雄英高校は夏休みに突入！家で自主トレーニングに励んでいた出久は、峰田と上鳴に、学校のプールで林間合宿に向けた体力強化訓練をしようと誘われる。その訓練は、2人が女子たちの水着を見るために仕組まれたものだった―！しかし、そうとも知らない出久が他のＡ組メンバーに声をかけ、峰田と上鳴の悪巧みはあっさり崩れ去る。訓練に励む中、出久たちは、怒涛のように過ぎ去った１学期を思い返すのだった。その頃、敵＜ヴィラン＞連合のアジトでは、死柄木が次の「ゲーム」を始めようとしていた―。

出久たち雄英高校ヒーロー科は、パワーアップのため林間合宿へ出発。しかしその道中、出久たちは途中でバスを降ろされる。待っていたのはヒーローチーム「プッシーキャッツ」だった。そこから宿泊施設まで“魔獣の森”を通って自力で辿り着くよう指示された出久たちに、次々と魔獣たちが襲い掛かる！それぞれが成長ぶりを見せながら進んでいく1-Aメンバーたち。なんとか宿泊施設にたどり着くと、そこにはヒーローを敵視する少年・洸汰の姿があった。一方その頃、敵＜ヴィラン＞連合は林間合宿に狙いを定め…。

ついに始まった“個性”強化訓練。それは、生徒それぞれが自分の“個性”の「限界突破」を目指すというシンプルなものであった。1年B組のメンバーも合流し、合宿は激しさを増していく。そんな中、出久は洸汰にとっての“ひみつきち”で、“個性”社会に対する彼の思いを知るのだった。自分と異なる考え方に直面し悩む出久。しかし、答えを出す暇も無く合宿は進行し、レクリエーションの肝試しが始まった。ペアに分かれ、各々が楽しむ最中、突如有毒のガスが森中に広がる。敵＜ヴィラン＞連合・開闢行動隊が出久たちを襲う―！

雄英の林間合宿地に現れた敵＜ヴィラン＞連合・開闢行動隊。そのひとり“血狂い”マスキュラーの魔の手が洸汰に迫る。マスキュラーは、洸汰の両親を殺害した犯人だった。そんな危機一髪の状況に現れたのは、出久！洸汰を守るため、“個性”「ワン・フォー・オール」で立ち向かう。しかし強力な「筋肉増強」の“個性”を持つマスキュラーに追い詰められていく。自損覚悟の100％SMASHですらたいしてダメージを与えられない。本気で襲い掛かるマスキュラーに対し、出久は洸汰を守るために、己の限界を超えていく！！

マスキュラーを倒した出久は、相澤のもとに洸汰を連れて行き、状況を報告。そして重傷を負いながらもマンダレイのもとに急ぐ。相澤から下された「戦闘許可」と、敵の狙いのひとつが爆豪であることをヒーロー科全員に伝えるためだ。その爆豪は轟と共に敵＜ヴィラン＞・ムーンフィッシュと対峙。そして有毒ガスが充満するエリアでは、鉄哲と拳藤がガスの源である敵＜ヴィラン＞・マスタードを発見する。しかし、強力な“個性”と拳銃を持つマスタードに苦戦を強いられる。それでも、勇気を振り絞り、拳藤の“個性”と、鉄哲の拳がうなる！

出久は、暴走したダークシャドウに取り込まれる常闇に遭遇する。常闇を救けるか、爆豪のところに急ぐか…。「2人とも救けたい」と、出久は居合わせた障子と共に、常闇をムーンフィッシュと戦う爆豪と轟のところまで誘導し、ムーンフィッシュを撃退。常闇も自我を取り戻した。一方、お茶子と梅雨ちゃんもトガを何とか退け、出久たちと合流。しかし、一瞬の隙を突かれ、爆豪と常闇を敵＜ヴィラン＞のMr.コンプレスに捕われてしまった！。目標を達成し、退却を始める敵＜ヴィラン＞連合。爆豪と常闇を救け出すため、出久や轟たちは懸命にその後を追う！！

