神戸の街に突如、謎の軍隊が現れる。街に非常事態宣言が出される中、各所でゼクスとゼクスを操る人間たち同士の激しい戦闘が始まった。そんな中、高校生の天王寺飛鳥がパートナーのゼクスであるフィエリテと共に、愛する神戸の街を守る為、進軍中の軍隊に突っ込んでいく。

空から降ってきた天使を執拗に狙う、黒のゼクス、ズィーガーとそのパートナーである上柚木綾瀬。飛鳥は天使を懸命に助け出そうとするが、そのために飛鳥自身が命の危険に晒されてしまう。もう駄目かと思われたその時、飛鳥の脳裏に昼間出会った不思議な少女の声が響き渡る。

上柚木綾瀬とズィーガーの繰り出す激しい攻撃に晒される天王子飛鳥とフィエリテ。飛鳥はゼクスとの戦闘経験が無いため、百戦錬磨である綾瀬とズィーガーのコンビに全く歯が立たない。絶体絶命のピンチと思われたその時、美しい女性の姿をしたバトルドレスが現れて、飛鳥とフィエリテに加勢する。

突然、飛鳥たちの前に現れた、白の世界の天使十二使徒 宝瓶宮ガムビエル。しかし仲間であるはずの天使の来訪にも関わらずフェイリテは動揺を隠せない。一方、ガムビエルと違う隊の天使たちが通称エンジェルキラーと呼ばれ、天使たちを狩る黒のゼクスと、そのパートナーである少女を血眼になって探していた。

隊員として所属していた東北の防衛隊の基地を脱出し、命からがら九州は福岡の地へとたどり着いた青葉千歳とそのパートナーのゼクス、龍膽。九州の地で彼女たち二人が目にしたのは、ゼクスと人間が手を取り合って暮らす理想郷だった。千歳と龍膽はその地で倉敷世羅という少女と出会う。

衝撃の事実を藍那に知られてしまった飛鳥は、何とか関係を修復しようと試みる。しかし藍那は心を閉ざしており、飛鳥は露骨に避けられてしまう。一方そのころリゲルとあづみの二人と、綾瀬とズィーガーのペアが、正体不明の何者かに突然、攻撃されるという事件が起きる。

アレキサンダーと黒崎神門の軍隊によって制圧されてしまった神戸は、戦車や兵士たちで溢れ、ものものしい雰囲気に包まれていた。そんな中、飛鳥たちは神戸の街に潜んでいると思われる、規格外の怪物「オディウム」を敵対しているはずの青葉千歳や倉敷世羅たちと探索することに。

天使に対して執拗に攻撃を続ける「エンジェルキラー」こと上柚木綾瀬。年が明けての1月7日、綾瀬は自分がエンジェルキラーとして、復讐に生きる宿命(さだめ)を背負うことになった、因縁の場所を訪れていた。彼女の秘められた壮絶な過去が、今明らかになる。

パートナーである各務原あづみの発作を抑える薬が切れてしまい、その補充の為に青の世界へとやってきたリゲル。そこでリゲルは、青の世界とあづみの関係についての衝撃の事実を知ってしまう。青の世界とあづみの間で揺れるリゲルの前に、自分と同じ姿をしたバトルドレスが現れる。

禍々しい咆哮とともに、とうとう飛鳥たちや御門の前に姿を現した「オディウム」。アレクサンダーは好機とばかりにオデイウムに襲い掛かる。アレクサンダーの圧倒的なパワーの強さの前に、追い込まれていくオディウム。そしてアレクサンダーがとどめを刺そうとしたその時、オディウムの正体が明らかになる。

手の付けられぬ怪物と化した憎しみの魔人、オディウム。仲間を助ける為、最後の手段として天王寺飛鳥がオディウムに突撃する。交錯する綾瀬、神門、あづみ、千歳、藍那たちのそれぞれの想い…。果たして天王寺飛鳥が掴みとるのは何色の未来か…!?