1학기를 마친 유에이 고교는 여름방학에 들어갔지만 미도리야는 자율 훈련을 계속한다. 카미나리와 미네타는 훈련을 핑계로 미도리야와 학교 수영장으로 향하고 두 사람의 바람과는 달리 수영장엔 남녀학생 모두가 모이게 된다. 체력 훈련 중 미도리야, 이이다, 토도로키는 지난 일을 회상한다. 한편 올마이트와 츠카우치는 빌런연합에 대한 경계를 늦추지 않고 시가라키는 새로운 계략을 준비한다.

설레는 마음으로 합숙을 떠난 1-A반은 합숙을 함께할 와일드 와일드 푸시캣츠를 만나게 되고 그들이 준비한 마수의 숲에서 혹독한 합숙 첫째 날을 시작한다. 한편 미도리야는 히어로를 싫어하는 소년 코타에게 마음이 쓰인다. A반은 합숙 둘째 날 개성을 키우기 위한 훈련을 시작하고 시가라키는 이들을 향한 공격을 준비한다.

유에이 히어로과 1학년 A반과 B반은 각자의 개성을 키우기 위한 훈련에 들어간다. 미도리야는 히어로와 초인사회를 증오하는 코타를 안타까워한다. 다비가 주축이 된 개벽행동대는 A반과 B반이 담력시험을 하는 도중에 공격을 시작한다.

개벽행동대의 습격에 프로 히어로들은 각자의 자리에서 빌런을 상대한다. 코타는 부모의 원수인 머스큘러와 맞닥뜨리게 되고 위기의 순간에 미도리야가 나타난다. 테츠테츠는 빌런과 맞서기로 결심하고 머스큘러의 압도적인 힘에 속수무책으로 당하던 미도리야는 코타를 지키기 위해 온 힘을 다한다.

머스큘러에게 승리한 미도리야는 만덜레이의 텔레파스를 이용해 모두에게 전투를 허가한다는 아이자와의 말을 전한다. 테츠테츠와 켄도는 머스타드, 바쿠고와 토도로키는 문 피시를 각각 상대한다. 바쿠고에게 향하던 미도리야는 쇼지와 함께 폭주하는 다크 섀도를 목격한다.

미도리야와 쇼지는 폭주하는 다크 섀도를 문 피시를 상대하는 바쿠고, 토도로키에게 데려간다. 미도리야 일행은 바쿠고를 보호하며 시설로 향하고 토가를 상대하던 우라라카와 아스이도 합류한다. 하지만 곧 Mr.컴프레스가 바쿠고와 토코야미를 데려간 걸 눈치채고 이들을 되찾기 위해 Mr.컴프레스를 뒤쫓던 미도리야 일행은 다비가 있는 곳에 다다른다.

미도리야, 토도로키, 쇼지는 바쿠고와 토코야미를 구하기 위해 다비 일행을 상대한다. 다비는 쿠로기리의 워프 게이트를 이용해 바쿠고를 데리고 사라진다. 학생이 빌런에게 납치된 사건으로 언론과 유에이 고교는 혼란에 빠지고 미도리야는 바쿠고를 구하지 못했다는 생각에 괴로워한다. 그때 키리시마와 토도로키는 직접 바쿠고를 구하러 가자는 제안을 한다.