コンビニからの帰り道、突如として異世界へと召喚されてしまった少年、菜月昴。目の前に広がるファンタジーな異世界に目を輝かせるスバルだったが、自分を召喚したであろう美少女の姿はどこにも見当たらない。やがて右も左もわからない状況にスバルは頭をかかえてしまう。さらに強制イベントと言わんばかりにチンピラに絡まれ、異世界に招かれた人間が超常の力を発揮するといったお約束の展開もなく、容赦なく叩きのめされるスバル。そんなスバルの前に一人の少女が現れ……。

一度目は何者かに襲われ、二度目はエルザに腹を切り裂かれ、三度目はチンピラにナイフで背中を刺され、スバルは確かに命を失ったはずだった。しかし気が付くとスバルは初めて異世界へとやってきた場所に立っていた。あり得ないと思いつつも自らが置かれた状況から、死ぬ度に初期状態へと戻る死に戻りが起きていることを認識するスバル。サテラやフェルト、そしてロム爺に襲いかかるであろう死の運命を変えるため、四度目となる世界を走りだす。

エルザが盗品蔵に来る前にフェルトから徽章を買い取り、サテラに返そうとするスバル。しかし交渉の途中でサテラが現れ、さらにはエルザが襲いかかってくる。応戦するパックはエルザをあと一歩のところまで追い詰めるが、途中でマナが切れてしまい消えてしまう。パックを欠いたスバルたちではエルザを倒すどころか攻撃を防ぐことすらままならない。絶体絶命の状況に追い込まれてしまったスバルは、自らの体を張ってどうにかフェルトを逃がすことに成功する。

エルザとの戦いで深い傷を負ったスバルは、どうにか一命をとりとめ、ルグニカ王国のメイザース辺境伯であるロズワールの屋敷へとやってきていた。そこでスバルはルグニカ王国には現在、王が不在であること、そしてエミリアが次の王になる資格を持った王候補の一人であることを知る。ロズワールは次の王を選ぶ王選に参加するための資格である徽章を取り返し、身を挺してエミリアを救ったスバルに対して望むままの褒美を出そうと申し出る。

ロズワールの屋敷に住み込みで働くことになったスバルは、レムやラムと共に日々仕事をこなし、ついにはエミリアとのデートの約束を取り付ける。しかし約束の日が訪れることはなく、スバルは屋敷にやってきた初日に戻ってきてしまう。命を奪われるようなことなど何も起きていないのにも関わらず、いつの間にか死に戻ってしまったことに混乱するスバルだったが、エミリアとのデートの約束を果たすため、前回をなぞるように再び行動を始める。

ロズワールの屋敷での三度目の初日が始まる。一度目は寝ている間に衰弱して命を落とすという原因不明の死、そして二度目は何者かに襲われ命を奪われてしまった。二度目の死の間際に聞こえた鎖の音が脳裏をよぎり、恐怖に冷や汗をにじませるスバル。敵の正体はもちろんのこと目的さえわからない状況を打破するために、スバルは死が待ち受けている4日目の夜を前に屋敷を離れ、外から何が起きるのかを確かめようとする。

スバルの前に現れたのは全くもって予想外の人物だった。襲撃者の正体を知り、困惑を隠せないスバル。これまでの出来事が脆くも崩れ去っていく喪失感の中でスバルは命を落とす。そしてロズワールの屋敷で迎える四度目の初日。スバルはベアトリスに5日目の朝まで自分を守って欲しいと頼む。しかし死が待ち受けているはずの4日目の夜は何事もなく過ぎ、5日目の朝がやってくる。拍子抜けするスバルだったが、事態は思わぬ方向に動き始めていた。

ロズワールの屋敷で迎える五度目の初日が始まった。絶対に救ってみせると心に決めたスバルはレムやラム、そしてロズワールたち屋敷関係者たちから信頼を得るためにとびきりの笑顔で立ち回る。大好きな人たちに好かれたい一心でがむしゃらに頑張るスバルだったが、心と体が徐々にちぐはぐになっていく。剥がれ落ちそうになる笑顔を必死に繕うスバルを見るに見かねたエミリアはスバルを床に座らせ、自らもその隣に正座する。

