Atsushi wurde aus dem Waisenhaus geworfen. Nun liegt er auf der Straße und ist am Verhungern. Da schwimmt Dazai an ihm vorbei, der gerade Selbstmord begehen will und von Atsushi gerettet wird. Dazai gehört zum Büro der wehrhaften Detektive. Ihr derzeitiger Auftrag ist es, einen Tiger zu fangen, der in der Stadt sein Unwesen treibt...

Atsushi erwacht in einer Firmenwohnung des Büros der bewaffneten Detektive. Dazai will ihn zu einem Mitglied des Büros machen, doch Atsushi lehnt ab. Also verspricht Dazai ihm einen passenden Job zu vermitteln. Doch dann werden sie zu einem Notfall gerufen. Im Büro hat sich ein Bombenleger verschanzt und eine Geisel genommen...

Atsushi ist jetzt Mitglied des Büros der bewaffneten Detektive. Da kommt ein neuer Auftrag rein. Angeblich sollen sich hinter einer Firma merkwürdige Typen herumtreiben. Atsushi wird abkommandiert, er soll die Lage nur beobachten. Tanizaki und Naomi begleiten ihn. Doch es ist eine Falle. Plötzlich stehen die Drei der Hafen-Mafia gegenüber...

Die Hafen-Mafia hat angedroht, das Büro der bewaffneten Detektive zu überfallen. Atsushi weiß, dass sie hinter ihm her sind, so beschließt er, die Stadt zu verlassen und hofft dadurch einen Angriff der „Schwarzen Echsen" einer Terrorgruppe der Hafen-Mafia verhindern zu können. Doch das gelingt nicht. Die ‚Schwarzen Echsen' stehen plötzlich im Raum...

Am Flussufer wurde eine Frau tot aus dem Wasser gezogen. Es handelt sich um eine Kommissarin, die in einem Korruptionsfall ermittelt hat, in den ein hochrangiger Politiker verwickelt ist...

Immer mehr Menschen verschwinden in Yokohama. Die Detektive bekommen einen Hinweis und Kunikida will mit Dazai zusammen die Entführten finden. Sie befragen den Hacker Rokuzo, der als Absender der Botschaft den Blauen Boten ausmacht, und ihnen einen wichtigen Hinweis gibt, wo sich die Entführten befinden...

Der „Blaue Apostel" hat an einem unbekannten Ort eine Bombe gelegt. Die wehrhaften Detektive müssen diese vor Sonnenuntergang finden und entschärfen, sonst explodiert sie. Mit Hilfe von Ranpo gelingt es zwar die Bombe rechtzeitig zu finden, aber das Bombenräumkommando kann diese nicht entschärfen...

Atsushi hilft Yosano beim Einkauf. Im Zug sind sie plötzlich mit der Hafen-Mafia konfrontiert. Atsushi soll sich ergeben, sonst wird der Zug in die Luft gesprengt und alle Menschen sterben. Yosano und Atsushi machen sich auf die Suche, nach der Bombe. Yosano geht nach vorn und trifft auf Kajii, einen bekannten Bombenleger...

Kyoka ist bereit alles zu erzählen, wenn sie zum Tofu-Essen eingeladen wird. Danach soll Atsushi sie eigentlich zur Polizei bringen, bringt es aber nicht übers Herz, weil ihr dann die Todesstrafe droht. So verbringen die beiden einen schönen Tag zusammen. Dann will Kyoka selbst zur Polizei, aber Akutagawa, der mittels eines Chips immer wusste, wo Kyoka ist, kann das verhindern...

Atsushi und Kyoka sind auf einem Schiff, das ins offene Meer hinausfährt. Atsushi soll dort dem übergeben werden, der 7 Milliarden für ihn geboten hat. Doch Kyoka will Akutagawa zwingen, Atsushi frei zu lassen. Das misslingt ihr. Doch Atsushi nimmt den Kampf gegen Akutagawa auf. Kyoka hat Bomben auf dem Schiff versteckt, die nun explodiert sind. So wird die Zeit knapp, bis das Schiff sinkt...

Higuchi ist bei Oogai, dem Chef der Port Mafia in Ungnade gefallen. Er bezweifelt, ob das der richtige Job für Higuchi ist. Als der verletzte Akutagawa entführt wird, macht sie sich alleine auf, um ihn zu befreien. Sie ist kurz davor, den Kampf zu verlieren, als die „Schwarzen Echsen" ihr zu Hilfe kommen...

