהה שיצרן הפצצה הוא אדם המכונה הרוח, שאחראי לייצור מאות מטענים, וכן למותו של המפקד שלו ביחידת החבלה, והוא נחוש לעצור אותו.

מק נשלח לכלא במסווה, כדי לרכוש את אמונו של ברון סמים מקסיקני, לברוח איתו מהכלא, ולשכנע אותו להוביל אותו למתחם הסודי שלו. ג'ק מסתווה לסוהר ועוזר לו, עד שהוא מועבר לאגף אחר ומק נשאר לבד.

הצוות מנסה לעצור מתנקש מסתורי, ולהפתעתם הם מגלים שהמטרה הבאה שלו היא מק עצמו. המתנקש מגיע לדירה של מק ובוזר, וכך בוזר מגלה להפתעתו מה מק באמת עושה בחיים.

הצוות נשלח ללכוד ראש ארגון טרור לטבי, אך הוא מספיק להזעיק את אנשיו. חברי הצוות תופסים מחסה בשגרירות ארה"ב, אבל מגלים שיש שם רק 4 חיילים, ושלתגבורת יקחו 6 שעות להגיע.

כשהמורה הנערץ למדעים של מק ובוזר מחטיבת הביניים מזמין את מק להרצות בפני הכיתה שלו מק ובוזר חוזרים לעיר הולדתם יחד עם הצוות אך הביקור הנוסטלגי מתדרדר במהירות כשאחת התלמידות נחטפת והצוות נחלץ לעזרתה.

לאחר פריצה למחשבי הסוכנות לבטחון לאומי, החשד נופל על ריילי שבדיוק נעלמה מהשטח. מק, ג'ק ובוזר נחושים למצוא אותה, לטהר את שמה ולנסות למנוע מלחמת עולם שלישית.

כאשר כל מה שיש לעזרתו הם מברג וספריי נגד חרקים, צריך מק לחשוף מי מעביר מידע סודי על פעילות קרן הפיניקס לארגון בעל מטרות זדוניות. ניקי מחליטה להופיע, אך מק לא בטוח שהוא יכול לסמוך עליה.

ג'ק ומק לוכדים פושע מלחמה בקזחסטן, אבל בדרך חזרה העניינים משתבשים. לג'ק ולמחליפה של תורנטון יש היסטוריה לא נעימה, והוא כועס שבחרו בה ולא בו.

ריילי מזהה בטעות פושע מרשימת המבוקשים של האף-בי-איי, וג'ק ומק יוצאים ללכוד אותו, ומגלים שהעסק הרבה יותר מורכב מכפי שזה נראה. מאטי עורכת לחברי הצוות ראיונות הערכה, וכולם מתים מפחד.

בת הסנדקות של מאטי נרצחת ע"י רוצח שפועל בדיוק בשיטות של רוצח הזודיאק משנות ה-60, שלא נלכד מעולם, ומבקשת מחברי הצוות לעזור לה להבין אם מדובר במקור או בחקיין, וללכוד אותו.

ג'ק ומק יוצאים ללכוד מאפיונר ארמני, אבל מגלים שיש להם תחרות. החבר'ה משגעים את ג'ק לגבי מה שקרה בינו לבין מאטי, אבל הוא לא מוכן לגלות להם.

מאטי מחליטה לשלוח את בוזר למשימת השטח הראשונה שלו, ובוחרת במשימת מעקב קלה באמסטרדם, אבל כמובן שהמצב משתבש, וחברי הצוות הופכים לטרוריסטים מבוקשים ומאטי נאלצת להתכחש להם.

מק והצוות מגיעים להוואי לעזור לכוחות הסיוע לאחר רעידת אדמה וחוברים לצמד שוטרים מקומיים (הבלשים צ'ין וקונו מהסדרה "הוואי 5-0") בניסיון לחלץ חבורת מדענים מסוכנות ממשלתית שלכודים בבניין שעומד לקרוס.

פרנקי, חברה טובה של מק מתקופת לימודיו באם-איי-טי, נהרגת בדליקה במעבדה שלה, וכשמק מגיע ללוויה שלה, הוא מגלה שהמנחה שלה נהרג חודש לפני כן, וזה גורם לו לחשוד שהיא נרצחה.

מקגייוור נאלץ להתחזות ליריב ותיק כדי לעצור ארגון טרור מסתורי מלבצע מתקפה גדולה ולומד על עצמו כמה דברים תוך כדי.