バラバラだったピースがようやく一つに繋がり、スバルは死の呪いをかけた呪術師がふもとの村にいることを確信する。レムとラムと共に村へ買い出しに向かったスバルは、村人全員と接触し、あえて呪いにかけられることで呪いをかけた呪術師を見つけ出そうとする。屋敷に戻り、呪いにかかったのかどうかを確かめるためにベアトリスの元を訪れたスバルだったが、大きな勘違いをしていたことに気づき、レムを連れてふもとの村へと引き返す。

スバルの一撃を受け、意識を失ってしまったレムは夢を見ていた。かつてレムとラムを襲った目を背けたくなるような出来事。そして犯してしまった決して許されることのない罪。やがて意識を取り戻し、目を覚ますレムは今度はスバルに対して、またあのときと同じ罪を重ねてしまったと言う。このままではウルガルムの群れに追いつかれてしまう絶体絶命の状況の中、スバルはレムとラムを逃がすため囮となってウルガルムの群れを引き付ける。

亡き王にかわりルグニカ王国を運営する賢人会の命により、ロズワールの屋敷に使者としてヴィルヘルムとフェリスがやってくる。急遽王都に行くことになったエミリアに対し、自分も一緒に連れていって欲しいと頼むスバル。遊びではないと反対するエミリアだったが、レムやロズワールの後押しもあり、スバルと共に王都へと向かう。ルグニカ王国の新たな国王となる資格を持った候補者たちが一堂に会し、ついに王選が幕を開ける。

エミリアを始め、プリシラ、クルシュ、アナスタシアと一堂に会する王選候補者たちの元に、ラインハルトに連れられフェルトがやってくる。竜歴石に刻まれた預言によれば、新たな国の導き手になり得る巫女の候補は5人。ラインハルトはフェルトこそが5人目の王選候補者であると言い、フェルトの参加をもって本当の意味で王選が開始されると告げるが、当のフェルトはそんなものに参加するつもりはないと王選を辞退しようとする。

ただ守りたかった。その気持ちに嘘はないはずだった。いったいどこで間違ってしまったのだろう。何よりも大切にしたいと願った相手からの拒絶。取り返しのつかないことをしてしまったことを認められずにスバルは煩悶する。そんなときエミリアたちのいるロズワールの領地内で不穏な動きがあることを知らされたスバルは、自分であればきっと助けられるはずだと、レムやクルシュたちの反対を押し切ってエミリアの元に戻るのだが……。

ロズワールの屋敷にやってきたスバルの目の前に広がる信じられない光景。こんなことを望んでいたわけではないと嗚咽するスバル。絶望に打ちひしがれたスバルの視界は次第に白く染まり、やがて声が響く。もう遅すぎたんだよ……と。そこでスバルの意識は途切れ、気が付くとルグニカの果物屋の前に立っていた。レムの呼びかけに顔をあげたスバルは呆然とレムを見つめ、そのまま涙を流し、口を吊り上げ笑い始める。

再びルグニカの果物屋の前で目を覚ましたスバル。八方塞がりのような状況をどうにか打破しようとスバルはクルシュに助けを求めるが、にべもなく断られてしまう。プリシラやアナスタシアも同様の反応を示し、ただ助けて欲しいと求めるばかりのスバルの願いを聞き入れてくれる者は誰もおらず、ただ時間だけが過ぎていく。せめて事が起きる前にエミリアたちを連れ出すことができればと、スバルはレムと共に竜車でロズワールの屋敷へ向かう。

オットーたちを雇い、竜車でリーファウス街道を走るスバルたちの前に白鯨が現れる。闇夜に紛れ、立ち込める霧の中を泳ぐ白鯨。爆風のような咆哮を轟かせながら襲い来る白鯨から逃げ切ることは難しいと判断したレムは、スバルの静止を振りほどき、白鯨を迎撃するために竜車を降りる。レムを助けなければとオット―に掴みかかり、今すぐ戻れと叫ぶスバルだったが、オット―が取り合うことはなく、背後の霧は遠ざかっていく。