Im Büro der wehrhaften Detektive taucht ein Mann namens Francis auf. Er ist der Anführer einer Befähigtengruppe aus Amerika, die sich „Die Gilde" nennt. Er möchte die Befähigtenlizenz der wehrhaften Detektive kaufen. Fukuzawa lehnt ab. Gleich darauf verschwindet Kenji. Atsushi, Tanizaki und Naomi machen sich auf die Suche nach ihm. Da ist auch Naomi verschwunden...

Vier Jahre zuvor. Dazai ist noch bei der Hafen-Mafia, Odasaku dort der Mann für alle Fälle. Und ein dritter im Bunde an der Bar bei einem Drink ist Ango. Er ist der Geheimagent der Hafen-Mafia. Da taucht eine fremde Organisation auf, die es auf die Hafen-Mafia abgesehen hat. Sie heißt Mimik. Als Ango verschwindet, wird Odasaku vom Boss beauftragt, nach ihm zu suchen.

Odasaku kümmert sich um Waisenkinder, die er bei einem Wirt untergebracht hat. Odasaku wird zu Oogai gerufen. Er soll Ango suchen, der als Nachrichten-Agent der Hafen-Mafia gilt und verschwunden ist. Bei der Durchsuchung seines Zimmers wird Odasaku angeschossen. Er erhärtet sich der Verdacht, dass Mimik dahintersteckt.

Odasaku plant, einen Roman zu schreiben. Da er über Menschen schreiben will, kann er keine Menschen töten. Von Dazai erfährt er, dass dessen Leute in einen Kampf verwickelt sind. Dort kann Odasaku Akutagawa retten. Er trifft auch auf den Chef der Organisation Mimik. Dieser sucht ein Schlachtfeld, auf dem er sterben kann und glaubt in Odasaku den richtigen Gegner dafür gefunden zu haben.

Odasaku erkennt, dass er den Roman nicht mehr schreiben kann. Er ist nur noch von dem Gedanken besessen, den Tod der Waisenkinder, um die er sich gekümmert hatte zu rächen. Er geht zum Stützpunkt der Mimik. Dort tötet er die Bewacher und stellt sich dem Kampf gegen Gide. Dazai erkennt, dass Oogai alles eingefädelt hat.

Kyoka bekommt ihren ersten Auftrag. Sie soll Beweismaterial am Gericht abgeben. Als das nicht so läuft, wie es laufen soll, greift sie zur eigenen Methode. Koyo versucht, Kyoka zurückzuholen doch da tauchen John S. und Lovecraft von der Gilde auf und mischen sich ein.

Ein Schiff ist der Stützpunkt der Gilde. Nathaniel und Margaret sollen es bewachen, während es beladen wird. Doch der Hafen-Mafia gelingt es, das Schiff zu zerstören. Im Kampf besiegt zudem Akutagawa Nathaniel und Margaret. Oogai schickt Chuya zu den Detektiven. Er teilt ihnen mit, wo und wie sie der Gilde eine Falle stellen können.

John S. und Lovecraft von der Gilde versuchen, Haruno und Naomi zu entführen. Kunikida und Tanizaki kommen ihnen zu Hilfe. Nach einem harten Kampf, gelingt den beiden Mädchen die Flucht. Auch Kunikida und Tanizaki können verschwinden, während John S. und Lovecraft von der Polizei verhaftet werden. Doch Mori hat Q freigelassen, einen Befähigten, der den Geist der Menschen beeinflussen kann.

Francis gelingt es, Atsushi auf sein Luftschiff „Moby Dick“ zu entführen. Er soll ihm helfen ein besonderes Buch zu finden. Gleichzeitig hat er auch Q entführt. Mit Hilfe von John S, verbindet er ihn mit den Bäumen der Stadt Yokohama, so dass jeder Tritt auf eine Wurzel, jeder abgebrochene Ast ihm Schmerzen zufügt. Damit werden aber dann auch die Bewohner „infiziert“.

