ガイナンの協力を得て洞窟の場所を突き止めたデータであったが、サム・クレメンズに陰謀を企む未来人ではないかと疑われる。一方データを追って19世紀にタイムスリップしたピカードたち。コレラ患者を調べているうちに、宇宙人が神経系のエネルギーを吸い取っていることを発見する。

プラズマ放電の調査をしていたヨセミテ号が連絡を絶った。ヨセミテ号を助け出すため、転送嫌いのバークレーも事故の現場に転送されることに。何とか転送に耐えたものの、バークレーは転送中に不思議な生き物を見たとジョーディに告げる。そして転送神経症の可能性に、バークレーの心配はピークに達し……

エンタープライズ号は、和平使節団のアルカー大使とその母セブ・メイロアを、目的地まで送り届けることになった。しかし母メイロアは初対面のはずのトロイになぜか敵意を抱いていた。そして理由がわからぬまま、メイロアは高齢と病気の為突然息を引き取ってしまう……。

ある日、エンタープライズ号はダイソン天球という巨大な天球を発見する。この天球は恒星を囲む形で外壁を作り、その内側に人が住めるようになっている人工の天球だった。そして、天球の内に75年前に消息不明となっていたジェノーラン号が墜落しているのを発見する。そこには驚くべき人が住んでいた。

アマゴサ・ディアスポラに星図作成にやってきたエンタープライズ号。ジョーディはセンサーの性能をアップさせるが、亜空間の放射が現れるといった異常事態が発生する。その頃、ライカーが睡眠不足の症状で疲れを感じるようになる。トロイに相談したところ他にもウォーフやジョーディたち何人かが同じような症状を訴えていた。

大気汚染で危機に瀕しているタグラ4号星に、救援物資を届けることになったエンタープライズ号。そこに実習生のアマンダ・ロジャースが乗船する。アマンダは自分が念じたことが実現するという不思議な現象に悩まされていた。そして、エンタープライズ号ではリアクターが故障してしまい……。

マーロニア星での休暇を終え、エンタープライズへ戻るピカード、ロー、ケイコ、ガイナン。途中、エネルギー・フィールドに捕まった彼らは、シャトルの爆発寸前に間一髪でエンタープライズ号に転送収容される。しかし、転送された4人は、体が小さな子供の姿になってしまっていた……。

データとジョーディが行った科学実験が失敗して、船内のコンピューターが狂い始める。ちょうどその頃、父のウォーフと一緒にホロデッキで西部劇を楽しんでいたアレキサンダーだったが、ホロデッキのプログラムにも異常が起き、登場人物にもおかしな変化が起きてしまう……。

素粒子ビーマーが他の星で使えるか判断するため、エンタープライズはタイラスA7号星へ実験の視察に向かった。実験がうまく進んでいなかったため、開発段階の新装置エクソコンプを試用することに。しかし、実験中に爆発が発生、危険を避けるように動いたエクソコンプを見たデータは、“生命体なのでは？”と考え始める。

ベイジョー星域でのカーデシアの動きを探るため、極秘任務でカーデシア側へ潜入することになったピカード、クラッシャー、ウォーフ。ピカードの代わりにエンタープライズの新艦長に就任したジェリコ大佐は、システムやクルーの編成を独断的に変えてしまい、ライカ―たちは反感を覚えるのだった。

カーデシアに捕えられてしまったピカードは、厳しい拷問を受けていた。カーデシアの目的は、連邦の惑星ミノス・コーバへの侵略を成功させるため、連邦の防衛作戦を聞き出すことのようだ。一方、エンタープライズ号では、ピカードの解放と引き換えに、連邦軍の退却を求める交渉が続いていた。

データとジョーディがホロデッキで「ホームズ・プログラム」に興じていると、小さな異常が見つかる。すると、突然ホロデッキにホームズの宿敵である天才犯罪者ジェームズ・モリアーティ教授が姿を現したのだ。そして復活したモリアーティ教授は、以前ピカードとある約束をしていたというのだが……。

