《ハンドレッド》――人類を襲う謎の異種生命体《サベージ》に対抗しうる唯一の武器。それを扱える人間を《武芸者(スレイヤー)》と呼ぶ。《武芸者(スレイヤー)》を育成する機関のひとつ、海上学園都市艦《リトルガーデン》にひとりの少年がやって来る。少年の名は如月ハヤト。ハヤトは自分のせいで入学式に遅刻した2人の女子生徒を庇って生徒会長のクレア・ハーヴェイにデュエルを挑まれる。初対面なのに妙に親しげなルームメイトのエミール・クロスフォードと作戦を練って、クレアとのデュエルに臨む。

ハヤトはクレアとのデュエルの最中、ごく一部の少数の武芸者しか成しえない《全身武装》を展開するも、クレアも同じく《全身武装》を展開し応戦したため敗北に終わる。クレアは、ハンドレッドを手にしてまだ2日目のハヤトが《全身武装》を展開できたことが気になり、ハヤトに少数精鋭部隊《セレクションズ》へ加わるよう促す。そのさなか、近海のツヴァイ諸島に《サベージ》が襲来したという知らせが入る。

サベージとの実戦を終え、ハヤトは日常を取り戻していた。そんな中、世界的な歌姫・霧島サクラのボディガードという任務が舞い込んでくる。先日のサベージ襲来によって中断されたライブをやりなおすためだ。天真爛漫なサクラに手玉に取られるハヤト。本当にこれが世界的な歌姫なのかと疑問に思っていたハヤトだったが、工事中のライブ会場でハンドレッドを用いたパフォーマンスをサクラに見せつけられ、圧倒されてしまう。

ボディーガード任務の空き時間。ツヴァイ諸島の市街地でふたりの時間楽しむハヤトとエミリア。そんな楽しい時間もつかの間のこと。ホテルからサクラが姿を消してしまったという連絡がクレアから入る。そうこうしている間に目の前にサクラが現れ、ハヤトはエミリアに事情を説明する間もなく、連行されることになった。向かった先はサクラの思い出の場所、ツヴァイ大峡谷。そこでハヤトは、サクラの過去を知ることに……。

ツヴァイ大峡谷からの帰路。ハヤトとサクラの乗るバスがサベージに襲われた。2人はハンドレッドの能力を使い、これに応戦する。すぐにリトルガーデンの仲間たちも加わり、なんとかサベージを退けようかというところで、突然、3人組の謎のスレイヤーが現れる。彼らの目的とは……？

ツヴァイ諸島での対サベージ、謎の3人組のハンターとの戦闘を終え、つかの間の休息に南の島へ訪れたハヤトとリトルガーデンの面々。そんな中、ヘリでやって来たジュダルが現れる。ハヤトに話があるのだと言い、案内された先でハヤトが見たものは……。

クラウディアも加わり、サベージ掃討作戦は順調に進んでいた。そんな中、どうしてもハヤトとエミリアの仲を引き裂きたいクラウディアの策略が発動。ハヤトとクレアは、二人きりにされてしまう。二人はとてもいい雰囲気になるが、それを打ち破るように届いた緊急の連絡。フリッツたちの班がツヴァイ諸島で交戦をした謎の三人組のハンターに襲われたというものだ。クレアは全身武装で、仲間を傷つけたハンターたちに立ち向かう。

謎の3人組のハンター――クロヴァン、ネサット、ナクリーとハヤトたちの交戦は続く。ハヤトはクロヴァンの攻撃を受けている中で、彼らの過去を垣間見ることになる。そこに突如、湖から龍型のサベージが現れた。今までに類を見ないサベージの出現で、クロヴァンたちとは一時休戦。共闘をすることになるのだが……。

リトルガーデンでは年に一度の学園祭、ガーデンズ・フェスタが行われようとしていた。その警備を手伝うため、様々な国の武芸者たちがリトルガーデンに集まっている。その中には前作戦で共に戦ったクラウディアやウェンディもいた。ガーデンズ・フェスタがはじまり、艦内が盛り上がる中、歌姫・霧島サクラや、リトルガーデンに捕らえられ、保護されることになったクロヴァンたち3人組を人工のヴァリアントにした女科学者・ヴィタリー・トゥイニャーノフが艦内に潜入する。

ガーデンズ・フェスタで盛り上がるリトルガーデン。歌姫・霧島サクラのライブの最中、ハヤトの妹、如月カレンが歌手として舞台に立った。そんな中、見慣れない蜂型のメカが街中に出現。艦内各所でこの蜂型のメカによる騒ぎが起きているという。これは全てヴィタリーによって周到に計画されたものだった。艦内の混乱に乗じて、ヴィタリーはクロヴァンたち3人が保護されている部屋に進む。

クレアの指示の元、リトルガーデンの武芸者たちは、ヴィタリーによってリトルガーデン艦内に放たれた人造サベージ《レプリカント》に、それぞれの武器で応戦する。ヴィタリーの操り人形と化していたクロヴァンたち三人組は、メイメイの助けもあって元の自分を取り戻し、リトルガーデンの武芸者たちとの共闘を決意。巨大な《レプリカント》に立ち向かうが、苦戦してしまう。ネサットはクロヴァンを助けたい一心で自らの能力を発動。結果、暴走してしまい……。