Tout en veillant sur Rudy, Vinnie apprend que le beau-père de Grosset a également été frappé, ce qui a déclenché une lutte de pouvoir au sein de la foule. Albert courtise l'alliance de Vinnie en le laissant participer à son plan de contrebande d'héroïne d'une valeur de plusieurs millions de dollars dans le pays. Vinnie va à la Commission et demande la place de Rudy à la table.

La tension monte entre Cerrico et Grosset sur le contrôle de l'activité de ramassage des ordures. Grosset forme une alliance difficile avec Chinatown Mobster Chin. Carlotta exhorte Rudy à aller mieux et à sortir Vinnie du milieu de la guerre de la mafia imminente. L'OCB ferme l'usine d'explosifs de Chinatown. Gina Grosset tue Chin. Après une tentative d'assassinat à l'opéra, Amber dit à Vinnie de partir.

Frank veut retirer Vinnie de l'affaire lorsqu'il découvrira que le procureur Peter Alatorre a l'intention d'exposer Vinnie en tant que chef de la Commission dans une conférence de presse. Albert est désemparé lorsque son fils est renvoyé de l'école en raison de sa récente couverture médiatique. Rudy appelle Alatorre dans sa chambre d'hôpital pour lui montrer qu'il est de retour à la campagne, pour calmer Vinnie.

Rudy découvre le plan de Joey pour le tuer, lui, Albert et Vinnie, alors il met son propre plan en œuvre en convainquant Albert qu'il doit tuer Grosset. Albert et Joey ont un affrontement qui se termine avec Joey mort et Albert en prison pour son meurtre. Gina organise une rencontre avec la Commission pour leur proposer le deal d'héroïne d'Albert.

Frank et Dan pressent Vinnie d'essayer de se réconcilier avec Amber. A leur insistance, il va vers elle, ils font l'amour, puis elle exige qu'ils voient un conseiller. Suivant les conseils de leur thérapeute, ils partent en week-end, où ils réalisent tous les deux qu'ils sont trop impliqués dans leur carrière pour être capables de maintenir une relation avec l'autre.

Quand un prêtre local trouve une boîte qui appartenait à Pete, il l'apporte à Vinnie, qui trouve à l'intérieur un journal de son père. En le lisant, il découvre un épisode sombre impliquant son père et la mafia locale. L'épisode utilise des films en noir et blanc et des visages familiers pour donner vie au journal de John.

Vinnie et Frank essaient de remonter le moral de Dan, qui est déprimé à l'idée de devenir grand-père. Lorsque Lauren trouve un faux chèque dans la poche de son mari, elle demande à Dan d'enquêter, et il découvre une arnaque qu'un constructeur local utilise pour escroquer sa compagnie d'assurance. Le constructeur est mis à l'arrêt, mettant Stephen à la porte d'un emploi et lui faisant décider de quitter la ville.

Vinnie assiste aux retrouvailles de ses 15 ans de lycée et rencontre deux vieux amis, un avocat de la mafia et un détective. Vinnie est déchiré entre dire à Denise qu'il est flic et protéger sa couverture. Frank dit à Vinnie que Denise a mis sur écoute sa maison, rendant Vinnie furieux et déterminé à lui donner une leçon. Denise et Mooch se marient.

Vinnie est appelé à Washington pour enquêter sur une opération de contrefaçon destinée à saboter l'économie japonaise. Frank avertit Vinnie de faire attention, qu'il y a une sorte de jeu de pouvoir en cours, parce que Paul a été mystérieusement envoyé en Thaïlande, laissant Mark en charge. Vinnie soupçonne Masters de vouloir le piéger pour le coup d'État de l'Isle Pavot. Marc est relevé de ses fonctions lorsqu'il perd le contrôle après le meurtre de son ancien mentor. Vinnie rencontre Kate Gallagher.

Au lendemain de l'assassinat de l'économiste Valenti, de nouvelles voies s'ouvrent dans l'enquête de Vinnie sur le complot visant à perturber l'économie japonaise. Bien que Vinnie soupçonne fortement que Masters est derrière l'intrigue, il suit la piste que Masters lui a tracée. Vinnie et Kate vont dans l'Utah pour retrouver le mystérieux M. Wilson.

Vinnie et Dan trouvent des preuves du réseau de contrefaçon en Utah, mais il semble qu'il soit venu trop facilement, de sorte que Vinnie se dirige dans les montagnes pour rencontrer un milliardaire reclus, Prescott Wilson, qui détient peut-être la clé de la vérité dans cette affaire. Frank et Vinnie convainquent le sénateur Pickering de retarder l'adoption du projet de loi commercial du sénateur Getzloff pendant qu'ils cherchent l'avion transportant le yen. Masters présente au procureur général des photos de Vinnie et Kate parlant avec Wilson, ainsi que la plaque d'impression avec les empreintes de Vinnie dessus. Frank a ordre d'arrêter Vinnie.

