Das Außenteam betritt die temporale Verzerrung auf Devida Zwei und findet sich im 19. Jahrhundert wieder, wo es hofft Data zu retten und den Morden auf der Erde ein Ende zu bereiten, die durch außerirdische Wesen verübt werden, um sich von der neuralen Energie der Menschen zu ernähren. Bei dem Versuch des Außenteams ins 24. Jahrhundert zurückzukehren, wird Samuel Clemens unbeabsichtigt in die Zukunft transportiert, wo er mit an Bord der Enterprise gebracht wird, während Picard und Guinan zusammen mit Datas Kopf in der Vergangenheit gefangen bleiben.

Barclay wird von einem eigenartigen Wesen angegriffen, während er zu einer Außenteammission gebeamt wird, die das Verschwinden der Besatzung der U.S.S. Yosemite untersuchen soll. Zunächst glaubt ihm niemand, bis sich physische Anzeichen seiner Begegnung im Transporterstrahl zu zeigen beginnen.

Der lumerianische Botschafter Alkar und eine Frau namens Maylor, die er als seine Mutter vorstellt, beamen auf die Enterprise, um in einem Konflikt zu vermitteln. Nach Maylors mysteriösem Tod vollzieht Alkar ein Todesritual mit Troi, wodurch er sie zum Behältnis für seine negativen Emotionen macht, während er in der Auseinandersetzung vermittelt. Dadurch wird Troi zunächst eifersüchtig, bis sie schließlich sehr schnell altert.

Die Enterprise findet Scotty an Bord eines Transporterschiffs der Föderation in einem Transporterstrahl festhängend und rettet ihn aus einer 75 Jahre andauernden Bewußtlosigkeit. Obwohl Scotty zunächst ein Mann ist, der vollständig aus dem Takt geraten ist, erweist er sich als lebenswichtig, indem er ein letztes Mal die Enterprise rettet, diesmal vor der Zerstörung innerhalb einer Dyson-Sphäre.

Geordis Experimente mit einem neuen Scannersystem führen dazu, daß Besatzungsmitglieder entführt werden und in einem entfernten Subraumbereich von einer fremden außerirdischen Rasse an ihnen herumexperimentiert wird. Riker wird in den Subraum geschickt, in der Hoffnung, das Eindringen der Außerirdischen auf die Enterprise zu stoppen.

Eine Enterprise-Praktikantin namens Amanda stellt sich als Mitglied des Q-Kontinuums heraus. Q macht selbst einen weiteren unerwünschten Besuch an Bord, bei dem er Picard anvertraut, daß Amandas Eltern in Wahrheit Q waren. Amanda muß zwischen der Vereinigung mit dem Q-Kontinuum - und dem Tod wählen.

Picard, Guinan, Fähnrich Ro und Keiko werden bei einem Shuttle-Unfall in Kinder zurückverwandelt, erweisen sich aber trotzdem als lebenswichtig für die Rettung der Enterprise, als Ferengi-Söldner versuchen, das Schiff zu kapern.

Durch eine Fehlfunktion des Holodecks finden sich Worf, Alexander und Troi im Gefecht mit vielen Revolverhelden wieder, als Duplikate von Data die computergenerierte Stadt übernehmen und dadurch Alexanders Holodeck-Geschichte in ein wirklich gefährliches Spiel verwandeln. Um Alexander vor Datas bösem Revolverhelden Eli zu retten, muß Worf diesen im Duell besiegen.

Die Wissenschaftlerin Dr. Farallon, die eine revolutionäre Methode für den Bergbau geschaffen hat, bei der eine solare Partikelquelle eingesetzt wird, hat ein noch wundersameres Werkzeug erfunden: Den Exocomp, dessen computergesteuertes Gehirn ihm Lernprozesse ermöglicht. Dies führt Data zur Hypothese, daß die mechanischen Geräte eine Lebensform sind, weshalb er sich gegen Riker stellt, als dieser die Roboter opfern will, um Picard und Geordi zu retten.

Als die Feindschaft mit den Cardassianern auflodert, erhält Picard den Auftrag, zusammen mit Worf und Dr. Crusher auf einer geheimen Mission Berichte zu überprüfen, daß die Cardassianer auf Celtris Drei eine metagenische Waffe entwickeln. In der Zwischenzeit erhält Captain Edward Jellico von der U.S.S. Cairo das Kommando über die Enterprise, auf der er sich schnell viele Feinde macht - u.a. Commander Riker.

Picard wird von einem cardassianischen Vernehmungsbeamten namens Gul Madred brutal gefoltert, in der Hoffnung, von ihm die Verteidigungsstrategie der Föderation gegen eine cardassianische Invasion in einem strittigen Quadranten zu erfahren. Auf der Enterprise versucht Captain Jellico die Invasion aufzuhalten, indem er Riker die Hüllen der cardassianischen Kriegsschiffe verminen läßt.

Sherlock Holmes´ Erzfeind Moriarty wird unabsichtlich aus seiner Stasis im Computer befreit, während Barclay eine Holodeck-Diagnose durchführt. Er droht, das Schiff zu zerstören, wenn Picard nicht einen Weg für ihn und seine computergenerierte Geliebte, Gräfin Regina Bartholomew, findet, das Holodeck zu verlassen.

