Dr. Beverly Crusher hat die Enterprise verlassen und wurde durch Dr. Katherine Pulaski ersetzt. Die Enterprise soll Exemplare einer tödlichen Plasmaseuche, die im Rachelissystem ausgebrochen ist, zur Wissenschaftsstation Tango Sierra bringen, wo man versuchen will, ein Gegenmittel zu erzeugen. Eines nachts wird Counselor Deanna Troi von einem körperlosen Energiewesen durchdrungen und innerhalb weniger Stunden schwanger.

Bei der Untersuchung eines "Schwarzen Loches" wird die Enterprise verschlungen. Unerklärliche Sinnestäuschungen finden statt, u.a. ein Kampf gegen ein nicht existierendes romulanisches Kriegsschiff, dann taucht ein zweites Schiff der Föderation auf. Die Enterprise-Crew weiß nicht, ob das, was sie erlebt hat, Wirklichkeit oder nur Illusion war. Dr. Pulaski erkennt, daß das ganze einem Labortest mit Ratten sehr ähnlich ist.

Während die Besatzung auf das Treffen mit der U.S.S. Victory wartet, vertreiben sich Data und Geordi auf dem Holodeck die Zeit, da sie einen Sherlock Holmes-Fall lösen wollen. Data spielt Sherlock Holmes, Geordi übernimmt die Rolle des Watson, ist aber nach kurzer Zeit enttäuscht, weil Data alle Romane mit Sherlock Holmes gelesen hat und jedes Verbrechen sofort aufklären kann. Da schaltet sich Dr. Pulaski ein.

Die Enterprise wird im Sagitta-Zwölf System von einem interplanetarischen Frachtschiff um Hilfe gebeten. Sein noch junger Kommandant Captain Okona hat Schwierigkeiten mit seinem Leitsystem. Er wird mit dem kaputten Teil an Bord der Enterprise gebeamt, wo das Teil repariert werden soll. Okona, ein Herzensbrecher par excellence, beginnt sofort ein Verhältnis mit einem weiblichen Besatzungsmitglied.

Die Enterprise holt vom Planeten Ramatis den Vermittler Riva ab. Er soll einen seit langen Jahren währenden Krieg auf Solais V beenden und beide Parteien zum Frieden bewegen. Riva wird an Bord gebeamt, und zu ihrer großen Überraschung müssen alle feststellen, daß er taubstumm ist. Mit Hilfe eines sog. "Chors", bestehend aus einer Frau und zwei Männern, kann er sich jedoch mühelos mit allen verständigen.

Aufgrund eines Notrufes fliegt die Enterprise nach Gravesworld, einem Planeten, auf dem einsam, nur in Gesellschaft seiner Assistentin Kareen Briannon, Dr. Ira Graves lebt. Graves gilt als der größte Denker und Wissenschaftler im ganzen Universum. Auf Gravesworld angekommen, stellt Lt. Selar, sie vertritt Dr. Pulaski, fest, daß Graves an der tödlichen Dranayischen Krankheit leidet und nur noch wenige Tage zu leben hat.

Das Föderationsversorgungsschiff Lantree sendet einen Notruf, der die Enterprise erreicht. Als das Schiff eintrifft, findet man nur noch Tote auf der Lantree - alle Besatzungsmitglieder sind an Altersschwäche gestorben. Einige von ihnen, so auch der Captain, waren nicht älter als 35 Jahre.

Im Rahmen eines Austauschprogramms muß Riker eine Weile Dienst auf einem Klingonen-Schiff tun. Er erfährt von Worf, daß es seine Pflicht als Erster Offizier an Bord des Klingonenschiffes sein wird, den Captain zu töten, sollte der die kleinste Schwäche zeigen. Gleichzeitig ist auch der Zweite Offizier verpflichtet, Riker als Ersten Offizier bei Schwächen zu töten.

Ein fanatischer Kybernetik-Experte, Commander Bruce Maddox, möchte Data auseinandernehmen, um mehr über seine Funktionsweise zu erfahren. Da Picard sich dagegen wehrt, kommt es zu einer Verhandlung vor Gericht. Er verteidigt den Androiden, wobei Datas Bewußtsein festgestellt werden soll. Der Captain steht dem vom Gericht benannten "Ankläger" Riker gegenüber.

Die Yamato, ein Schiff der Föderation, wird von einem tödlichen Computervirus zerstört. Dieser infiziert die Enterprise und bedroht auch noch ein romulanisches Kriegsschiff. Die Rettung liegt auf dem Planeten Iconia. Picard und Data beamen hinunter, in der Hoffnung, die überlegene Technologie eines uralten, lange ruhenden Computernetzwerkes zu entschlüsseln.