Atsushi hat eine Zusammenarbeit mit der Hafen-Mafia vorgeschlagen, um die Gilde zu besiegen. So treffen sich Mori und Fukuzawa, um zu verhandeln. Ohne Ergebnis. Da die Detektive aber in der Nacht Q befreien wollen, bittet Fukuzawa Mori nicht einzugreifen. Bei dem Versuch, Q zu befreien, stoßen Dazai und Chuya auf Lovecraft und John S. Es kommt zu einem Kampf.

Teil 1: Ranpo wird von Poe herausgefordert. Es soll herausfinden wer hinter den Serienmorden in Poes neuen Roman steckt. Dazu nutzt Poe seine Fähigkeit, Menschen in seinen Roman hineinzuziehen.

Teil 2: Ranpo hat bei seinem Rätselspiel einen Hinweis bekommen, wie man in den Stützpunkt, den Weißen Wal eindringen kann. Dazai will diesen Schwachpunkt nutzen.

Atsushi, Akutagawa und Francis kämpfen noch immer auf dem Schiff. Dabei geht es um das Steuergerät, mit dessen Hilfe ein Absturz verhindert werden kann. Doch während Akutagawa gegen Atsushi und dieser gegen Francis kämpfen will, will Francis sich mit Akutagawa messen. So entsteht ein Dreikampf, bei dem Atsushi erkennt, dass Akutagawa ihn nur besiegen will, um von Dazai anerkannt zu werden.

Atsushi und Akutagawa kämpfen gegen Francis. Schließlich gelingt es ihnen, ihn zu besiegen. Beiden fehlt aber jetzt die Kraft, um noch gegeneinander zu kämpfen. Aber Yokohama ist noch nicht gerettet. Dazai mischt sich ein und manipuliert den Wal so, dass er weiterhin auf Yokohama abstürzen würde. Nur Kyoka, die in einem unbemannten Flugzeug angekettet ist, könnte das noch verhindern.

Dazai und Chuuya besuchen Rando, um ihn nach der Explosion vor acht Jahren zu befragen. Er schildert die Vorgänge von damals. Als Dazai und Chuuya später in einem Spielsalon sitzen, geraten sie heftig aneinander. Dazai presst Chuuya eine Wette ab. Wer zuerst herausbekommt, wer der Täter ist, gewinnt. Wenn das Dazai ist, soll Chuuya für immer sein Hündchen spielen und ihm gehorchen.

Rando gesteht seine Taten. Er kann den Vorgänger in seinem von ihm geschaffenen Hyperraum zum Leben erwecken und ihn für sich kämpfen lassen. So kommt es zum Kampf zwischen dem Vorgänger und Rando auf der einen Seite und Dazai und Chuuya auf der anderen Seite.

Ace, ein Mitglied der Hafenmafia lässt Fjodor entführen. Doch Ace spielt ein falsches Spiel. Er will Fjodor für sich gewinnen, gegen die Hafenmafia. Fjodor, in einem Raum an einem geheimen Ort gefangen, lehnt ab. Er hat angeblich die übernatürliche Fähigkeit, das Bewusstsein anderer zu manipulieren.

Die Gilde ist vernichtend geschlagen. Nun formieren sich Verbrecherbanden um an das Erbe der Gilde zu kommen, ohne dass eigentlich jemand weiß, was das Erbe sein soll. Beim Absturz der Moby Dick hatte jemand durch einen eingebauten Chip die Kontrolle über das Steuergerät übernommen, um das Luftschiff über Yokohama abstürzen zu lassen. Atsushi und Kunikida wollen herauszufinden, wer das war.

Atsushi und Kyoko erhalten den Auftrag, einen Geldkoffer von einem Schiff holen und ihn an einen bestimmten Ort bringen. Im Koffer befindet sich aber kein Geld, sondern ein Bericht über die Eltern von Kyoko. Ihr Vater war ein Agent der Regierung und hat zusammen mit ihrer Mutter Auftragsmorde begangen. Beide wurden nicht von Yasha getötet, wie Kyoko immer angenommen hatte.

Louisa, ehemaliges Mitglied der Gilde, glaubt nicht an den Tod von Francis, ihrem ehemaligen Chef der Gilde und sucht ihn. Tatsächlich findet sie ihn verarmt in den Slums. Sie kann ihn überzeugen die Gilde neu aufzubauen und erneut zu versuchen, seine Frau zu retten. Francis braucht dazu eine Summe von 50 Milliarden Dollar.

