何をやってもうまくいかないのび太は、「魔法（まほう）が使えたら便利で楽しくなるにちがいない」と思いつき、『もしもボックス』で現実の世界を魔法の世界に変えてしまう。 そこは、科学のかわりに魔法が発達した世界。ところが、ここでもやっぱり不器用なのび太は、魔法がうまく使えないのだった…。 そんなある日、のび太は、魔法を自由にあやつる美少女・美夜子と、その父・満月牧師に出会う。牧師から、悪魔族（あくまぞく）が住む“魔界星（まかいせい）”が地球に接近し、地球侵略（しんりゃく）を企てていると聞いたのび太とドラえもんは、大あわてで元の世界に戻そうとするが、なんとママがもしもボックスをすててしまう…！ やがて魔界星はどんどん地球に接近し、地震や異常気象が次々と起きはじめる。のび太とドラえもんは地球を救うため、しずか、ジャイアン、スネ夫、そして美夜子とともに魔界星へと乗り込んでいくが…！？