C'est la rentrée au lycée de Bayville et à l'Institut Xavier. Il y a bon nombre de nouveaux élèves et de nouvelles recrues chez les X-Men. Le nouveau directeur du lycée er remplaçant de Miss Darkhölme, Mr. Kelly, est convaincu qu'il y a un être exceptionnel caché en chacun et qu'il faut le dévoiler au grand jour. Les membres de la Confrérie on bien décidé de prendre le directeur au mot et de se dévoiler à tous, malgré les risques encourus.

Tabitha, une nouvelle élève de l'Institut, pose quelques problèmes de comportement. Par ailleurs, son propre père tente de la contraindre à commettre un larcin en s'aidant de ses pouvoirs…

Tabatha " Boum Boum " Smith est une des nouvelles recrues de l'institut Xavier. Capable de générer des boules explosives avec ses mains, elle n'en reste pas moins une jeune fille volage et incontrôlable. Manquant provoquer un accident pendant un entrainement, Diablo et elle son consigné à l'Institut. Pendant ce temps, une fête foraine s'organise pour récolter des fonds suite à la destruction de gymnase et tous les jeunes du lycée de Bayville y sont conviés.

Suite à un dysfonctionnement dans le système de stase du " Fléau ", le professeur Xavier doit s'absenter et désigne Scott et Jean pour maintenir en semblant d'ordre en son absence. Toutefois, les jeunes X-Men, Kurt Evan et Kity échafaudent un plan pour les éloigner de l'institut et organisent une petite fête étudiante, invitant leurs amis et camarades de classe tout en échafaudant. Parmi les étudiants à la fête, un fou des jeux vidéo et d'électronique sui se surnomme lui-même Arcade.

Pendant son cours de chimie, le professeur Hawk McCoy est pris d'un malaise et d'un violent excès de rage. Son attitude l'amène à revenir voir le Professeur Xavier pour tenter de comprendre ce qui lui arrive. Bien malgrès le sérum concocté par ses soins, il se transforme peu à peu en une bête sauvage et violente que les X-Men doivent neutraliser.

La neige étend son manteau blanc sur l'institut et les X-Men en herbe s'en donnent à coeur joie ainsi que Hawk " le Fauve " McCoy. Pendant ce temps, Scott profite des vacances d'hiver pour passer du temps avec son frère à Hawaï. Une tempête précipite Alex Summers au large, suivi par son frère ainé qui essaye tant bien que mal de lui porter secours.

Quelque part en Afrique, un sorcier prépare sa vengeance contre la " Reine des Vents ". Pendant se temps à l'institut Xavier, Evan "Spike" déçoit un peu plus son entourage et sa tante Ororo lors d'une scéance d'entrainement. Le professeur X

Lance " Avalanche " se rend à l'institut Xavier et neutralise les défenses extérieures sans mal. Face aux X-Men, il répond vouloir rejoindre l'équipe. Le professeur X accepte la rédemption du jeune homme, mais Scott " Cyclope " reste sceptique. Pendant ce temps, les différents véhicules de l'école pour surdoués sont retrouvés à l'état d'épave et tout semble

Les élèves de l'institut Xavier partent passer la fête de Noël en famille. Le professeur Xavier, McCoy, Scott et Malicia restent à l'institut. Xavier envoie alors les deux jeunes gens à New York pour enquêter sur les mystérieuses apparitions d'un ange qui aide les gens et capture les voleurs.

Jean Grey fait un terrible cauchemar et se réveille en pleine nuit. Le Lendemain, elle a tout simplement disparue de l'Institut Xavier. Les X-Men mènent l'enquête et finisse par retrouver sa trace et celle de celui qui est responsable de sa disparition : un certain Mesmero.

Forge est de retour à l'institut et y présente sa nouvelle invention : un appareil qui permet à Kurt " Diablo " de pouvoir se téléporter sur une distance bien plus grande. En même temps se prépare le bal du lycée de Bayville et tout le monde se prépare à cet évènement , les X-Men et la Confrérie aussi.

McCoy accepte de moins en moins sa condition de mutant, dicté malgré lui par ses instincts bestiaux. Le Professeur Xavier et Kitty ont alors l'idée d'organiser une excursion dans la forêt pour le ressourcer et aussi proposer aux jeunes recrues une sorte de camping. Sur place, le calme et l'ambiance bonne enfant de la sortie est altérée par la présence de chasseurs qui prennent le Fauve pour le Big Foot

Jean entraine la jeune Amara " Magma " pour l'aider à contrôler ses pouvoirs. L'exercice tourne court lorsqu'un énorme rocher manque de blesser les jeunes femmes sans l'intervention de Cyclope et son attitude misogyne. Plus tard à Bayville et après les cours, Tabata " Boum Boum ", Amara et Jean permettent l'arrestation de deux voleurs. Suite à leur succès, les trois jeunes femmes décident de former un groupe appelé " les Sirènes " et sont rejointes par Kitty et Malicia dans leur quête de justice.

Le Professeur Xavier rend visite à Wanda Maximoff, une jeune mutante aux pouvoirs sans limites et motivée par une colère sans borne. Mais Mystique choisit de faire libérer cette dernière afin qu'elle rejoigne la Confrérie et ainsi se venger de Magneto.

Logan est sur les traces de dent de sabre dans les égouts de Bayville lorsqu'il est attaqué et capturé par un homme dénommé Trask et son équipe. Le Docteur Trask s'avère être un dangereux fanatique anti-mutants et emmène Wolverine dans un laboratoire secret. Ce-dernier doit combattre un robot gigantesque et surarmé appelé la Sentinelle. Pendant ce temps à l'institut, Xavier prépare ses X-Men à affronter Magneto.

La Confrérie a rejoint les X-Men pour combattre les Sbires de Magneto : Dents de Sabre, Gambit, Pyro et Colossus. Pendant que les mutants combattent, Magneto, qui avait parfaitement étudié son plan, les oppose à la Sentinelle de Trask en pleine ville, révélant à la face du monde l'existence des mutants.