敵＜ヴィラン＞連合によるUSJ襲撃から僅か数日…。雄英高校ヒーロー科１年A組の生徒達は救助訓練を行うため再びUSJを訪れていた。生徒たちそれぞれが自分の“個性”と知恵を駆使して訓練に臨む中、突如潜んでいた、筋骨隆々な敵＜ヴィラン＞の残党が出現！すさまじいパワーを持つ敵＜ヴィラン＞に対し、デクたち１年A組の生徒たちは、力を合わせて立ち向かう！

ある日、雄英高校ヒーロー科1-Aの授業に勇学園の生徒4名が特別に参加することに。その中には、梅雨ちゃんの中学時代の親友・万偶数羽生子(声:内田真礼)の姿もあった。2人が再会を喜ぶ一方で、そして勇学園の藤見露召呂(声:木村良平)と爆豪はいきなりにらみ合いに…。屋外でのサバイバルをテーマにした合同授業が始まるが、突如謎のガスが辺りを包む。すると、そこからなんと複数のゾンビが出現!そのゾンビたちの正体はなんと…!? そしてゾンビたちに噛まれたクラスメイトが次々とゾンビになっていく。果たしてデクたちは、ゾンビの恐怖から生還することができるのか…!?

プロヒーロー仮免試験を目前に控える雄英高校ヒーロー科1年A組は、授業で2チームに分かれての災害救助訓練に臨むことに。地下の大型ショッピングモールで火災が発生し、取り残された要救助者に見立てた人形を保護するというものだ。デクたちAチームの10人は手分けして要救助者を探し始めるが、施設の崩落事故が発生し、地下に閉じ込められてしまう! 更なる崩落の危険もあり、電気も通らず、酸素も薄くなり、さらに飯田が負傷し、一刻の猶予もない…。デクたちは力と“個性”を合わせ、離れ離れになったメンバーとの合流と地下からの脱出を目指す。そんな中、爆豪は訓練を続行すると言い出し…!?

プロヒーロー仮免試験に向けて、雄英高校ヒーロー科1年A組は災害救助訓練に臨むが、訓練施設の地下ショッピングモールで崩落事故が発生! デクたちAチームの10人は、地下でバラバラに閉じ込められてしまう。デク･お茶子･梅雨ちゃんは、八百万と事故で負傷した飯田と合流し、飯田の搬送のために力を合わせる。その頃、訓練を続行していた爆豪･切島･上鳴は要救助者に見立てた人形を見つけるが、事故により流れだした大量の地下水が迫る! そこに轟と常闇が駆け付けるが…!? 一方、デクはクラスメイトたちのピンチを救けるために地下に残ることを決める。しかし、この事故にはある思惑が隠されていて…!?

野球好きなプロヒーローたちが設立した草野球リーグ「HLB＜ヒーローリーグベースボール＞」。そこで優勝を争う2チーム、ギャングオルカ率いるオルカーズと、シシド率いるライオネルズによる最終決戦の日がいよいよやって来た。ギャングオルカとシシドは覇権を勝ち取るため、他事務所のプロヒーローやインターン中の雄英高校生徒たちを助っ人に呼び寄せる。“個性”全開、HLBならではのルールで繰り広げられる試合の行方は…!?

冬休み。街中の至る場所への落書き事件が連続発生し、デク、爆豪、轟がインターン中のエンデヴァー事務所に応援要請が入る。犯人は、美術家を自称するミスター・スマイリーという男で、彼の“個性”により、警察も逮捕できず手を焼いていたのだ。「そんな軽犯罪は警察で処理しろ！」と一蹴するエンデヴァーだったが、自宅の塀に落書きされたことで態度を一変、検挙に乗り出すが、ミスター・スマイリーは想像以上に手強い相手だった―！

冬休み。寮からの外出禁止でヒマを持て余す1年A組たちのもとへ3年の通形ミリオがやってくる。彼が持ち込んだのは、サポート課が制作したカードゲーム「雄英ヒーローズ・バトル」！A組メンバーは早速遊び始めるが、雄英生それぞれのカードを駆使して戦うこのゲームは、雄英らしく一筋縄ではいかないものだった…！果たして、カードバトルの勝者は…!?

“無個性”の少年・緑谷出久が果たした、オールマイトとの運命的な出会い。“個性”ワン・フォー・オールの継承、それは巨悪オール・フォー・ワンと、そして死柄木弔と対峙することを意味していた。決戦を前に出久の胸に去来するものとは―。

“平和の象徴”オールマイト。彼をヒーローとして駆り立てた想いとはいったい何なのか。迫るオール・フォー・ワンや死柄木弔との決戦は、かつて神野で繰り広げた死闘の再現となるのか。最前線に立てずとも、彼の存在がヒーローを奮い立たせる。

麗日お茶子とトガヒミコ。林間合宿襲撃事件での邂逅から“自分らしくあるために”それぞれが歩んできた道が交錯する。轟焦凍と荼毘。兄弟として生を受けた2人と、父エンデヴァー、家族を取り巻く因縁。家族は兄の望むままに焼き尽くされるのか、それとも…。

「全てを壊す」それだけのために突き進む、“巨悪”オール・フォー・ワンの後継者・死柄木弔。進化を続ける有史以来最凶の敵(ヴィラン)は、どう生まれたのか。そう、全ては、幼いあの日から、あの家から始まった―。