Les élèves de l'Institut, poursuivis par les autorités, sont contraints de se séparer. Scott et une poignée de mutants s'unissent alors à Mystique et la Confrérie pour libérer ceux qui ont été emprisonnés…

Le Fauve et Tornade se rendent à Washington pour plaider la cause des mutants. Malheureusement, pendant ce temps, le Fléau menace toute une ville…

Les jeunes mutants réintègrent le lycée de Bayville. Mais depuis que leurs pouvoirs ont été révélés, les choses ne sont plus pareilles…

La Confrérie des Mauvais Mutants se voient offrir par Gambit l'occasion de rejoindre les rangs de Magneto. Pour cela, ils doivent réussir un test : libérer Pietro…

Mystique, qui est parvenue à s'échapper de la Zone 51, enlève Scott et l'abandonne au beau milieu du désert sans ses lunettes de protection…

Spyke voit ses pouvoirs devenir de plus en plus incontrôlables. Se sentant différent, le jeune homme trouve refuge auprès d'autres mutants vivant dans les égoûts de la ville…

Lors d'un concert, Malicia entre en contact physique avec Mystique. Les pouvoirs de la jeune fille deviennent alors incontrôlables et, successivement, elle endosse l'apparence, la personnalité et les pouvoirs de toutes les personnes qu'elle a déjà touchées…

Angel vient requérir de l'aide à l'Institut pour récupérer un objet volé par Gambit sous l'emprise de Mesmero. Magneto et ses acolytes tentent également de mettre la main sur l'instigateur de ce vol…

X23, une jeune fille créée à partir de l'ADN de Wolverine, prend d'assaut l'Institut…

Mesmero manipule Malicia de manière à ce qu'elle "absorbe" les pouvoirs de tous les mutants et participe ainsi au réveil d'Apocalypse…

Mesmero manipule Malicia de manière à ce qu'elle "absorbe" les pouvoirs de tous les mutants et participe ainsi au réveil d'Apocalypse…

Lors d'une croisière, les élèves de l'Institut débarquent sur une île dont le volcan entre en irruption…