מרדוק ממשיך בתוכנית שלו להרוג את כל סוכני קרן פניקס, ומחליט לפעול דווקא ביום היחיד שג'ק לא מוכן לעבוד היות והוא מאמין שהיום הזה מביא מזל רע.

עונה שנייה לדרמת המתח וההרפתקאות, הרימייק המצליח לסדרה הקלאסית הוותיקה. אנגוס "מק" מק'גייוור מקים ארגון חשאי יחד עם ממשלת ארה"ב, שבו הוא נלחם בטרור ומציל חיי אדם בעזרת כשרונו המיוחד לפתור בעיות בדרכים לא קונבנציוניליות.

מקגייוור והצוות נשלחים לקזינו באזרבייג'ן בזהות בדויה לפרוץ לכספת מאובטחת ומשוכללת ביותר במטרה לגנוב יהלומים ששייכים לארגון רדיקלי מסתורי שמתכנן להשתמש בהם למימון פיגוע טרור רחב היקף במקום בלתי ידוע.

ריילי יוצאת לבדה למשימה מול קבוצת האקרים מסוכנים שמתכננים לפגוע בשר ההגנה. כאשר חייה בסכנה הצוות כולו יוצא לאתר ולהציל אותה.

מרדוק מסמם וחוטף את מקגייוור והצוות מנסה להבין היכן מרדוק מחזיק אותו גם כדי למנוע ממנו את הקורבן הבא שלו.

צוות טקטי של הסי-איי-איי בפיקודו של בנו של סגן נשיא ארה"ב מטיס אסירה, אבל היא משתחררת ומרסקת את המטוס במשולש ברמודה. אנשי קרן פניקס נשלחים לחלץ את הצוות ולתפוס את האסירה, בלי לדעת מה מצפה להם.

הצוות נשלח לניגריה לכבות דליקה בבאר נפט, שארגון מורדים מקומי פוצץ בכדי למוטט את הממשל ולפתוח במלחמת אזרחים. כשהם מגיעים לאזור מתברר שהמידע שהם קיבלו לא מדויק, ועליהם לאלתר פתרון במהירות.

הצוות נשלח לאקוודור, להציל את חייו של מועמד לנשיאות שזקוק להשתלת לב, בכדי שלא ישתלט על המדינה דיקטטור אכזרי. מישהו פורץ לדירה של ג'ק וגונב את הדסקיות של אבא שלו, ובוזר מחליט שהוא חייב למצוא אותן.

מקגייוור וג'ק מנהלים מרדף אחרי גנב של יצירות אמנות. בוזר נכנס לתוכנית הכשרה של סוכנים, ועל הדרך חושף מזימה דרמטית.

מכל גז עצבים שנועד להשמדה מוצע למכירה בשוק השחור, וארגון טרור אינדונזי עומד להשתמש בו לפיגוע, אז הצוות נשלח להשיג אותו. בוזר עובר מבחן חקירה, ונאלץ להתמודד עם הדבר הנורא ביותר שקרה לו בחייו.

ספינת מחקר תקועה באמצע האוקיינוס הארקטי, וחייהם של 32 סטודנטים נמצאים בסכנה מיידית, אז מק צריך להשתמש בכל יכולותיו כדי להציל אותם. בוזר וליאנה עוברים את המבחן הסופי שלהם.

לאחר פיצוץ מחסן נשק מקגיוור מואשם במותו של אזרח ששהה במקום ונעצר ע"י המשטרה, הצוות יוצא למירוץ נגד הזמן למצוא ראיות שיוכיחו את חפותו ולהציל אותו מאישום בפעולת טרור.

הרוח מטמין במרתף של מק פצצה ענקית, שמחוברת לכל דבר בבית שלו. מק וג'ק צריכים למצוא דרך לתקשר עם הצוות ולנטרל את הפצצה, וזה מזכיר להם איך הם הכירו לראשונה באפגניסטן.

הצוות משתתף בתחרות רכבי קרב רובוטיים ממשלתית, שבמהלכה יוצא הרכב של הסי-איי-איי משליטה, והם חייבים לעצור את הרובוט הקטלני. ג'ק נוסע לפגישת מחזור של התיכון שלו, ופוגש שם את אויבו המר.

דיוק ג'קובי, זהות בדויה ישנה של ג'ק מהסי-איי-איי, מופיעה שוב לפתע בניו אורלינס, ומתברר שנוכלת בשם דיקסי לי מתחזה לאשתו. ג'ק נאלץ לשוב לניו אורלינס ולהתחזות שוב לדיוק, כדי לעצור בעדה.