レムを死なせ、エミリアの命を奪い、自らも犬死にのような最期を迎えたスバルは、ルグニカの果物屋の前で再び目を覚ます。何もできず、誰も救救えず、思い知り、思い知らされ、もうできることは何もないと悟るスバル。全てに疲れてしまったスバルは、何かを決意したようにレムの手を強く握り、全速力で走り始める。されるがままに手を引かれ走るレムは、スバルを止めて何があったのか説明して欲しいと話すのだが……。

レムによって絶望の淵から救い出されたスバルは、エミリアを救うためクルシュに同盟を持ちかける。同盟にあたってスバルがクルシュに対して提示した条件は白鯨が出現する時間と場所を教えること。白鯨を討伐するべく動いていたクルシュにとって、にわかには信じがたい情報だったが、スバルが嘘をついている様子はない。しかし同盟を結ぶという王選の未来を左右する決断をすべきかクルシュは頭を悩ませる。

自らの持てる全てを注ぎ込み、自らができる限りを尽くしたスバル。その思いはクルシュの心を捉え、クルシュとの同盟を勝ち取ることに成功する。さらにアナスタシアの協力も得て、白鯨との戦いに臨むスバルたち。大気が震えるほどの咆哮を轟かせ、その巨躯を上空に現す白鯨。そんな白鯨を真っ直ぐ見据えるヴィルヘルムは、白鯨との間にある因縁を思い返し、白鯨と相対するこの日をただひたすらに夢に見ていたと剣を構える。

目の前で起きた出来事に言葉を失うスバルとレム。犠牲を払いながらも少しずつ追い詰めていたはずのように見えた白鯨の戦いは想像を超える事態へと発展する。もう打つ手なしと思わせるに十分なその光景に一人、また一人と手に持っていた武器を取り落とす討伐隊の面々。全てが絶望に包まれかけたそのとき、スバルの声が響く。このぐらいの絶望で俺が止まると思うなよと、スバルはパトラッシュを走らせ、白鯨に果敢に立ち向かう。

白鯨との戦いが終わり、街道の封鎖を担当していた傭兵団の半分が討伐隊の元に戻ってくる。合流した傭兵団の先頭に立つユリウスに対して複雑な心境のスバル。しかし魔女教との戦いを前にこれほど頼りになる味方はいない。白鯨の討伐に感謝を述べるユリウスの真摯な姿を見て、スバルもまたこれまでの振る舞いを詫びる。そしてスバルたちはこちらの動きが割れる前に、魔女教が潜むメイザース領の森へと向かうのだが……。

エミリアたちやアーラム村の人々を避難させるべく、ロズワールの屋敷へと向かうスバルたち討伐隊。しかしふと気が付くとスバルを残して討伐隊の面々が消失してしまう。いったい何が起きたのか理解することのできないスバル。辺りを見回し、道端に不自然に咲く青い花を見つけたスバルは、その花に手を伸ばす。すると花の根本が抉れ、うねるように伸びた蔦がスバルの体に絡みつき、ギリギリと締め付け始める。

アーラム村の人々に危険が迫っていると伝え、安全な場所まで避難するように呼びかけるエミリアだったが、その訴えは聞き入れられることなく一夜が明けてしまう。村人たちに信じてもらえなかったことを思い悩むエミリアの元にクルシュの名代としてヴィルヘルムが訪ねてくる。ヴィルヘルムはエミリアに対して、辺境伯から王選における一時的な同盟を持ちかけられていることを説明し、村人たちを避難させる手筈が整っていることを伝える。

スバルが目となり、ユリウスが剣となり、お互いの持てる力を合わせることでペテルギウスの見えざる手に立ち向かうスバルとユリウス。しかし攻撃の手を緩めることなく、次々と見えざる手を繰り出すペテルギウス対し、二人は防戦一方となってしまう。全身傷だらけになりながらも、徐々に攻撃への反応速度を上げていくユリウスは、スバルと連携し、あと一歩のところまでペテルギウスを追い詰めることに成功するのだが……。