出久は轟と切島から爆豪救出に誘われるが、その行為は許されるものではなかった。悩んだ結果、救出に向かうことに決めた出久は病院を抜け出すも、飯田が止めに現れる。飯田は3人に、かつて兄の仇討ちのため暴走した自分を重ね、厳しい言葉を投げかける。しかし出久たちの決意は固く、かつ戦闘なしの隠密行動という。結果、飯田と八百万も監視役として同行することになり、発信機が示す神野区に向かう。一方、敵＜ヴィラン＞連合アジトでは、拘束された爆豪が死柄木に仲間になるよう言葉を投げ掛けられていた。爆豪の答えは―！？

死柄木の誘いに対し、爆豪は「オールマイトの勝つ姿に憧れた」と言い放ち拒否する。同時に雄英の責任を問う記者会見が行われていたが、それは敵＜ヴィラン＞を欺く罠だった！アジトにオールマイトをはじめとするプロヒーローたちが集い、攻勢を仕掛ける。さらにプロヒーローの別動隊が、出久たちが突き止めた脳無工場を制圧した。追い詰められる敵＜ヴィラン＞連合。オールマイトの問いかけに対し、死柄木は叫ぶ。「お前が嫌いだ!!」その時、アジトに大量の脳無が出現。そして出久たちの前に“巨悪”オール・フォー・ワンが姿を現す―。

オール・フォー・ワンによりヒーローチームVS敵＜ヴィラン＞連合の形勢は逆転。脳無工場のプロヒーローは全滅、確保した敵＜ヴィラン＞連合と爆豪もオール・フォー・ワンの“個性”で転送されてしまう。その先は出久たちが居合わせた脳無工場だった。爆豪を救けに動こうとする出久を飯田は決死に止める。なすすべなく思えたその時、現れたのはオールマイト！遂に始まるオールマイトVSオール・フォー・ワン。その傍では死柄木たち敵＜ヴィラン＞連合が爆豪に襲い掛かる。そんな中、出久は戦闘を避けつつ、爆豪を救出するための作戦を思いつく！

出久たちが爆豪を救出した！オールマイトはオール・フォー・ワンに渾身の一撃を叩き込むが、無情にも活動限界が訪れ、隠してきた痩せこけた真の姿がテレビに映し出されてしまう。それでも闘志を燃やすオールマイトに対し、オール・フォー・ワンは残酷な事実を告げる。「死柄木弔は、志村菜奈の孫だよ」。志村菜奈は「ワン・フォー・オール」の先代継承者であり、オールマイトの師匠だった。絶望するオールマイト。しかし、平和の象徴として皆を守るため、彼は再び奮い立つ！オールマイトVSオール・フォー・ワン、決着―!!

オールマイトの手によってオール・フォー・ワンは倒され逮捕されたが、オールマイトも力を使い果たし、世界は「平和の象徴」を失った。オールマイトから、その事実と自分を育てることに力を注ぐことを告げられた出久は号泣した。そんな中、敵＜ヴィラン＞の脅威から生徒を守るため、雄英高校の全寮制への移行が決定。オールマイトと相澤は説明のため生徒たちの家を回る。しかし、出久の母は、息子の無事を願う気持ちから雄英に預けることを拒否する。それでも出久はヒーローになる固い決意を見せる。そしてオールマイトは―。

全寮制の初日。入寮を前に、相澤は独断で爆豪を救出に行った出久、轟、切島、飯田、八百万の5人、そしてそれを知りながら止めなかった生徒たちを咎める。相澤の言葉が胸に突き刺さる出久たち。爆豪は皆のそんな気持ちを振り払うように振る舞うのだった。そしてそれぞれが自室を作る中、全員が部屋を披露してセンスを競う「部屋王決定戦」が開催！果たしてA組メンバーはどんな部屋を披露するのか！？しかし、なぜか梅雨ちゃんは参加せず…。そして翌日、プロヒーロー仮免取得に向けた「必殺技」を編み出す授業が始まる！