הנרי פלטשר בוגד במרדוק ומסגיר אותו לידי מק וג'ק, אבל כשהם מסיעים אותו חזרה לכלא, מתברר שמישהו מנסה לחסל אותו, והם נאלצים להגן עליו.

בנו של פושע מלחמה סרבי מגיע לירח דבש באתר נופש בצרפת, אז מאטי שולחת את ריילי ובוזר ומק וליאנה להתחזות לזוגות בירח דבש ולגלות היכן מסתתר אביו. במקביל, ג'ק, ג'יל ואלווד מנסים לפרוץ לכספת של מאטי.

מאפיונר אוקראיני שמשתף פעולה עם הסי-אי-איי, נעלם בצ'רנוביל, אז מק, ג'ק וריילי נשלחים לחלץ אותו, אבל מתברר שזה לא כזה פשוט. במקביל, מאטי מבקשת מבוזר לגלות מי פרץ לבית שלה, והוא לא יודע מה לעשות.

איש מחשבים בממשלת ארה"ב שגנב מידע סודי ונמלט מהמדינה, שב לפתע לארה"ב לאחר שהוא חמק מג'ק ומאטי במשך שנים רבות. הצוות נשלח ללכוד אותו, אבל מתברר שגם ציידי הראשים ממשפחת קולטון רודפים אחריו.

דון מופיעה לפתע בביתו של ג'ק ומבקשת ממנו עזרה. היא מספרת לצוות שהבוס שלה בסי-איי-איי נרצח כשהוא גילה שמישהו בסי-איי-איי מזייף דרכונים, אבל חוץ מג'ק, אף אחד מחברי הצוות לא מאמין לה.

הצוות מגלה שמתקן הפעימה האלקטרומגנטית שריילי איבדה מוצע למכירה, אז הם טסים לסיאול כדי להחזיר אותו.

הצוות יוצא לחופשה בפורטו ריקו, אבל במקום לבלות, הם עוזרים לקרלוס, חבר של מק מהצבא לשפץ את ביתו שנהרס בהוריקן מריה. בדיוק כשהם עומדים לחזור ללוס אנג'לס, קרלוס נעלם.

עב"מ מתרסק במדבר נבדה, ומאטי שולחת את מק וריילי לעזור לצבא לברר במה מדובר.

בפרק האחרון לעונה, למק נמאס מהשקרים של מאטי והוא מחליט להתפטר מפניקס. מאטי אומרת לו שהוא צריך להגיש את בקשתו למבקר, והוא נדהם לגלות מי זה.

שלושה חודשים אחרי שעזב, מק' מניח את המחלוקות עם אביו בצד, וחוזר ליחידה כאשר הוא שומע שג'ק הוא היעד החדש של דיקטטור רצחני.

חבר של ג'ק מכוח דלתא נקלע לצרות בהונדורס, אז הוא מקבץ שוב את חברי הצוות שלו אחרי שהם לא נפגשו במשך 10 שנים, כדי להציל את חברו ממוות. ריילי וליאנה נשלחות להשיג טלפון שמכיל פרטים על פושעים רבים.

בוזר, ליאנה, מק וריילי, נשלחים להתחזות לסטודנטים, כדי לגלות מי מגייס סטודנטים והופך אותם לטרוריסטים, בוזר ממש שמח לחזור לקולג' ומק מחשיב את זה כחוויה מתקנת. ג'ק מתלווה לבילי קולטון למרדף אחר נמלט.

מק וריילי טסים לגיאורגיה, למצוא מכלית חמצן שנעלמה בדרכה לבית חולים לילדים במהלך הפיכה, לחמוק מכוחות המורדים ולהביא אותה לבית החולים לפני שאוזלת אספקת החמצן של הילדים, דבר שמתברר כאתגר מאוד משמעותי.

ג'ים יוצא למבצע מיוחד לעצירת לואיס גומז במקסיקו, אבל המבצע משתבש, אז מק וג'ק יוצאים לחלץ אותו, ומגלים שזה הרבה יותר קשה ממה שהם חשבו. ריילי ובוזר מתחזים לזוג נשוי, כדי לחשוף מרגל סיני.

קסיאן, בנו של מרדוק, נחטף, ומרדוק חוטף את נאשה כדי לאלץ את מק לעזור לו לחלץ את בנו מחוטפיו. אז בזמן שמרדוק ומק מחפשים את קסיאן בקולומביה, צוות פניקס מחפש את נאשה בלוס אנג'לס.

מחשב ישן של סנטור נמצא במזבלה בגאנה והוא נסחט בגלל תמונות רגישות שנמצאות בו, אבל מתברר שיש בכונן גם קובץ סודי שקשור למאטי. היא שולחת את הצוות למשימה לא רשמית להחזיר את הכונן הקשיח לארה"ב.

