Después de una inexplicable explosión que destruye la Mansión X y deja como resultado al Profesor X y Jean Grey desaparecidos los X-Men se disuelven. Un año más tarde, Wolverine rescata una niña cuyos padres a cambio le brindan su ayuda. Después de que la familia se ve amenazada por la recién formada División de Registro de Mutantes (MRD), decide que debe reunir a los X-Men.

Wolverine y Bestia tratan de reunir a los X-Men. Ellos logran que Iceman y Shadowcat vuelvan al equipo, pero Colossus, Arcángel, Rogue y Cíclope dicen que no. Mientras tanto, la Hermandad de Mutantes trata de incriminar a los X-Men y enlistan a Rogue como uno de sus miembros.

La Mansión X está siendo reconstruida con la ayuda de Forge y el dinero de Ángel. Emma Frost aparece y quiere unirse al equipo, se ofrece a ayudar mediante el uso de Cerebro para localizar al profesor Xavier. Ella tiene éxito: Xavier está en Genosha, está siendo cuidado por Magneto ya que se encuentra en un profundo estado de coma. Esta noticia trae de vuelta a Cíclope a los X-Men. De regreso a la Mansión, los X-Men reciben un mensaje telepático de Xavier procedente de 20 años en el futuro. Él les dice que los Centinelas han destruido el mundo y le pide a Wolverine que dirija a los X-Men y evite que este "futuro" se haga realidad. Cuando Charles deja de hablar con ellos, se va corriendo y se pueden observar varias tumbas en las cuales hay unas con los nombres Shadowcat, Beast, Iceman, Cyclops, Wolverine, Rogue, Forge, Colossus, refiriéndose que los X-Men del presente murieron en ese futuro

El Profesor Xavier le muestra a Wolverine la destrucción del continente africano y le revela que este desastre será causado por Tormenta sin saber el motivo. Mientras tanto, el Rey Sombra quien era el jefe para el que Tormenta trabajaba de joven robando objetos, pero con la ayuda del profesor Xavier deja a Tormenta en libertad, toma el control del cuerpo de Tormenta y le muestra que las tierras se queman, haciéndole creer que necesita de lluvias torrenciales para salvarlas. Emma Frost como última instancia para ayudarla, combate en el plano Astral con el Rey Sombra.

Wolverine rescata Magma de la Unidad de Control de Mutantes usando un collar inhibidor construido por Forge para ayudar a controlar sus poderes. Mientras tanto, la doctora Zane contrata a Gambito para robar el collar de los X-Men para el Senador Kelly. Después de que eso ocurre, Wolverine va a recuperar el collar y posterior a una feroz batalla con algunos centinelas de bajo nivel, Gambito huye sin el collar y la Dra. Zane y Bolivar Trask logran escapar. Volviendo a la Mansión X con el collar, Wolverine menciona que necesitan mejores cerraduras.

Hay noticias de que Nightcrawler fue visto a bordo de un buque de pasajeros hacia Genosha con otros mutantes, por lo que los X-Men tratan de encontrarlo. Mientras tanto, Nightcrawler y los demás viajeros son interceptados por "piratas", que realmente son Spiral y los Reavers, en busca de combatientes de alto nivel para llevarlos a Mojo.Nocturno o Nigthcrawler es llevado a la embarcación de los piratas, pero vuelve al barco de carga para salvar a los mutantes, que no fueron seleccionados por no tener poderes "útiles" ellos son Pixie, Squiboy, Dazzler y red, pero Spiral dispara contra el barco y hace que se hunda más rápido, ahí es donde el X-Men necesitará de los poderes de cada uno.Después de que Spiral y los Reavers son repelidos, los X-Men llegan y Nightcrawler les dice que volverá pero que antes deberá llevar a los mutantes a la isla.

Nick Furia encuentra a Wolverine y le encarga la misión de detener a Hulk porqué ha destruido dos ciudades, Logan no acepta pero Furia lo chantajea diciendo que si no accede a hacer lo que dice le contará la verdad del instituto a varios senadores interesados en la guerra contra mutantes. Logan derrota a Hulk y habla con Banner y este le explica que SHIELD le pidió una cura para una criatura parecida a pie grande, El doctor Banner acepta pero SHIELD lo uso para que se trasformara en Hulk y así poder atraer a la criatura y esta termina infectado a varios agentes de Furia, por lo que Wolverine y Banner están dispuestos a detener a la criatura. Wolverine entretiene a los monstruos mientras Banner busca la cura y consiguen vencer a los seres desconocidos aplicándoles la cura

El Profesor Xavier advierte a los X-Men sobre un evento que ocasionará la muerte de la mitad de la población mutante: Nitro se auto-detonará en Genosha. La Hermandad rescata a Nitro de la prisión del gobierno pero en contra de su voluntad y utilizan el control mental de Psylocke en él para usarlo como arma. Los X-Men persiguen a la Hermandad, a fin de evitar la destrucción de Genosha.