「仮免試験編」スタート！A組の生徒たちは、残りの夏休みを使って“個性”を伸ばしつつ必殺技を編み出す、圧縮訓練を行うことになる。しかし、腕に爆弾を抱えている出久には無理ができない。悩む出久に対し、オールマイトは言葉を投げかける「君はまだ私に倣おうとしているぞ」。答えが出ないまま向かった開発工房で、出久、お茶子、飯田の3人はサポート科の発目明に再び出会う。相変わらず自由な発目に振り回される3人。しかし、そんな発目の一言や、オールマイトの言葉から、出久はヒントを得て―！

新コスチュームで、脚をメインに使う戦闘方法「シュートスタイル」に辿り着いた出久。他のA組生徒たちも次々と必殺技を完成させていく。そしていよいよ仮免試験当日がやってくる。その会場には、雄英の推薦入学を断ったという夜嵐イナサの士傑高校や、真堂揺をはじめとする傑物学園など、多くの受験者の姿が。そんな彼らと競い合うことになる仮免試験の一次選考は、1540人中100人が勝ち抜けという過酷なものであった！しかも、毎年、試験開始直後に展開される“雄英潰し”のため、受験者たちが出久たちに牙を剥く！

仮免試験の第一次選考は、それぞれに付けられたターゲットにボールを当てることで脱落させるサバイバル！襲い掛かる受験生たちの攻撃を、編み出した必殺技で乗り越えていく出久たち。一方、士傑高校の夜嵐は強力な“個性”で受験者を圧倒し早くも合格を果たす。そして、傑物学園の真堂の“個性”で仲間と分断された出久に、士傑高校のケミィが襲い掛かる！ケミィの妖しげな雰囲気に出久は困惑する。そこにお茶子が駆け付け、他の受験者の攻撃も避けながら出久は反撃の機会をうかがう。しかし、そのお茶子はケミィが変身した姿だった！

仮免試験一次選考、轟は誠刃高校の生徒たちの襲撃を受ける。相手の“轟対策”をかいくぐり、ステージの形状を利用した攻撃で一次選考を突破した。梅雨ちゃん、八百万、耳郎、障子は、聖愛学院の印照才子の作戦に追い詰められる。しかし、八百万は相手の狙いが自分の“個性”「創造」を使いきらせることにあることに気付き、防御ではなく攻撃のために“個性”を駆使して、4人は危機を脱した。そして、爆豪・切島・上鳴は、士傑高校の肉倉精児と対峙。一方、多くの受験者に囲まれた出久・お茶子・瀬呂は、状況を打開するべく動き出す！

士傑高校・肉倉精児の“個性”で切島が肉塊に変えられ、爆豪も反撃する中で隙をつかれ、肉塊にされてしまう。残された上鳴だったが、爆豪と切島をけなす肉倉に対し新コスチュームでの必殺技を繰り出す！肉倉の“個性”がダメージで解除され、爆豪と切島が復活。3人は一次選考を突破した。一方、出久は機転を利かせお茶子と瀬呂と共にクリア！合格枠も残りわずか、A組はまだ9人が突破しておらず、しかも散り散りになっていた。そんな中、青山は自ら犠牲になろうとレーザーを放ち、飯田を救おうとする。そこにA組のメンバーが集結した！

仮免試験の二次選考は救助演習！「敵＜ヴィラン＞によるテロが発生」という神野区での事件を模したような設定に、出久たちは奮い立つ。開始後、さっそく要救助者役の「HUC」のメンバーを救出するも、その手順などに激しいダメ出しを受ける出久。それでも、チームワークや偶然もあり、救出を進めるＡ組の生徒たちであったが、突如、壁が爆発！「テロ」を起こした敵＜ヴィラン＞役として、No.10ヒーロー・ギャングオルカとその部下達が会場に乱入するのであった。ギャングオルカは言う「どう動く!?ヒーロー！」

