In seguito a un disastroso attacco terroristico che stermina gran parte delle forze politiche, il Segretario della Casa e dello Sviluppo Urbano degli Stati Uniti d'America Tom Kirkman viene designato come nuovo Presidente e deve trovare un modo di far fronte alla più grande crisi che il Paese abbia mai affrontato.

E' il primo giorno ufficiale come Presidente per Tom e deve vedersela con tutte le crisi scaturite dall'attacco terroristico che ha eliminato l'intera struttura del governo. L'attuale capo dell'FBI fornisce l'analisi sui detriti e sulla bomba ritrovata e indica un possibile gruppo terroristico come colpevole, ma Tom vuole essere sicuro al 100% prima di scatenare una guerra. Intanto fa a conoscenza della sua controparte repubblicana che offre subito la sua collaborazione al nuovo Presidente. Tom dovrà inoltre vedersela con un Governatore che ha dato l'ordine alla polizia del suo stato di fermare e arrestare civili musulmani soltanto in base alla loro religione.

I computer della Casa Bianca subiscono un attacco informatico e viene lasciato un video da coloro che, presumibilmente, rivendicano l'attentato a Capitol Hill. Tom si prepara alla sua prima intervista in diretta ma non è pronto alla domanda che gli viene posta in merito al suo licenziamento il giorno dell'attentato. Il figlio dell'ex-Presidente gli intima di non elargire l'elogio funebre ai funerali di Stato e il compito ricade sulla controparte repubblicana di Kirkman.

Kirkman si sta occupando ancora della questione dei diritti civili in Michigan e allo stesso tempo sta seguendo gli sviluppi dell'attentato. Hannah sospetta che MacLeish non stia dicendo la verità su quanto accaduto la notte dell'esplosione. Alex ritorna al suo vecchio lavoro mentre Seth inizia un nuovo, inaspettato, lavoro.

Dopo essersi reso conto che la diplomazia non sarà sufficiente in Algeria, il Presidente Kirkman decide di autorizzare una missione speciale dei Navy SEALs per catturare il responsabile dell'attentato, possibilmente vivo. Intanto l'Agente Hannah Well scopre che la stanza 105 era una stanza nascosta di recente ristrutturata per essere usata come rifugio anti-dinamitardo, e che tutti quelli che avevano lavorato al progetto sono morti.

Il Presidente Kirkman riunisce i governatori per cercare di creare un nuovo Congresso, ma durante la riunione avviene una sparatoria che manda uno dei bodyguard del Presidente all'ospedale. I governatori sono scettici e pensano che Kirkman non sia l'uomo adatto per il ruolo di capo della nazione ma sono disposti a dargli una chance se per il momento acconsente a chiudere le frontiere agli immigranti, in modo da far sentire il popolo più al sicuro. Intanto l'Agente Hannah interroga Nassir, ritenuto il responsabile dell'attentato, ma scopre una verità scioccante.

I Kirkman stanno ancora avendo problemi dall'ex di Alex che continua ad affermare di essere il padre biologico di Leo. Intanto il Presidente deve vedersela con la Russia che ha arrestato un allenatore di atletica, Weston, che in realtà è un collaboratore della CIA. L'Agente Wells riesce a saperne qualcosa sull'indizio lasciato da Nassar, ma il suo capo, il Vice Direttore Atwood viene ricattato per far chiudere le indagini sull'attentato, se non lo farà suo figlio sarà ucciso.

Alla vigilia delle elezioni per scegliere i rappresentanti del governo, un evento inaspettato costringe Kirkman a considerare l'eventualità di cancellare le elezioni. Nel frattempo le notizie riguardanti la morte di Majid Nassar sono state spifferate e Kirkman deve affrontarne le conseguenze.

Quando vengono diffusi online dei documenti governativi secretati, il Presidente Kirkman cerca i responsabili per scoprire che si trovano rifugiati all'interno di un'ambasciata straniera. Intanto l'agente Hannah Wells cerca disperatamente di raccogliere prove del coinvolgimento di MacLeish riguardo la cospirazione, prima che venga confermato come vicepresidente.

Il Presidente Kirkman teme che ci possa essere un traditore alla Casa Bianca, dopo aver scoperto informazioni scioccanti riguardo l'attacco. Nel frattempo si confida con Emily, incaricandola di indagare con calma. Le nuove informazioni riguardo il deputato MacLeish sollevano preoccupazioni per la sua nomina a vicepresidente.

Dopo la carneficina, scatta il complotto e MacLeish si lancia in un audace gioco di potere. Hannah Wells lascia una serie di indizi per Ritter.

Le indagini sulla nuova scoperta devono convergere affinché le congiunture emergano. Nel frattempo, Sale la tensione tra Aaron e Emily come i sospetti sul telaio alla Casa Bianca. Una nuova guida pone l’agente Wells più vicino di prima alla verità.

Un giornalista investigativo crea shock alla Casa Bianca quando rivela informazioni classificate durante un incontro con la stampa. Hannah scopre una connessione tra la cospirazione e MacLeish.

In un conflitto con Turmoil, un paese africano il Presidente Kirkman fa affidamento su un improbabile alleato per chiedere aiuto, mentre le ricerche di Hannah nel bombardamento al Campidoglio prendono una piega inaspettata. Nel frattempo, Emily si confronta nel suo nuovo ruolo di capo di stato maggiore, mentre Aaron deve fare una scelta difficile.

In qualità di Presidente Kirkman rilascia un ordine del giorno per ripristinare la sua presidenza, Alex fa una dichiarazione pubblica controversa che rischia di deragliare. Nel frattempo, l’agente dell’FBI Hannah Wells si ritrova inconsapevolmente al centro di una trappola pericolosa mentre si avvicina sempre di più alla verità sull’attentato.

Il Presidente Kirkman si allea con un amico improbabile nella speranza di passare il suo primo disegno di legge, mentre l’agente Ritter è informato dall’agente dell’FBI Hannah Wells su una nuova minaccia allarmante per la nazione.

In qualità di Presidente Kirkman si sforza di mettere insieme una nuova corte suprema, mentre l’agente dell’FBI Hannah Wells va sotto copertura e scopre molto di più su se stessa e mai avrebbe potuto immaginare. Nel frattempo, Seth Wright deve fare i conti con il giornalista Abe Leonard, che torna dal Medio Oriente con una storia esplosiva.

In qualità di Presidente, Kirkman considera i candidati per il vice presidente, Kimble Hookstraten si ritrova coinvolto in scandalo. Nel frattempo l’Agente Wells e Jason Atwood ritornano da North Dakota con un nuovo vantaggio mentre l’indagine del giornalista Abe Leonard prende una piega inaspettata.

Atwood sorveglia un leader di estrema destra. Ritter cerca Wells. La commissione etica entra nel vivo, mentre Hookstraten e Kirkman promuovono l'educazione all'arte.

Una storia esplosiva sul bombardamento del Campidoglio minaccia il programma di Kirkman per il suo primo summit NATO. Ritter e Russink tendono una trappola al traditore.

In questo finale della prima stagione: Mentre i cospiratori fanno una mossa a sorpresa, l'FBI cerca in ogni modo di arrestare il capobanda. Kirkman chiede ad Aaron di stanare il traditore della Casa Bianca.