La tripulación del USS Enterprise D debe enfrentarse a los Borgs que, tras la asimilación del capitán Jean-Luc Picard, han obtenido una importante fuente de información acerca de la Federación Unida de Planetas y de la Flota Estelar.

El capitán Picard viaja hasta la Tierra para visitar a su familia con la intención de superar su asimilación dentro del Colectivo Borg. Las relaciones con su hermano, sin embargo, no son todo lo positivas que se podría esperar.

Data se apodera inesperadamente del control del Enterprise y dirige la nave hacia un lugar desconocido. Una vez en su destino, Data se reúne con el doctor Noonieng Soong, su creador, que había activado remotamente un programa oculto en el androide con la finalidad de implantarle un nuevo procesador de sentimientos.

Al responder una llamada de socorro de una nave Talariana, la tripulación del Enterprise descubre que está dirigida por un grupo de adolescentes, cinco jóvenes miembros de la tripulación, cuatro de ellos talarianos y un humano llamado Jono. Este muestra una obediencia estricta al capitán Picard, que hace llamar las sospechas de la doctora Beverly Crusher. El capitán Picard decide llevarlo a bordo del Enterprise para investigar su origen. Además, como que el joven presenta una serie de antiguas heridas ya curadas, la doctora sugiere que puede haber sufrido abusos físicos.

Después de un fallo en un experimento con el motor de curvatura, la tripulación del Enterprise comienza a desaparecer, y sólo la doctora Crusher recuerda que han existido a bordo.

Una nave de la Federación emite una señal de socorro poco antes de estallar. Afortunadamente los tripulantes logran huir en una cápsula de salvamento hasta el planeta Turkana IV, que se encuentra en plena guerra civil. La tripulación del Enterprise tratará de encontrar a sus compañeros de la Flota con la ayuda de Ishara Yar, la hermana de la fallecida Tasha Yar, que nació allí.

Jean-Luc Picard recibe la visita de K’Ehleyr, una embajadora klingon que le comunica que K’Mpec, el canciller klingon, desea verle antes de fallecer. K’Ehleyr también presenta a Worf a su hijo mutuo, Alexander. Una vez en Kronos, K’Mpec pide a Picard que dirija el proceso de sucesión entre los aspirantes a su puesto.

El Enterprise se dirige al planeta Alpha Onias III, en el habían detectado extrañas radiaciones energéticas. El equipo de salida es encabezado por el comandante Riker, que se despierta en la enfermería, donde la doctora Crusher le informa que han pasado 16 años desde aquella misión, en la que resultó infectado por un virus que se mantuvo latente durante este tiempo.

Para felicitar a Wesley Crusher por ser aceptado en la Academia de la Flota Estelar, Picard le ofrece que le acompañe al planeta Pentarus V, al que debe dirigirse para mediar en conflictos internos de sus habitantes. Durante el viaje en lanzadera, ésta sufre una avería y cae a la superficie de un planeta inhóspito.

La consejera Deanna Troi pierde todos sus poderes empáticos. Ante la posibilidad de no poder recuperarlos jamás, debe iniciar el duro proceso de asimilar su nueva situación.

Data continúa en su empeño de relacionarse tanto como puede con el resto de la tripulación con tal de lograr comprender los sentimientos humanos. Asiste a la boda de Keiko y el jefe Miles O’Brien, para lo que debe realizar los preparativos necesarios para estar listo en el momento de la celebración.

Un oficial cardasiano sube a bordo del Enterprise con la intención de supervisar la búsqueda de una presunta nave de la Federación que acusan de haber roto el tratado de alto el fuero entre ambas potencias.

El Enterprise se dirige al planeta Ventax II, cuyos habitantes se encuentran al borde del caos, seguros de estar a punto de recibir la visita de un ser mítico llamado Ardra con el que sus antepasados firmaron un trato siglos atrás.

Toda la tripulación del Enterprise, salvo Data, despiertan de una misteriosa inconsciencia tras haber pasado a través de un agujero de gusano. El androide les asegura que han transcurrido tan sólo 30 segundos desde que cayeron desmayados, sin embargo las evidencias demuestran que el periodo fue considerablemente mayor.

William T. Riker es herido durante una misión de incógnito en un planeta con el que la Federación no ha realizado todavía el primer contacto. Cuando algunos habitantes del planeta descubren que no se trata de uno de ellos, se pone en serio peligro la primera directriz de la Flota Estelar.

El capitán Picard encarga a Geordi La Forge que atienda a la doctora Leah Brahms durante su visita al Enterprise. Georgi se siente abrumado ante la presencia de la diseñadora del motor de la nave, a la que además considera la mujer de sus sueños.

El Enterprise se dirige al encuentro del USS Brittain, una nave científica de la Federación que ha estado durante días a la deriva y sin responder a las llamadas. Cuando abordan la nave, descubren que toda su tripulación está muerta, salvo la consejera, una betazoide. El análisis de la situación sugiere que los 34 tripulantes del Brittain se mataron entre ellos mismos. Luego el Enterprise cae en una trampa natural, de la cual no se puede escapar, que provoca privación de sueño en la tripulación. Ante la imposibilidad de conseguir dormir, las alucinaciones se multiplican. Al mismo tiempo, Deanna empieza a tener una pesadilla recurrente.

Susanna Leijten, amiga y compañera de Geordi La Forge, le informa que del equipo de salida que tiempo atrás investigó el planeta Tarchannen III tan sólo ellos dos siguen con vida. Deciden regresar a la superficie del planeta para descubrir cual es el motivo de esto.

El Enterprise tiene como misión realizar reparaciones en el telescopio Argus Array, averiado dos meses atrás. Al llegar a él, descubren una sonda de origen desconocido que deciden investigar. El teniente Reginald Barclay recibe una descarga de energía del objeto y, a partir de ese momento, observa como su inteligencia aumenta exponencialmente.

Acusan a un oficial klingon de visita a la nave de haber colaborado con los romulanos tras una explosión en el motor Warp del Enterprise. Para demostrar su culpabilidad o inocencia se celebra un juicio a bordo de la nave.

Lwaxana Troi, de visita al Enterprise, conoce al Dr. Timicin, originario del planeta Kaelon II, del que se enamora. Timicin confiera a Lwaxana que, tras finalizar la investigación que está realizando a bordo de la nave, regresará a su planeta para morir, ya que en su sociedad a los 60 años es tradicional suicidarse para evitar ser una carga para los más jóvenes.

La doctora Crusher se enamora de Odan, un embajador Trill que está siendo transportado por el Enterprise al sistema estelar Peliar. Durante el transporte en lanzadera al planeta, ésta es atacada, quedando Odan gravemente herido. De vuelta a la enfermería, Crusher descubre que hay un parásito en el interior del embajador, pero cuando procede a su extracción, Odan le informa que él es el parásito, y que el cuerpo es tan solo un receptáculo.

Mientras se dirigía a una conferencia y a disfrutar de unos días de vacaciones en Risa, Geordi es secuestrado por los romulanos, que lo someten a diferentes investigaciones mentales.

La alférez Jenna D’Sora se enamora de Data tras la rotura de la relación que tenía con su anterior novio. El androide, sorprendido por la actitud de la joven, intenta crear un programa que le ayude a comprender este sentimiento, con la ayuda de sus amigos.

El Enterprise se dirige a Kronos, para asistir al nombramiento de Gowron como nuevo canciller. Antes de llegar, sin embargo, una nave klingon que transporta a Gowron intercepta al Enterprise, y éste informa a Picard de que la familia Duras está preparando una guerra civil klingon para hacerse con el control del Imperio Klingon por encima de él.