今回は劇場版につながる特別編！夏休み、少人数に分かれ行われる特別演習に参加することになった出久たち。内容は、オールマイト：敵＜ヴィラン＞役、他の教師陣：人質役という配役での、対敵＜ヴィラン＞を想定した捕縛訓練であった！訓練が開始され、慎重に敵（オールマイト）と接触する出久たちだったが、結局一点突破の爆豪と共に突入してしまう。しかし、現場に居たのは、血だらけで倒れた敵＜ヴィラン＞と、縛られた人質たち、という意外なものであった！飯田は言う「人質たちの中に…敵＜ヴィラン＞を殺した犯人がいる！」出久は推理を進める内に、悲しい真実に思い至り―！

救助演習に敵＜ヴィラン＞役としてNo.10ヒーロー・ギャングオルカが乱入！出久たち受験者は敵＜ヴィラン＞の制圧か、救助を続けるか、各々の役割を正しく判断して動かねばならない。圧倒的な力を持つギャングオルカに対し、立ち向かったのは轟と夜嵐だった！しかし、息が合わず足を引っ張り合う2人。かつて夜嵐は轟と轟の父エンデヴァーと出会った際、その態度に嫌悪感を覚えていたのだ。その場で口論まで始める2人だったが、出久の言葉でようやく自らの過ちに気付く。絶体絶命のピンチの中、“個性”を合わせ、ギャングオルカにある策を仕掛ける！

仮免試験の全行程が終了！雄英ヒーロー科1-Aは爆豪、轟を除く18名が合格。士傑は夜嵐が不合格という結果に終わった。しかし3人は特別講習に向けて意気込む。そして、人知れずケミィに変身していたトガが闇に消え、仮免試験は幕を閉じた。一方、オールマイトは収監施設・タルタロスで、オール・フォー・ワンと対峙していた。全身を拘束されながらも、社会の混乱を言い当てる巨悪に対し、オールマイトは己の決意を言い放つ。そしてその晩、出久は爆豪に呼び出され、あることを問われる。「オールマイトから貰ったんだろ。その“個性”」

「戦えや。ここで今」かつて爆豪を破ったグラウンド・βで、出久は再び爆豪と対峙する。本気で攻めてくる爆豪に対し、出久はとまどいを隠せない。しかし出久は、爆豪が、自分が攫われた事が原因でオールマイトが力を失ってしまったという責任に苦しんでいることに気が付き、全力で受けて立つことを決意する。以前より強さに磨きがかかった爆豪に対し、フルカウル・シュートスタイルで戦う出久。加速する戦いの中で、初めて互いに本音を明かし合いながら、感情が昂ぶった出久は、全体常時身体許容上限8％のワン・フォー・オール フルカウルを発動する！

街角のモーテルで、煙草をふかす男が一人…敵＜ヴィラン＞連合の一員・トゥワイスが街へ繰り出すと、そこには、“平和の象徴”不在で荒れる社会があった。徒党を組み好き放題暴れる犯罪者たち。そんな中、トゥワイスは、謎の男・オーバーホールと出会う。一方雄英高校は後期課程がスタート！始業式でカリキュラムの一つ「ヒーローインターン」を知るＡ組だったが、出久と爆豪は謹慎中。翌日、寮で清掃中の出久は不思議な男と出会う。見たことがある顔であったものの思い出せない出久。やがて謹慎が解け、授業に戻った出久の前に現れたのは―！？

雄英のトップに君臨する三年生、通称・ビッグ３が来た！3人のあまりに個性的なキャラクターに戸惑うＡ組の生徒たち。すると、ビッグ3のひとり通形ミリオが「言葉より実戦」と出久たちとまとめて戦うことに！相澤をもってして「最もNo.1に近い男」と言わしめるほどの実力でＡ組を一網打尽にするミリオは、その力はインターンで培ったと出久たちに語る。出久はインターン先を相談したグラントリノからオールマイトの元相棒を紹介される。一方その頃、敵＜ヴィラン＞連合は指定敵＜ヴィラン＞団体の若頭・オーバーホールと接触。ヒーローＶＳ新たな敵＜ヴィラン＞の戦いが、迫る―！