幾多の死を繰り返しながら、ついに白鯨の討伐を成功に導き、暗躍する魔女教大罪司教「怠惰」担当ペテルギウス・ロマネコンティを打ち破ったスバル。辛い決別を乗り越え、ようやく最愛の少女・エミリアとの再会を果たしたのも束の間、スバルはこの世界からレムの存在が消え去ってしまっていることを知る。死のループの中で白鯨に襲われたときに起きた《存在の消失》。白鯨を倒した今、起こり得るはずのない事態がスバルたちを襲う。

クルシュとの話し合いを終え、ロズワールに事態の報告と相談を行うため、アーラム村へと帰ってきたスバルたち。しかし、アーラム村に人影はなく、どうやら魔女教徒の襲撃に備えて、ラムと共に「聖域」へと避難した村人たちがまだ戻ってきていないらしい。「聖域」の情報を集めるため、ロズワールの屋敷にやってきたスバルたちを出迎えたのは、過去にロズワールの屋敷でメイドとして働いていたフレデリカという女性だった。

「聖域」へと向かう途中、意図せずして魔女の茶会に招かれてしまったスバルは、自らを「強欲の魔女」と名乗る少女・エキドナと出会う。警戒するスバルに対して、エキドナはお茶が冷める前に早く席について欲しいと告げる。エキドナとの会話を終え、どうにか外に出ることができたスバルが目にしたものは、ぼろぼろになって地面に倒れているオットーの姿だった。事態を飲み込む暇もなく、スバルは何者かの襲撃を受ける。

それは見慣れたはずのいつもの部屋のはずだった。しかし、ずっと暮らしてきたはずの自室にも関わらず、どこかつきまとう違和感。言いようのない焦燥感に駆られるスバルだったが、そんな不安は父親である菜月賢一の腕挫十字固めによって吹き飛ばれてしまう。悶絶するスバルだったが、負けじと反撃し、プロレス技の応酬が繰り返される中、母親の菜月菜穂子がそろそろお腹が空いたから、朝ご飯が食べたいとやって来る。

もう戻ることのできない場所。どれだけたくさんのものを与えられていたのかを改めて知ったスバルだったが、もう何も返すことはできない。やらなければならないことを全て思い出したスバルは、賢一、そして菜穂子と別れ、学校へと向かう。意を決して教室の扉を開けると、そこには制服姿のエキドナがスバルを待っていた。思ったよりずいぶんと早く着いたと話すエキドナに対して、スバルは制服姿がよく似合っていると返す。

ロズワールの屋敷でスバルを襲ったエルザの凶刃。命を奪われてしまったスバルは墓所の中で目を覚ます。過去と向き合うという一つ目の試練を突破した直後へと戻ったスバルは、最初に目覚めたときと同じように横たわるエミリアを抱き起こし、リューズたちの元へ戻る。そこでスバルは自分が試練を突破したことを話し、エミリアの代わって残りの試練に挑んではどうかと提案するが、その提案はガーフィールによって反対されてしまう。

例え終わる世界であってもレムだけは傷つけさせないとドアに手をかけたスバル。しかし目の前に広がったのはベアトリスがいる禁書庫だった。エルザの襲撃に対して沈黙を貫いていたベアトリスに間一髪というところで命を救われたスバル。しかしスバルはベアトリスになぜ皆が殺されてしまう前に助けてくれなかったのかと叫ぶ。口論しながら揉み合いになるスバルとベアトリス。そんな中、見覚えのある一冊の本がスバルの視界に入る。

ガーフィールに捕まり、監禁されていたスバルを救い出したオットー。エミリアが試練に挑んでいる間、ガーフィールは墓所を離れることができない。今こそ結界の外に逃げるチャンスだと言うオットーに対して否定的なスバル。しかし、ラムが協力者として力を貸してくれることを知り、さらにラムのスバルへの手助けがロズワールからの指示だったことを聞かされたスバルは、逃げることを一旦止めて、ロズワールの元へ向かう。

兎の姿をした得体の知れない何かの群れに食い殺されてしまったスバル。半狂乱で目を覚まし、横たわるエミリアの傍で硬い石の床に額を何度も打ちつけるうちに、スバルは再び魔女の茶会へと招かれる。そこでスバルはエキドナに今まで口にしたくとも決して話すことの出来なかった死に戻りの能力を語る。スバルの話を聞き終えたエキドナは、スバルに力を与え、苦難を歩ませた存在である嫉妬の魔女について話し始める。