Vinnie est le bouc émissaire dans le complot présumé visant à perturber l'économie japonaise, ce qui a incité le procureur général à lancer une enquête confidentielle au Sénat qui pourrait coûter à Vinnie son badge. Craignant que sa carrière ne soit ruinée, Kate tente de se suicider. Après avoir entendu toute les preuves, le procureur général relève Vinnie de ses fonctions, déclarant qu'il y a de quoi le poursuivre pour trahison. Prescott Wilson arrive et met tout le blâme sur Masters. Masters déraille et tue Strichen. Vinnie est innocenté de toutes les charges.

Au cours d'une réunion budgétaire, Jenny appelle Frank pour lui dire que son père cause des ennuis à la maison de repos où il se trouve. Frank ramène Mike à la maison pendant qu'il cherche une nouvelle maison pour lui. Mike dit à Frank qu'il ne partira pas avant que Frank se réconcilie avec Jenny. Vinnie emmène Mike dans un bar pour déjeuner et le vieux les met dans une bagarre. Jenny accepte à contrecœur de dîner avec Frank et Mike. Mike se rend compte que Frank et Jenny ne vont pas se remettre ensemble, alors il laisse Frank lui trouver une nouvelle maison de repos.

L'ancien comptable de Steelgrave, Sid Royce, souffre dans la vie de protection des témoins que Frank lui a confiée. Quand sa femme part, il craque et décide de se venger de Frank pour avoir détruit sa vie. Jenny accepte de dîner avec Frank, puis l'invite chez elle. Leur soirée romantique est détruite quand Sid les menace d'une arme. Jenny persuade Sid de laisser Frank partir en le convainquant qu'elle est sa femme disparue. Frank tue Sid devant Jenny, mettant fin à toute possibilité de réconciliation.

Se sentant seul, Vinnie rejoint son vieux copain Mike Caccatori à l'enterrement de vie de garçon pour leur ami de lycée Jimmy " The Legend " Vitale, mais l'amitié du trio est mise à l'épreuve lorsque Jimmy révèle qu'il est fauché et doit de l'argent à un usurier. Ça finit par être un rêve.

Quand les corps de deux adjoints disparus sont retrouvés, ça montre un tueur en série qui terrorise le nord-ouest. Volchek confie l'enquête à Vinnie quand Stem perd le contrôle. Frank avertit Vinnie qu'il doit partir après que Dan lui ait dit qu'il y a une force opérationnelle de 40 hommes en route pour Lynchboro. Alors que Volchek tente d'éliminer d'éventuels suspects, Stem avoue les meurtres, puis s'électrocute lui-même. Vinnie revient sur le suicide de Sonny, puis s'enfuit en volant la voiture de Frank.

Vinnie appelle Roger Lococco pour reprendre l'affaire, puis se cache dans un hôtel miteux à Seattle. Frank est plus intéressé à chercher Vinnie qu'à coincer Volchek. Paul ordonne à Frank de poursuivre l'affaire et lui offre un autre agent, ce que Frank refuse. Roger prend le poste de shérif. Dan déménage à Seattle pour soutenir Frank et chercher Vinnie.

Vinnie prend un travail de transport de déchets hospitaliers alors qu'il continue à se cacher à Seattle. Frank découvre que Volchek va soudoyer un fonctionnaire de l'État pour obtenir la licence de son hôpital et prévoit de les arrêter après le dîner. Roger découvre le coffre cryogénique de Volchek. Lacey parle à Roger de l'importance de Volchek pour la ville, ce qui l'a poussé à procéder à son arrestation.

Volchek est déprimé d'avoir perdu l'hôpital. Roger et Frank essaient de sauver Lynchboro en faisant comprendre à Volchek qu'il a vraiment le contrôle. Vinnie va à Kousakis quand il réalise que les déchets qu'ils déversent causent une épidémie d'hépatite dans une école voisine, puis il attaque Kousakis quand il dit à Vinnie de se mêler de ses affaires. Vinnie essaie d'alerter un fonctionnaire sur les déchets toxiques, mais il s'avère que le gars est corrompu et dit à Kousakis de tuer Vinnie. Se sentant piégé, Vinnie tue les deux hommes armés envoyés pour le tuer, puis s'enfuit dans la nuit. Roger part, disant à Frank de dire à Vinnie qu'ils sont quittes.

Déprimé, Vinnie envisage le suicide, puis entend les cloches de l'église. Il se confesse et s'effondre, suppliant le père Pat de l'aider. Frank va à Seattle pour chercher Vinnie. Vinnie parle au père Pat des rejets toxiques et le prêtre organise une conférence de presse. Frank trouve enfin Vinnie à l'église. Kousakis entend le plan de l'exposer aux nouvelles et leur tire dessus, blessant Frank et le père Pat. Vinnie et Dan poursuivent Kousakis. Dan découvre que Frank est dans un état critique et va à l'hôpital. Après avoir essayé de ranimer Frank, les médecins abandonnent quand il a des lignes plates.

Frank a une expérience hors du corps, puis se réveille brièvement quand il entend Vinnie l'appeler. Kousakis tue Harriet, puis se cache à l'église en attendant de tuer Boden. Vinnie décide d'essayer de réparer les cloches de l'église dans l'espoir qu'elles réveilleront Frank de son coma. Vinnie découvre Kousakis dans le clocher, mais Kousakis saute avant que Vinnie puisse appeler la police. Vinnie répare les cloches et les fait sonner, réveillant Frank.