Etter at Rip ble skutt, planlegger Graves og SEAL-teamet sin gjengjeldelse. Michael havner i CIAs varetekt i et hemmelig militærfengsel. CIA-agent Gina Cline samordner ressursene sine for å finne mesterhjernen bak angrepet.

I Rips fravær er Graves og Ortiz uenige om teamets vei videre. Ginas avhør av Michael blir personlig. SEAL-teamet blir kjent med sitt nye, ekstreme medlem, Trevor.

SEAL-teamet har fått nye opplysninger fra Gina og drar til Bosnia for å fange eller drepe prinsen, mesterhjernen bak angrepet på Rip.

Gina gir Michael en siste sjanse til å fortelle om sin forbindelse med prinsen. Jackie tyr til drastiske tiltak for å beskytte familien sin. En driftig ambassadør blir tatt som gissel.

SEAL-teamet blir sendt for å redde gisler. Prinsen gir Gina og Michael et tilbud de ikke kan si nei til. Caulder begynner på rehabiliteringen etter en krigsskade og møter en åndsfrende.

SEAL-teamet blir satt på en hard prøve når de får ordre om å organisere en fangeutveksling i Tsjetsjenia.

Situasjonen blir livsfarlig når det bryter ut et væpnet oppgjør i en isolert landsby der SEAL-teamet gjemmer seg. Gina er tom for alternativer og tar en avgjørelse som vil endre kursen for oppdraget.

SEAL-teamet er på sporet av Michael og prinsen, som har gått i dekning, da de blir omringet av fienden.

SEAL-teamet holder stand mens fienden rykker nærmere.