昭和12年秋，在陆军内部的强烈反对之中，根据结城中佐以间谍培养为目的的D机关在背后秘密地被设立。接受从参谋本部监视的密令，奔赴D机关的佐久间中尉看到的，是沉着冷静地通过超人的选拔试验的年轻人。某天，参谋本部的武藤大佐对D机关下令，去调查亲日的美国间谍约翰・戈登的嫌疑。佐久间与D机关人员们打扮成宪兵队，开始对戈登的宅邸进行搜查……

搜查戈登的宅邸的佐久间等人，怎么也找不到间谍行为的证据。在此之中，搜查是第二次，从戈登的口中说了出来，佐久间才明白了这个任务是被武藤暗算了。武藤把真正的宪兵队搜查失败的责任推卸给再次被命令的D机关搜查的事情上，如果事成的话也能让D机关解体。走投无路的佐久间，突然想起了结城中佐和三好等机管人员的话。然后，佐久间注意到了某件事！

男子醒来后什么都想不起来，全部的记忆都丧失了。所持的护照上写着“岛野亮祐”的名字，入境地是马赛。根据在一旁的神秘的阿兰等人所言，得知现在的法国已经被德国占领的事情。在与阿兰一行交谈的过程中，“岛野”从意识深处的呼唤警戒起来，并意识到另一个自己的存在。到底自己为何人，为何自己在此地。突然，有德国兵涌进这隐蔽的房子。在穷途末路的情况之中，“岛野”采取了意想不到的行动。而他的真实身份是，D机关成员波多野。

被分配到上海派遣宪兵队的本间英司军曹，一就职就被及川政幸大尉传唤。从及川那里接到了，搜查宪兵队内部潜藏的敌方内奸的命令，在那个时候，爆炸声响起。本来在搜查被炸的及川的房子的本间，遇到了曾经在日本进行调查的记者盐冢朔（福本）。盐冢向本间传达名为草薙行仁的积极分子参与此次的恐怖行为的情报。

接受了想从“协力者”莫洛佐夫的手中获取机密情报的紧急联络，D机关的濑户礼二（田崎）乘坐着满洲铁路的亚洲特快。交接情报并谋求接触，但莫洛佐夫却已经被杀害，尸体的旁边留着一张“倒吊人”的塔罗牌。知道暗杀者是苏联的秘密放谍机关施密尔舒的人的濑户，为了夺回被记下机密情报的报纸，开始追踪不见身影的敌人。

经由从旧金山到夏威夷群岛前往日本的豪华客船朱鹭丸。原本在那个甲板上玩着组字游戏的内海脩（甘利），遇到了名为杰弗里·摩根的男人。花言巧语引出情报的内海，看穿了摩根正是被英国秘密谍报机关雇用暗号专家路易斯·麦克劳德的事实。但是那时，一发炮声响起。由于突然出现的英国军舰，使得形势逆转。麦克劳德昂然自得起来。正当他口碰酒杯时，便在那里倒下，并留下了“刻耳柏洛斯”这神秘的词语就一命呜呼了。

原外交官白幡树一郎，被挂有盗读陆军的秘密“统帅纲领”的嫌疑。蒲生次郎探知与白幡是故知的关系的英国领事欧内斯特·格雷厄姆的真相，但反映格雷厄姆进行间谍行动的确凿证据完全找不到。蒲生决定潜入夜深人静的格雷厄姆的宅邸。

风户中佐带领着由纯粹的陆军军人组成的“风机关”，策划着D机关的下台，并追逐着有间谍嫌疑的白幅树一郎。然后终于，通过白幡宅邸的书生森岛邦雄（实井）被告知了“统帅纲领”的交换时间。于是风户与部下一起进入白幡的宅邸。但是，不知为何房子里感觉不到任何人的气息。

英国泰晤士报的极东派遣员亚伦·普莱斯，为了揭露传言中D机关的创设者——结城中佐的真实身份而进行调查。查阅刚入手的陆军幼年学校的名单的普莱斯，注意到了虽然成绩以榜首及格，但因品行不良而退学的学生。那个学生的名字是“有崎晃”。拜访服侍有崎家的里村老人的亚伦，询问晃的出身的过程中，确信有崎晃就是结城中佐。

所属德国国防军的谍报机关Apuvea的赫尔曼·沃尔夫大佐，与担任副官的约翰·鲍尔中尉一同着手于柏林郊外发生的列车事故的调查。然而从被事故关系到的男人的随身物品中，找到了间谍道具。招供出了从名为真木克彦（三好）的日本男人的尸体上偷的。

柏林通讯社的记者卡尔·施耐德有着苏联的双重间谍的嫌疑。寻找证据的间谍D机关，突然得知施耐德神秘死亡。接受结城中佐的指令的机关员们各自出去调查。