クリンゴン帝国との境界近くの通信基地に物資を届けにきたエンタープライズ号。しかしそこにはいるはずの士官たちの姿はなく、状況から殺人事件も疑われた。コンピュータに残された個人情報や通信ファイルを調べていたジョーディは、姿を消したアクイエル・ウナリ中尉に次第に惹かれてしまう。

トロイがロミュラン地下組織のメンバーであるネバックに誘拐されしまう。ロシュラン地下組織は、反体制であるムレッド副総監を連邦に亡命させ、生命の危険に怯えている地下組織の人々を救出するためであった。その為、連邦の士官であるトロイを利用しようとするのだが……。

ある日、テロに巻き込まれ瀕死の重傷を負ったピカード。生死の境をさまよう彼の前にQが現れ、ここは死後の世界だと伝える。Qはピカードに対して、生前に後悔していることがあるならばやり直すチャンスを与えようと提案する。そして、ピカードは若き日の自分に戻るのだが……。

長い間カーデシアに占領されていたディープスペース・ナインの復旧支援にやってきたエンタープライズ号。ドクター・ベシアーを手伝っていたデータは、装置から出たプラズマが直撃して一時機能停止となり、生みの親であるスン博士が見えるように。一方、ウォーフは情報屋シュレクから、父が今も生きていると聞かされる。

父の生存を知ったウォーフは、シュレクの案内でロミュラン領域にあるクリンゴンの捕虜収容所を見つけ出す。捕虜を不名誉とするクリンゴン人は、祖国に帰ることもできず収容所で暮らすほかなかったという。のどかな収容所暮らしでクリンゴンらしさを失った彼らに対し、ウォーフはクリンゴン人の精神を説こうとするが……。

アーカリア基地で船体のバリオン除去メンテナンスを受けることになったエンタープライズ号。乗組員たちが退艦する中、ピカードは偶然にも不審な集団に遭遇、彼らは船からトライリチウムを盗もうとする盗賊団だった。彼らと共に船内に閉じ込められたピカードは抵抗を試みるが……。

エンタープライズ号に新しい科学士官としてネラ・ダレン少佐が着任した。ピカードは趣味の音楽を通じて彼女と惹かれ合い、2人は特別な関係になっていく。しかし、仕事に私情を持ち込んではならないと考えるピカードは、ダレン少佐を特別扱いすることなく、危険な上陸任務を命じるのであった。

ピカードは恩師であるガレン教授に、一緒に考古学研究の旅に出ないかと誘われるが断る。一人で出発したガレン教授はイリデイアンに襲われ死亡する。イリデイアンは教授の研究データを盗もうとしていたらしい。ピカードは教授の足跡をたどって彼が追っていた謎を突き止めようと決意する。

ライカーは、内戦で紛糾しているテイロナス星から連邦の調査班を救出するという極秘任務をピカードから命じられる。だがその前に、精神的破綻を来たす男の役で、芝居に出ることになる。やがて2つの世界が交錯し、ライカーはどちらが現実なのか、分からなくなってしまう。

クラッシャーはこれまで不可能といわれていた「超フェイズ・シールド」を開発したフェレンギ人の科学者レーガをエンタープライズに招き、その理論を立証するための実験を行うことにする。シールドの性能を試すため、タカラ人のジョブリルがシャトルに乗り込むが、実験後に死亡してしまう。

ウォーフはクリンゴンの誇り高き民族精神の衰退に心を痛めていた。さらに自分の信仰心にも疑問を抱きはじめ、艦長の計らいで聖地ボレスへ修行の旅に出ることに。そこで民族の神カーレスの復活を目撃する。

ピカード、データ、ジョーディ、トロイの4人は会議を終え、エンタープライズ号に向かっていると、その途中で、時間が突然止まったり早くなったりする異常現象が起こる。実はエンタープライズ号とロミュランの船が時間の渦にはまり込んでいたのだった。

エンタープライズは再びボーグに遭遇する。ボーグは集合体としてではなく個々が独立した存在になっており、名前も持っていた。ピカードたちはボーグの変化の原因を突き止めようとする。一方ボーグとの戦いの中でデータに「怒り」の感情が芽生え、データは戸惑う。