מק והצוות יוצאים למסע לכידה מסוכן אחרי שקצין מודיעין אירי פונה אליהם בטענה שהוא יודע היכן נמצא "הרוח", יצרן פצצות קטלניות שמק מחפש כבר במשך שנים.

הצוות מוזעק למרכז לבקרת מחלות, בשל היעלמות של וירוס קטלני. מתברר שאחד המדענים במרכז גנב אותו, והצוות מנסה לאתר אותו לפני שתפרוץ מגפה שבה עלולים למות מיליוני אנשים.

מבריח סמים נעצר בקרואטיה ומאיים שאם הסי-איי-איי לא ישחרר אותו, הוא יחשוף את זהותו של איתן. מה שמאלץ את מאטי לשתף את הצוות בסיפורה, כדי שהם יצילו את איתן לפני שהוא ייחשף.

מק וג'ק נחטפים ע"י אדם מסתורי שמאלץ אותם לחוות תסריט בסגנון "המסור". מאטי שולחת את ריילי, בוזר וליאנה לגנוב יהלום שמכיל מידע על ארגון טרור מהנסיכה זהרה מבחרין.

ריילי מתחזה למנהיגת צוות גנבים בשם שרלוט קול, שאמורה לגנוב פצצה מלוכלכת עבור פעיל טרור, וטסה למוסקבה כדי לגנוב את הפצצה במקומה, אבל מתברר שזה לא כזה קל, והצוות נאלץ להיעזר בשרלוט עצמה.

מק לוקח את בוזר וריילי לסוף שבוע של הישרדות ביערות וושינגטון הפראים אך במהרה הם נתקלים בחבורת פושעים אלימים שחוטפים את מק כדי שיעזור להם לחפש אחר ארגז מסתורי.

ג'ק נשלח לפקד על צוות בינ"ל ללוחמה בטרור, וזה מחייב אותו לעזוב את פניקס, אבל לפני כן הוא יוצא למשימה אחת אחרונה, לעזור למאטי לעצור ראש ארגון פשע שמגיע לחתונת בתו, ומסכים להסגיר את עצמו בסופה.

דזי, המחליפה של ג'ק, מצליחה להפתיע את כל חברי הצוות, ומצטרפת אליהם למשימה הראשונה שלה, לעזור לחברה של מק מהצבא, שכיום היא סוכנת איי-טי-אף, לעצור מבריחי נשק שנעזרים בסוכן כפול.

הפניקס חייבים להחזיר גופת טייס שהתרסק עם המטוס בעת ניסוי מערכת מיפוי בלייזר אשר תוכננה על ידי מקגיוור. כמו כן, ריילי מנסה לזהות האקר מתוחכם במיוחד.

טכנאי בכספת הזרעים הבינ"ל בגרינלנד נעלם, הצוות נשלח לחקור מה קרה לו, והחקירה מובילה למה שעלול להיות תקרית בינ"ל עם קוריאה הצפונית. אבא של מק מתנהג מוזר, ומק מבקש מבוזר לעקוב אחריו.

מסע רציחות של גורמים באף-בי-איי מתחולל על ידי גורם מפתיע, אז הצוות נעזר באדם שמכיר את הרוצח מקרוב.

במהלך משימה בבוסניה, נתקלים מק ודזי בקבוצת פליטים מסוריה שהמבריח שלהם בגד בהם, ומסייעים להם. במקביל, מישהו מטמין מטען בלתי ניתן לנטרול בג'יפ של אבא של מק, ובוז תקוע בתוכו בלי יכולת לזוז.

זוג צעירים נעלמים במהלך טיול בדרום אמריקה ובמשרד החוץ לא מוכנים לחפש אותם, משום שהם השתתפו במשהו שמכונה אתגר התראת מסע, שבו מטיילים יוצאים בכוונה למקומות מסוכנים. צוות פניקס יוצאים לחלץ אותם.

ראש ארגון אס קומפני חוטף את משפחתו של איתן ודורש בתמורה רשימה של סוכני סי-איי-איי סמויים שהוחדרו לארגונו. איתן פונה למאטי לעזרה. ריילי טסה עם בילי למשימה בפריז.

בפרק סיום העונה, הטרוריסט שהטמין את המטען בג'יפ של ג'ים, מטמין מטען בבימ"ש ומכריח את מק לעשות בחירה בלתי אפשרית - להציל את חייו של חבר, או להציל מאות חפים מפשע.