Fjodor lässt von Nathaniel Befähigte töten. Er will eine neue Welt schaffen, ohne Befähigte. Es gelingt ihm, sowohl Fukuzawa als auch Mori mit einem Virus zu infizieren, der die Menschen innerhalb von 48 Stunden tötet. Wenn aber einer der beiden Wirte vorher stirbt, wird das Virus im anderen Wirt unwirksam. So gelingt es ihm, die Hafenmafia und die Detektei gegeneinander aufzuhetzen.

Kunikida und Atsushi glauben dem Täter auf der Spur zu sein. Doch der kann durch einen unterirdischen Gang fliehen. Ein Mädchen stellt sich den beiden Verfolgern in den Weg. Sie trägt Handgranaten und droht sich in die Luft zu sprengen, um ihren Bruder zu schützen. Während Atsushi den Täter weiter verfolgt, versucht Kunikida das Mädchen zur Aufgabe zu bewegen. Dies misslingt folgenschwer.

Die Detektive beschließen, entgegen der Anweisung des Chefs doch gegen die Hafenmafia zu kämpfen. Sie sehen keinen anderen Weg mehr, außer, dass Katai vielleicht etwas herausfinden könnte. Atsushi und Kunikida gehen zu ihm, doch er ist nicht da. Auf Videoaufzeichnungen aus seinem Zimmer können sie aber sehen, dass er erschossen wurde.

Fukuzawa und Oogai sind an einem geheimen Ort. Hier wollen sie die Sache unter sich austragen und so ein unnötiges Blutvergießen vermeiden. Sie erinnern sich an die Zeit vor 12 Jahren, als das Drei-Stufen-Modell eingeführt wurde. Der Tag sollte von Militär und Sonderabteilung, die Nacht von der Hafenmafia, und die Dämmerung zwischen Tag und Nacht von den Detektiven kontrolliert werden.

Akutagawa und Atsushi verfolgen Pushkin. Doch Iwan kommt ihnen in die Quere. Während sie gegen ihn kämpfen, kann Pushkin entkommen. Doch draußen erwarten Pushkin die Leute von der Detektei und der Hafenmafia. Pushkin ergibt sich und schaltet das Virus ab. Im Bergwerk kommt es zum großen Showdown!

In diesem Fall lernen sich der Kampfkünstler Fukuzawa und der junge Meisterdetektiv Ranpo kennen. Je weiter der Fall voranschreitet, desto mehr erkennt Fukuzawa, welche unglaubliche Kraft in dem jungen Ranpo steckt und er beschließt, ihn vorübergehend bei sich aufzunehmen.

Ranpo erfährt von Fukuzawa dass die Welt sich nicht gegen ihn verschworen hat und er durch seine besonderen Fähigkeiten einfach viel schlauer als der Rest der Menschheit ist. Kurzerhand nimmt er den Fall selbst in die Hand und bringt die Wahrheit ans Licht.

Es stellt sich heraus, dass der Polizist, der Ranpo mitnahm, kein echter Polizist ist und zu einem Verbrechersyndikat gehört. Doch anstatt Ranpo zu ermorden, macht er ihm ein Angebot.

Jemand wird vom Dach eines hohen Gebäudes geworfen und Ranpo kommt zum ersten Mal mit der Deduktion an seine Grenzen. Könnte möglicherweise die besondere Fähigkeit des Mörders damit zusammenhängen?

Der perfekte Mörder mit dem perfekten Mord kriegt es mit niemand geringeren als dem genialen Meisterdetektiv Ranpo zu tun, doch auch dieser scheint der Sache anfangs nicht gewachsen zu sein. Doch ein paar Wassertropfen auf der letzten Seite eines Manuskripts bringen den Fall plötzlich ins Rollen …

Ein Serienmörder treibt mit bizarren Morden sein Unwesen. Die Detektei möchte den Fall sofort übernehmen, doch Ranpo weigert sich, da er sich an eine vorherige gut gemeinte Warnung erinnert …

Die Detektei wird durch einen durchtriebenen Plan als eine Verbrecherorganisation dargestellt, woraufhin sie von der gefährlichsten Truppe der Militärpolizei gejagt werden. Trotz ihrer besonderen Fähigkeiten scheint die Lage aussichtslos zu sein.

