觉醒了异能—“Excceed”的少女们，“青兰学园”对她们展开“Progress”的保护、育成。因为连接起来的5个世界而聚集起来的Progress，同持有强化她们力量的能力的“α驱动者”一同日夜刻苦地训练着。

纱夜等人结束了以御影葵为首的前辈进化者的模拟战斗。然后，以琐碎的话语为契机，纱夜和天音的关系发生着变化。另一方面，世界的敌人“衔尾蛇”与进化者的战斗也变得正式化了起来。

结束了与衔尾蛇战斗的纱夜她们，与出击的进化者们进行战斗。前往“龙神诸岛”调查。在那里，她们看到的是与衔尾蛇战斗的痕迹。

纱夜她们赶赴到黑之世界“Darkness Embrace”。在那里，对各个世界来说重要的能量“EXTRA”的减少已被确认。在进行调查的她们的面前，拦着路的是——

为了调査衔尾蛇的动向，纱夜她们朝着红色世界“Terra Rubri Aurora”进发。在那里等待着的是艾露艾露的朋友蕾米艾尔。堕落于黑暗之中的蕾米艾尔，问起艾露艾露“我们是朋友吧？”

因为堕落于黑暗的蕾米艾尔的一句话，艾露艾露深受伤害而烦恼着。于是纱夜安慰着那样的她。蕾米艾尔为了继续引诱艾露艾露出来，开始直接攻击红色世界水晶。为了取回蕾米艾尔，艾露艾露在烦恼的最后，说出的回答是——

从白色世界“System=White=Egma”的CODEΩ46赛妮娅那里收到了SOS信号，纱夜她们随即前往救援，但黑化的CODEΩ33卡莲阻挡在她们一行人的面前。卡莲为了攻略白色世界，而制作了个病毒…。

直接到白色世界水晶注入病毒，为了使世界水晶破坏，卡莲以超高速飞行。事到如今能够阻止她的，只有拥有加速的Excceed的斯特拉了。斯特拉一边受到纱夜她们的协助，一边尝试追击卡莲。

看到纱夜她们逐渐加深了羁绊，奈亚下定了决心。奈亚只身一人前往绿色世界“Gruneschild”，但是出现在她的前方的大量的敌人·衔尾蛇军团，前来阻挡。

纱夜去看望被冻结的天音，眼前黑化的御影葵出现了。葵的压倒性的力量面前，纱夜、阿尔玛莉亚、艾露艾露、斯特拉、奈亚她们5人也毫无办法。另一方面，超巨大的衔尾蛇同时也正在迫近青兰岛。

终于，在纱夜她们的面前阻挡的是最强的敌人。纱夜她们能够打倒超巨大的衔尾蛇，并拯救五个世界和α驱动者们吗？为了取回与天音的羁绊，“被选择的progress”纱夜她们挑战最后的决战。