ウェスリーは、実験用の微小ロボットを船のコンピュータ・システムへ逃がしてしまい、船内にはシステム異常が次々と発生していく。その時、エンタープライズ号には、200年に一度の天体現象を観測するために、一人の科学者が乗り込んでいた…。

連邦の移民たちが暮らす植民星に、星の支配者が退去命令を下した。期限までに出て行かなければ全員を殺すという。データは、移民たちを説得して、自主的に退去させようとするが…。

ある惑星で、全滅したはずの入植者のうち、2人の老夫婦だけが生き残っていた。その謎を探ろうとしたピカードたちは、未知の巨大な宇宙船に攻撃される…。

未開の種族を観察していた連邦の科学チームが、事故によって、先進技術を目撃されてしまう。ピカードは艦隊の誓いを守るために、種族への干渉を避けようとするが、事態はますます悪化していく…。

ジェレミー少年は、唯一の家族であった母親を上陸任務の事故で失ってしまう。ウォーフは上陸班の指揮官として重い責任を痛感する。ところが、ジェレミーの前に死んだはずの母親が現れて…。

エンタープライズ号は、自滅したと思われる古代の軍艦を発見。その謎を調べていくうちに、同じ罠にかかってしまう。ジョーディは、罠からの脱出法を求めて、ある女性のホログラムに協力を求める…。

救難信号を受けて、ロミュランの墜落船を発見。生存者1名を救出したものの、ジョーディが惑星上に孤立する。エンタープライズ号で救出したロミュラン人の救命処置が続けられる中、ジョーディは地上で別のロミュラン人に捕まってしまう…。

安定したワームホールが発見され、その使用権をめぐる競売が、エンタープライズ号で開催されることになった。トロイは交渉人の一人と親密になっていく…。

ピカードたちは、盗賊団への対策を講じているうちに、ある星で100年以上にわたって続いている、氏族間の争いに巻き込まれていく。そこには大きな陰謀が隠されていた…。

ロミュランの士官がエンタープライズ号に亡命した。亡命者は、軍事機密情報を艦隊に提供すると言う。その人物を信用すべきか否か、ピカードは難しい判断を迫られる…。

連邦への加盟を望む惑星で、囚人の脱走事件が発生する。ピカードたちは脱走犯の身柄を拘束するが、彼らが並外れて有能な兵士であることが明らかになり、惑星の秘密が表面化する…。

内戦が続く惑星で、クラッシャーがテロリストの人質にとられる。ピカードは内政への干渉を避けながら、クラッシャーの奪回を目指すが、ピカード自身も人質になってしまう…。

Qがエンタープライズ号に現れた。パワーを奪われ、連続体を追放されたので、ピカードの部下にしてほしいと言う。ピカードはやむなくQに仕事をさせるが…。

ライカーたちが、ある科学者の研究所を訪問した直後に、爆発事故が発生。科学者は死んでしまう。ライカーは殺人容疑で訴えられ、エンタープライズ号で事件の検証が始まる…。

エンタープライズ号は、別の時間の流れに入ってしまう。そこではターシャ・ヤーが生きていて、連邦はクリンゴン帝国と戦争中。しかも目の前にはＣ型のエンタープライズ号が…。

データは自分自身の複製として、アンドロイドの“子供”を作った。データの行動に周囲は驚き、艦隊も調査に乗り出す。データは女の子を育てようとするが…。

ウォーフの弟が現れて、父親が反逆者の汚名を着せられていると告げた。ウォーフはクリンゴン星で異議申し立てをするため、ピカードに同行を求める…。

ピカードは謎の部屋へ転送された。そこには他にも３名が集められていて、誘拐犯の意図は何も分からなかった。その頃、エンタープライズ号では、ピカードのニセ者が奇妙な行動をとっていた…。

ピカードはライサ星へ休暇旅行に出かけて、奇妙な事件に巻き込まれていく。バッシュという女性と共に、伝説の宝物を探すことになるのだが…。

謎の生命体“ブリキ缶”とのファーストコンタクトのために、エンタープライズ号は、強力なテレパシー能力を持つ専門家タム・エルブランを乗せて、現場へ向かった。ところが、タムにはテレパスゆえの問題があった…。

バークレーはホロデッキに夢中で、仕事に身が入らない。ジョーディが調べると、バークレーは周囲の人々を題材にして、ホログラムを作っていた…。

データはシャトルの爆発で死亡したと見なされた。ところが実際には、ある貴重品コレクターによって拉致されていたのだ。データはコレクションとしての行動を強要される…。

ラクサナとディアナとライカーは、フェレンギ人に誘拐されてしまう。ライカーが脱出を試みる間、フェレンギ人に気に入られたラクサナは、何とか気を引いて時間稼ぎをするのだが…。

エンタープライズ号は、墜落船からヒューマノイドを救出。その男は重症であったにもかかわらず、驚くべき回復力で健康を取り戻していった。ところが男には、ある重大な秘密が…。

ついにボーグが連邦領域に侵攻してきた。艦隊はボーグ対策の責任者シェルビー少佐をエンタープライズ号に派遣する。しかしボーグはピカードを拉致して同化。ボーグのロキュータスとなったピカードは、人類に無条件降伏を命じた…。