Thomas Shaw, un lanceur d'alerte, sévit dans le monde entier pour dénoncer les méthodes de la CIA. Il semble particulièrement actif à Berlin, où la CIA envoie Daniel Miller remonter la piste du dénonciateur. Sous couvert d'un simple agent de liaison, Daniel doit commencer son enquête au plus vite car Thomas Shaw sévit à nouveau et révèle que la CIA rémunère un employé des services secrets allemands.

Alors que le Berliner Zeitung vient de publier des documents transmis par le lanceur d’alertes Thomas Shaw, la prudence s’impose. Mais à l’encontre de l’avis de ses supérieurs très réticents, Valerie Edwards s’apprête à infiltrer le cercle rapproché d’un islamiste soi-disant repenti, un certain Aleksandre Iosava.

Alors que le terroriste Aleksandre Iosava organise à Berlin une levée de fonds pour une fondation d’aide aux réfugiés, Steven Frost et son adjoint Robert Kirsch s’inquiètent de voir étaler à la Une des journaux allemands leur gestion plus ou moins rigoureuse de certains de leurs contacts. Ils redoutent également les réactions du QG de la CIA, face à cette avalanche de révélations compromettantes. Pendant ce temps, Daniel Miller enquête sur un certain Julian DeVos.

Daniel s’embarque dans une opération périlleuse aidé par Hector ce qui ravive en lui des souvenirs douloureux liés à leur mission en Tchétchénie. Après l’éviction de la directrice adjointe de la CIA, Steven Frost se demande s’il n’y a pas là une occasion d’avoir une promotion. En suivant la piste d’Alexandre Iosava, Valerie Edwards découvre que sa femme Ruth est plus impliquée qu’elle ne le croyait.

Alors qu’Aleksandre et Ruth Iosava sont soupçonnés d’organiser les départs clandestins en Syrie de futures épouses pour les combattants de Daesh, l’Antenne de la CIA à Berlin tente d’obtenir le soutien de Krischan Ganz, le responsable des services secrets allemands, avant de se lancer dans une mission d’infiltration risquée. Leur idée : envoyer l’un de leur jeune officier traitant, Clare Itani, qui tiendra le rôle d’une future épouse destinée aux djihadistes du Califat. Un premier rendez-vous a lieu, dans un centre commercial.

L’Opération Iosava s’est soldée par un échec. Plusieurs clients d’un centre commercial sont morts et l’officier Clare Itani a été enlevée par l’épouse du terroriste. Hector DeJean, fou de douleur, s’en prend à la direction de l’Antenne de la CIA à Berlin qu’il juge incompétente et inefficace et avec l’aide de son ancien coéquipier Daniel Miller, il part régler la situation.

La CIA essaye de se couvrir après la mission de sauvetage désastreuse de Clare Itani. Hector est interrogé par un agent à la retraite qui travaille en sous-marin pour Frost et Miller afin de savoir s’il est Thomas Shaw. Soumis au détecteur de mensonge puis au sérum de vérité, il se remémore son affectation sur un site noir de la CIA où il avait pour mission de torturer des prisonniers.

Pendant son interrogatoire, DeJean revit des scènes de son passé au Maroc, quand il interrogeait Julian sous la torture. Incapable de le voir souffrir, il a arrangé son évasion et lui a conseillé d’aller en Espagne. Puis quand Robert et Valerie ont recruté DeJean, ce dernier a retrouvé Julian à Berlin sous les traits de Shirley Chair de Poule. Désireux de se venger de la CIA, DeJean a élaboré un plan pour devenir Thomas Shaw, le lanceur d’alerte, avec la complicité de Julian. Il a vite été contacté par Richter pour concentrer ses attaques contre l’antenne de Berlin.

Après le suicide de De Vos et les confessions d’Hector, alias Thomas Shaw, Daniel doit trouver un lieu sûr pour sa cousine, menacée par le BFV. Alors que Clay Williams lui assure qu’il va les exfiltrer, ils manquent de se faire tuer malgré les avertissements d’Esther, qui commence à douter du sens moral de Richter. En effet, Williams a passé un accord avec Richter pour éliminer Daniel et s’assurer que Steven Frost plonge pour l’enlèvement de Iosava.