1989-ben, az NDK végnapjaiban a Diver fedőnévre hallgató CIA-ügynök kihoz a Stasi börtönéből egy rabot. A Henrik nevű férfi visszatért Észtországba, ahol aktív részt vállalt az ország függetlenségének kivívásában. Napjainkban Daniel Esthernél ébred, amikor ezt a történetet hallja. Rájön, lehet, hogy Driver végzett az anyjával. A berlini CIA-kirendeltséghez új vezető érkezik Valerie Edwards személyében. Az iroda értesítést kap Észtországból, Torres ügynöktől, hogy az oroszok készülnek valamire.

Miller és Kirsch Észtországban találkozik Rafael Torres ügynökkel. Henrik különös körülmények között meghal, Daniel a kórházban próbál bizonyítékokat szerezni. Danielt felzaklatja az anyja halálával kapcsolatos álom. Közben Kirsch visszatér Berlinbe, az iroda az információkat vizsgálja, miszerint az oroszok a közeljövőben Észtország lerohanására készülnek. Daniel beszél Sofiával, aki elmondja, hogy szerinte Henrik nem természetes halállal halt meg. Este pedig ő mondja az emlékbeszédet a téren.

Sofia Berlinbe utazik, az internetes felfordulás miatt jobb, ha nem marad az országban. Torres megtudja, hogy a merényletkísérlet valójában arra szolgált, hogy forradalmat indukáljon. Daniel Miller ügynökről már tíz órája semmi hír, úgy tűnik, hogy akció közben eltűnt. Közben Robert Kirsch meglátogatja az egyik régi barátját, Steven Frostot. Maret életét veszti a tüntetésen. Torres ügynököt megbízzák, hogy kerítse elő az eltűnt Millert. Az ügynök utolsó ismert helyén kezdi a nyomozást.

Torres a silónál talált hullával menekül az oroszok elől, végül egy NATO bázison talál menedéket. April a CIA védett házában találkozik Sofiával, aki hazamenne Észtországba, de April szerint ez rossz ötlet, sokan kívánják a halálát. Valerie találkozik a régi orosz ismerősével, Koljával, aki szerint az oroszoknak nincs köze ahhoz, ami Észtországban történik. Torres a holttesttel együtt Frankfurtba érkezik. April megismerkedik egy új orvosi technikával, ami rossz kezekben fegyver is lehet.

Sofia egy motelszobából online intéz beszédet az emberekhez. BB megbeszéli a történteket Valerie-vel, később jelentést kell tennie Washingtonban. Robert Kirsch és Rafael Torres Andrea után nyomoz. Esther találkozik Valerie-vel. Steven Frost egy német üzletemberrel tárgyal. Esther megbíz valakit, hogy a régi tartozása fejében kerítse elő Danielt. Torresék megtalálják Andreát, és ha nehezen is, de kimentik szorult helyzetéből. Valerie és BB az operában találkoznak Koljával és Stevennel.

A berlini konferencián megvitatják az észt helyzetet. Később BB elmondja mindezt Koljának, aki szerint az oroszokat nem érdekli Észtország. Steven Frost bemutatja Rafael Torrest egy régi barátjának, akinek az új identitása segít nekik beférkőzni az orosz elit soraiba. Berlinben BB és Valerie megpróbál közös nevezőre jutni Estherrel. Sergei April és Sofia nyomára bukkan. Amikor azonban lecsapna rájuk, elkapják az amerikaiak, kiderül, ügyesen csapdába csalták. April üzletet köt Dove apjával.

Platov meghívja Torrest és Hectort Krik dácsájába. Torres és Krik végül Hector nélkül állapodik meg egymással. Robert megbeszéli Koljával a kémcserét: Sergeit Danielért. Robert aggódik, mi lesz, ha az Észtországgal kapcsolatos szavazás kedvezőtlenül alakul. Torres találkozik Krik kislányával. Észtországban az oroszok letartóztatják Esther emberét. Valerie megdöbben BB árulásán. A szavazáson Észtország végül egyedül marad. A fogolycsere nem a terv szerint alakul, Kolja átveri az amerikaiakat.

Frost volunteers with Valerie's reluctant consent to rescue Daniel from Krik's estate. When Daniel confronts Frost about his past alias as "Diver" shots are fired. Hector is a secret witness. Krik is arrested by his government. Daniel's body is dumped on the streets of Berlin. Torres uses his cover as a ruse to get Platov to Germany. The Estonian communications network is hijacked, but Sofia can only use her master password by returning to her country.

Mere hours remain before enemy forces topple the Estonian government. Without Langley's backing, Berlin Station acts alone in one final desperate push to prevent the fall of a nation.