墓所から外に出たスバルが目にしたものは、辺り一面を覆い尽くす黒い影だった。突如として現れた嫉妬の魔女によって、何もかもが黒く飲み込まれていく。スバルは駆けつけたガーフィールによってどうにか難を逃れるが、嫉妬の魔女は執拗にスバルたちの後を追う。自らを囮に使えと言うスバルを遮って、追いかけてきた嫉妬の魔女を迎え撃つガーフィール。しかし、嫉妬の魔女が相手では為す術もなく、黒い影は全てを飲み込んでしまう。

ロズワールの屋敷でいったい何が起きているのか。事態を見極め、対処法を見つけるため、ロズワールの屋敷へと戻ったスバル。エルザの襲撃に備えて、フレデリカたちをアーラム村に避難させたスバルは、ベアトリスのいる禁書庫へ向かう。スバルはベアトリスを禁書庫から連れ出そうとするが、ベアトリスの願いはスバルの思惑とは別にところにあり、会話は平行線を辿る。そして入れるはずのない禁書庫にエルザが姿を現す。

墓所で目を覚ましたスバルは横たわるエミリアを見て、エミリアだけでなく、聖域やロズワールの屋敷を襲う脅威の全てを退け、誰も彼も皆を救ってみせると決意を新たにする。ロズワールは、自らの目的を果たすためなら、スバルの力を使って無理やりにでもやり直しをする覚悟を持って行動している。果たして何がロズワールにそこまでさせるのか。様々な謎への答えを求めて、スバルは再びエキドナの元へと向かう。

二つ目の試練の中で様々な出来事を垣間見たスバル。擦り切れてしまいそうになったスバルを動かしたのは、スバルのことを誰よりも愛してくれて、そして誰よりも厳しい人だった。目を覚ましたスバルは、力を貸そうと手を差し伸べるエキドナに、その手を取ることはないと告げる。そのとき闇のヴェールを纏った嫉妬の魔女が姿を現し、彼女もまたスバルに手を差し伸べる。その手を拒絶したスバルは誰の手も借りず自らの力だけで全てを解決すると叫ぶ。

聖域に降りかかる惨劇、そしてロズワールの屋敷やアーラム村を狙うエルザたち。次から次へと襲い来る脅威の全てが残酷に仕組まれた罠であることを告げられたスバルは、どうしようもない八方塞がりな状況に絶望してしまう。そんなとき事態を打破する方法を思いつくことのできないまま自問自答を続けるスバルの前にオットーが現れ、スバルを殴りつける。様々な想いが込められたオットーの拳を受けて、スバルはまた希望を取り戻す。

人以外の生き物たちと会話をすることができる恩寵、言霊の加護を持って生まれたオットー・スーウェンの人生はまさに波瀾万丈と呼ぶにふさわしいものだった。能力によって故郷を追われ、行商人として独り立ちしてからは魔女教に襲われ、スバルと出会い、そして今もまた文字とおり命懸けの鬼ごっこの真っ最中。オットーは与えられた役割を果たすため、ガーフィールの猛攻をかわしながら、必死に時間を稼ぐ。

姿を消したエミリアは墓所の中にいた。パックが消えてしまったことで蘇り始めたエミリアの失われていた記憶。大切なことを忘れてしまっていた自分自身に戸惑い挫けそうになるエミリアに、スバルはありったけの気持ちを伝える。そして墓所を出たスバルたちを待っていたのは、オットーとラムの協力によって満身創痍となったガーフィール。墓所の入り口を塞ぎ、聖域の解放を阻止しようとするガーフィールとスバルの戦いが幕を開ける。

第一の試練に挑み、かつて暮らしていたエリオール大森林に降り立ったエミリア。あれだけの醜態をさらして、よくも顔を出せたものだと嫌味を言うエキドナに対して、エミリアは不敵な笑みを浮かべ、同じ魔女の悪意になんて屈してあげないと言い返す。森の奥へと進んでいく二人は、開けた場所にそびえ立つ大樹へとやってくる。その根本には閂のついた小さな扉があり、そこは幼いエミリアが遊んでいたお姫様部屋だという。