Ein Landungstrupp beamt auf einen seltsamen Planeten und steht plötzlich vor einer Kopie eines Las Vegas-Casinos. Die Kommunikation mit der Enterprise bricht ab, als der Trupp das Casino betritt. Riker und die anderen finden sich in einer Spielhölle wieder, aus der es keinen Ausweg zu geben scheint. Wenig später findet man das Gerippe eines vor Ewigkeiten verblichenen Astronauten.

Die Enterprise trifft auf eines ihrer eigenen Shuttles, darin befindet sich einen bewußtlosen Captain Picard. Bei der Durchsicht des Logbuches bemerkt man, daß das Schiff und der Captain aus der Zukunft gekommen sind, um die Crew vor einer Weltraumanomalie zu warnen, die das Schiff zerstören wird. Als sich die Zeit der möglichen Zerstörung nähert, kommt der zukünftige Picard wieder zu sich, während der hiesige zunehmend unsicher über die weiteren Entscheidungen wird, die er zu treffen hat.

Rikers Vater Kyle kommt an Bord der Enterprise und bietet seinem Sohn ein eigenes Kommando an. Beide haben sich vor Jahren zerstritten und lange nicht mehr gesehen. Zwischenzeitlich beginnt sich Worf seltsam zu verhalten, da er eine klingonische Entwicklungsstufe durchläuft.

Data empfängt eine Nachricht eines auf einem fremden Planeten lebenden außerirdischen Mädchens. Er erfährt, daß sich der Planet in einem geologischen Aufruhr befindet. Daraufhin antwortet er und verletzt dadurch die Hauptdirektive. Wesley erhält sein erstes Kommando über ein Geologenteam, das dieses Phänomen untersuchen soll.

Picard wird von Q in ein Shuttle entführt. Er warnt den Captain vor menschlicher Selbstzufriedenheit und verfrachtet die Enterprise in die hinterste Ecke der Galaxis. Dort treffen sie auf die Borg, eine unaufhaltsame, kybernetische Rasse. Die Crew bemerkt schnell, daß die Borg in allem überlegen sind und die Enterprise von den Maschinenwesen womöglich zerstört wird.

Captain Picard fliegt mit Wesley in einem Shuttle zu einer lebenswichtigen Herztransplantation, der er sich unterziehen muß. Unterwegs erzählt er von seinen Lehrjahren auf der Akademie. Währenddessen nehmen die Pekleds, eine scheinbar unbegabte Rasse, die Hilfe von Geordi in Anspruch, der ihnen ihren Antrieb reparieren soll. Plötzlich drohen sie ihm mit Gewalt, wenn er nicht an Bord bleibt.

Die Enterprise fungiert als Rettungsschiff, um eine primitive ländliche Gemeinde zusammen mit einer sehr fortschrittlichen Rasse von Klonen vor dem Untergang ihres Planeten zu retten. Da ihre Rasse vom Aussterben bedroht ist, planen sie Dr. Pulaskis und Rikers DNA zu kopieren. Beide wehren sich jedoch dagegen.

Lwaxana Troi kommt zu Besuch auf die Enterprise. Sie versucht Captain Picard zu verführen, der daraufhin auf das Holodeck flüchtet. Er schlüpft dort in die Rolle des Dixon Hill. Währenddessen versucht eine Gruppe außerirdischer Delegierter eine bevorstehende diplomatische Konferenz zu sabotieren.

Die Besatzung eines klingonischen Kriegsschiffes erwacht aus dem Kälteschlaf und glaubt, daß sie immer noch im Krieg mit der Föderation stehen. Die Enterprise befindet sich in der Nähe des Schiffes, welches ohne weiteres Föderationskolonien angreifen könnte. Eine klingonische Botschafterin - halb Mensch, halb Klingone - kommt an Bord, um die erwachten Klingonen aufzuhalten.

Captain Picard beschließt, daß eine Gefechtssimulation aufgrund der Begegnung mit den Borg durchgeführt wird. Riker hat dabei das Kommando über eine Sternenflotten-Fregatte, wobei ihm Hilfsoffiziere zur Verfügung stehen. Das Scheingefecht wird von einem Meisterstrategen beobachtet. Unterdessen wird das Schiff, dessen Waffensysteme deaktiviert sind, von den Ferengi angegriffen.

Bei einer Mission steckt sich Riker mit einem tödlichen Virus an und fällt ins Koma. Bevor die Krankheit Riker tötet, muß Dr. Pulaski ein Gegenmittel finden. Um eine weitere Ausbreitung zu verhindern, muß Riker Erinnerungen an frühere Missionen durchleben.