Der Chef von der Detektei hat mit der Hafenmafia einen Deal ausgehandelt, um diese vor den Jagdhunden zu retten. Doch bei der Hafenmafia gibt es nichts umsonst …

Yosano wird unter der Leitung von Doktor Mori zum Krieg eingezogen. Dort heilt sie mit ihrer besonderen Fähigkeit einen verwundeten Soldaten nach dem anderen, doch schon bald stellt sie fest, dass auch das Verlieren im Krieg ein Menschenrecht darstellt …

Yosano wird mit ihrer Vergangenheit konfrontiert als jemand mit denselben Fähigkeiten des Soldaten auftaucht, den sie damals sterben ließ. Handelt es sich dabei um einen Geist oder ist dieser Soldat in Wirklichkeit gar nicht tot?

Atsushi und Kyōka sind weiterhin auf der Flucht und fragen Mushitarō um Hilfe. Dieser scheint zuerst nicht bereit zu sein, der Detektei zu helfen, doch ein einziges Wort ändert seine Meinung schlagartig.

Die Jagdhunde begeben sich zum Himmelscasino, um die Detektive aufzuspüren, doch dort stoßen sie auf ein finsteres Geheimnis, welches den Untergang der Welt, wie wir sie kennen, einläuten soll …

Sigma ist die einzige Person, die den Detektiven helfen kann, die übernatürliche Seite aufzuspüren, doch er befindet sich in Lebensgefahr. Gelingt es Atsushi und seinen Freunden seinen Tod zu verhindern?

Nach den Fall mit dem Himmelscasino wird Kunikida vor eine schreckliche Wahl gestellt. Währenddessen zeigt Ranpo sein ganzes Können als großer Meisterdetektiv, um den Tag zu retten.

Um gegen Kamui mit den Todesmalen des Engels anzukommen, möchte sich Ranpo mit dem Boss der Jagdhunde verbünden. Doch dieser trägt ein dunkles Geheimnis mit sich herum …

Akutagawa schlägt sich auf Atsushis Seite und kämpft gegen das Oberhaupt von den Todesmalen des Engels. Allerdings ist auch ihr Feind für eine Überraschung gut und zieht ein Raum-Zeit-Schwert.

Atsushi entkommt durch die Hilfe von Akutagawa mithilfe eines U-Boots, während Fukuchi von einer Wache aufgehalten wird. Währenddessen erwacht ein mächtiger Vampir namens Bram, der eine zentrale Rolle in Fukuchis Plan spielen soll.

Da Fukuchi über Jōnos sadistische Ader Bescheid weiß, möchte er ihn für die Todesmale des Engels rekrutieren und beauftragt ihn damit, die Detektei auszulöschen. Doch dieser reagiert nicht so, wie es Fukuchi erwartet hätte …

Fukuchi steht kurz davor, an einem Flughafen One Order in die Hände zu kriegen. Währenddessen versuchen die Detektive, diese Luftlieferung zu verhindern.

Aya versucht weiterhin zusammen mit Brami vom Flughafen zu fliehen, doch alle Wege scheinen versperrt zu sein. Doch plötzlich kommt ihnen unerwarteter Weise jemand zur Hilfe …

Als Fjodor versucht, dem Gefängnis zu entkommen, enthüllt Dazai, wie er Botschaften von außerhalb empfangen hat. Dank dieser Methode scheint der tödliche Wettkampf gegen Fjodor bereits entschieden, noch bevor er wirklich startete.

Dazai und Sigma erfahren, dass Fjodor noch lebt, und auf Rache aus ist. Währenddessen erfährt Atsushi von dem wahren Ziel der Todesmale des Engels und fühlt sich nicht in der Lage, selbst eine Entscheidung zu treffen.

Während Dazai seinem Schicksal in die Augen sieht und kurz davor steht, von Chūya getötet zu werden, versucht Aya einen Weg zu finden, das heilige Schwert aus Bram herauszuziehen, um die Welt vor dem Untergang zu bewahren.

Die Welt steht kurz vor ihrer endgültigen Zerstörung, doch vorher soll Fukuzawa noch den eigentlichen Grund seines alten Freundes erfahren, warum dieser alle Staaten dieser Welt auslöschen möchte …