自由に外へ出ることを禁じられるなど、小さな不満はありながらも、母様と呼び慕っていたフォルトナと共にエルフの集落で平和に暮らしていた幼いエミリア。しかし、その平穏は魔女教大罪司教「強欲」担当、レグルス・コルニアスの出現によって脅かされようとしていた。一方、墓所の前でエミリアが試練を突破するのを待っていたスバルたちの元にやってきたシーマは、まだ聖域が聖域と呼ばれる前の出来事について話し始める。

ジュースとフォルトナの前に立ちはだかる虚飾の魔女パンドラ。ジュースとフォルトナは持てる力の限りを尽くして、パンドラに立ち向かう。その頃、幼いエミリアは封印のある場所を目指して走っていた。パンドラが求めるものを渡せば、皆を助けることができるかもしれない。しかし、必死の思いで辿り着いた封印のある場所には既にパンドラが待ち受けていた。幼いエミリアにパンドラは封印を解くのための鍵を渡して欲しいと告げる。

それは遥か昔、遡ること400年前の出来事。嬉しそうにエキドナとの馴れ初めを語るロズワールに、気安く馴れ初めなんて言葉を使うなと返すベアトリス。言い合う二人の間に入ったリューズは、自らもまたエキドナに救われた一人であると話す。三者三様の三人に共通しているのは、エキドナへの感謝であった。しかし、喧嘩しながらも仲良くエキドナのことを話し合う当たり前のような毎日は、一人の男の出現によって終わりを告げる。

ロズワールとの話し合いで、屋敷への襲撃を止めようとしたスバル。しかし、ロズワールは400年もの長きの間ずっと抱き続けてきた信念を曲げることはなかった。エルザたちを止めるため、一刻も早く屋敷へと向かわねばならないスバルは、ガーフィール、オットーともにパトラッシュが引く竜車へ乗り込む。一方、第一の試練を突破したエミリアに対して、ラムはとある願いを口にする。エミリアはそんなラムの想いに触れ、エミリアはラムに手を差し伸べる。

エルザの攻撃に徐々に押されていたフレデリカ。そこへ両腕に銀色の手甲を身につけたガーフィールが駆けつける。数年ぶりとなる姉との再会も束の間、激突して激しく火花を散らすガーフィールの手甲とエルザのナイフ。そんな中、スバルはベアトリスのいる禁書庫へと向かっていた。禁書庫に現れたスバルに驚くベアトリス。400年もの永きに渡り、呪いのような契約に縛られ続けたベアトリスを、外に連れ出すと告げる。

ありうべからざる今を受け入れ、エミリアは第二の試練を突破し、第三にして最後の試練に挑む。そしてラムはパックと共にロズワールを阻止すべく戦いに身を投じていた。すべてはそれぞれが成すべき役目を果たすため。またロズワールの屋敷で繰り広げられているガーフィールとエルザの戦いも激しさを増していく。ギルティラウに追いかけられていたスバルは、現代知識無双の出番だと意気込み、小部屋へと誘い込む。

最後の試練を突破して、墓所の外に出たエミリアが目にしたものは、視界を奪うような猛吹雪だった。辺り一面が真っ白な雪に覆われた目の前の広場で、聖域とアーラム村の人々は肩を寄せ合っていた。彼らの周りに氷の壁を作り、凍てつくような寒さから守っていたのは、かつて契約を結んでいた大精霊。意を決してエミリアが氷の壁に触れてると、手のひらを通じて何かが流れ込んでくる。ふと聞こえた声に頷くようにエミリアは行動を開始する。

ロズワールが発動させた天候を操る大魔法よって、大量のマナが発生していることを嗅ぎつけた大兎は、徐々に聖域へと集まり始める。ロズワールとラムを連れて墓所へと避難するエミリアたちだったが、まるで全てを覆い尽くすような大兎の群れが迫っていた。絶体絶命かと思われたそのとき、エミリアの元にスバルとベアトリスがやって来る。三大魔獣の一翼である大兎を相手に、スバルとベアトリスの初陣が幕を開ける。