Geordi verliebt sich in eine vermutlich ermordete Frau, während er ihr Tagebuch studiert, aus dem sich die Klingonen als Tatverdächtige zu ergeben scheinen. Dann jedoch taucht die Frau lebend auf und wird selbst zur Hauptverdächtigen eines anderen grausigen Mordes an Bord einer Subraum-Relaisstation.

Troi wacht auf einem romulanischen Warbird auf und entdeckt, daß sie in die romulanische Offizierin Major Rakal, ein Mitglied der gefürchteten Tal Shiar, verwandelt worden ist. Sie findet heraus, daß sie auf einer geheimen Mission ist, um einigen hohen romulanischen Würdenträgern das Überlaufen zur Föderation zu ermöglichen. Dadurch gerät sie in Schwierigkeiten mit Toreth, Captain des romulanischen Schiffes - und mit der Enterprise.

Für Picard ist es nicht sehr angenehm, als ihm Q die Möglichkeit gibt, seine wilde Jugend noch einmal zu erleben. Während Picard in der Krankenstation liegt und an einer Wunde stirbt, die er sich bei einer Außenmission zugezogen hat, ist er gleichzeitig mit Q im Himmel. Q gibt ihm die Chance, den Kampf zu verhindern, der damals zu Picards künstlichem Herzen führte.

Bei einem Besuch auf Deep Space Nine trifft Worf den skrupellosen uridianischen Händler Shrek, der behauptet, Worfs Vater würde in einem romulanischen Gefangenenlager leben. Gleichzeitig setzt sich Data auf der Enterprise einem Energieschock aus, der zu einer mysteriösen Vision führt, die sich als sein erster Traum herausstellt.

Worf versucht den Klingonen, die in dem romulanischen Gefangenenlager leben, ein Gefühl für ihre Wurzeln zu vermitteln. Gleichzeitig plant er seine Flucht, um mit Shrek zur Enterprise zurückzukehren.

Während die Enterprise routinemäßig von Baryon-Partikeln gesäubert wird, versuchen Terroristen Trilizium aus den Maschinen des Schiffes zu stehlen. Picard, der als einziger noch an Bord ist, versucht sie an dem Diebstahl zu hindern.

Picard verliebt sich in Nella Darren, die neue Leiterin der Abteilung für stellare Wissenschaften. Beide teilen die Liebe zur Musik. Der Captain erzählt Nella seine Erlebnisse aus "Das zweite Leben" (5.Staffel) und wird gezwungen, sie auf eine tödliche Mission zu schicken, um eine Föderationskolonie zu evakuieren, die von einer Feuerwand bedroht wird.

Nach der Ermordung seines Mentors Professor Galen folgt Picard einer Spur von DNS-Fragmenten, die die Enterprise zu einem Planeten führt, auf dem bereits Cardassianer, Klingonen und Romulaner nach dem Geheimnis suchen, daß in den DNS-Fragmenten verborgen ist.

Während Riker für Dr. Crusher in einem Theaterstück mitspielt, findet er sich abwechselnd auf der Enterprise und in einem außerirdischen Irrenhaus wieder. Er kann Phantasie und Realität nicht mehr trennen und glaubt, er habe den Verstand verloren und die Enterprise sei nur ein Teil seiner Halluzinationen.

Beverly wird vom Dienst suspendiert, nachdem sie den angeblichen Mord an einem Ferengi-Wissenschaftler untersucht hat, der ein Metaphasenschild entwickelt hatte, daß ein Shuttle durch die Korona eines Sterns bringen soll. In Rückblicken erzählt sie Guinan diese Geschichte und versucht, den Mord aufzuklären und ihre Karriere zu retten.

Worf befindet sich in einer Glaubenskrise und besucht deshalb ein klingonisches Kloster auf Boreth, wo ihm der legendäre klingonische Krieger Kahless erscheint. Kahless will seine Position als Herrscher über das klingonische Imperium wieder einnehmen. Gowron, Herrscher des Hohen Rates, glaubt nicht, daß der Prophet wieder auferstanden ist und fordert ihn zu einem Kampf heraus. Worf zieht die Schlußfolgerung, daß Kahless geklont wurde.

Als Picard, Geordi, Troi und Data nach einem Ausflug zur Enterprise zurückkehren, entdecken sie, daß das Schiff scheinbar mitten in einem Kampf mit einem romulanischen Warbird in einer Art Zeitfragment gefangen ist. Picard führt auf dem bewegungslosen Schiff eine Untersuchung durch und stellt schon bald fest, daß sie die Zeit zurückdrehen müssen, um die Enterprise und Dr. Crusher, die durch einen Phaserschuß verwundet wurde, zu retten.

Die Borg kehren zurück um die Föderation zu bedrohen. Während der Schlacht erlebt Data seine ersten Gefühle: Ärger und schließlich Freude, nachdem er eine der Drohnen getötet hat. Data flieht schließlich mit einem gefangenen Borg, und die Enterprise folgt seinem Shuttle zu einem unerforschten Planeten, wo ein Außenteam entdeckt, daß sich Data seinem Bruder Lore als Herrscher des ehemaligen Kollektivbewusstseins angeschlossen hat.