En el futuro, el Profesor X es capturado por los Centinelas. Junto con Bishop, Hellion, Marrow y otros, el profesor planea liberarse de sus captores.

El buque en el que viajaba Nightcrawler llega a Genosha. Allí, la Bruja Escarlata le enseña a Nightcrawler las maravillas que Magneto ha hecho en beneficio de los mutantes. Mientras tanto, Mystique irrumpe en la Mansión-X.

Wolverine va a recuperar parte de su pasado como un agente de Arma X y encuentra a la hija de Maverick. Como Arma X no quiere que Logan recuerde nada del tiempo que estuvo en su organización, envían a Sabretooth para tratar con él.

Ciclope, aún lamentando la pérdida de Jean Gray, cree que Siniestro la tiene en su poder. Gracias a Emma Frost localiza a los Marauders y después con la ayuda de los X-Men se da cuenta de que Jean no está con ellos. En un hospital lejos de los X-Men se revela que Jean está viva pero totalmente amnésica.

Magneto envía a sus acólitos a liberar a varios mutantes de sus prisiones. Mientras tanto, los X-Men luchan contra la Hermandad y encuentran a Tildie Soames, una joven mutante cuyas pesadillas puede manifestarse en forma de monstruo que precisamente está atacando la ciudad, mientras ella todavía permanece en estado de coma. Al ver esto Rogue se cuestiona de lo que hace en la Hermandad y de la decisión que tiene que tomar acerca de su lugar en esta guerra.

Mystique llama a Wolverine y le advierte que la hija de Maverick está en peligro. Los dos se infiltran en la instalación secreta de Arma X donde tiene lugar una lucha contra Maverick y Sabretooth. La instalación de Arma X va a explorar pero con los poderes de la hija de Maverick, él, Logan y Mistique consiguen salvarse. Mystique dialogo con logan y le dice que no le contó la verdad de su pasado porqué el hombre que la ayuda tiempo atras nunca volvera a ser el mismo ya que Mystique fue salvada por Logan de que experimentara con ella la gente de Arma X. Ya en la mansión Emma dice que la mente de Maverick está como la de Logan (muy turbia) pero consigue hacer que recuerde a su hija y el capítulo acaba con un abrazo de hija y padre.

Mojo secuestra a Nightcrawler y a la Bruja Escarlata de Genosha para ponerlos en un programa de difusión pirata en Internet, al mismo tiempo, obliga a Wolverine a ser el cazador de sus presas por medio del control de su mente.

En el futuro, el Profesor Xavier y su nuevos X-Men lucha contra los centinelas y sus caminos se cruzan con Polaris, que vive sola y traumatizada. Por ella Charles se entera que fue destruida Genosha y Polaris fue el única sobreviviente. Mientas tanto en el presente Logan, Forge y Kitty tratan de averiguar más sobre los centinelas

Los guerreros del Samurái de Plata capturan a los X-Men, con el fin de obligar a Wolverine que acepte una lucha a muerte contra él y así recuperar su honor.

La MRD inicia la caza de mutantes utilizando centinelas, obligando a los X-Men al contraataque. Ángel se une a los X-Men y tratan, acompañados de la Hermandad, de destruir a Master Mold.

Ángel ahora un miembro activo de los X-Men, es perseguido por la MRD y en el momento de su captura sus alas quedan gravemente dañadas y tienen que ser cortadas. Siniestro al saber de su desesperación le hace una propuesta que le cambiará la vida.

Durante una batalla con Juggernaut, Ciclope es distraído por una visión de Jean y por esto Juggernaut derrota a los X-Men. Después de quedar noqueado, Ciclope despierta en la Mansión y nuevamente ve la imagen de Jean a la cual besa por equivocación ya que en realidad era Emma Frost quien al verlo caer en depresión le propone borrar todos los recuerdos de Jean y él acepta. Cuando Emma entra en su mente, ella mira todos sus recuerdos y al hacerlo se topan con la verdad detrás de la explosión donde se revela la transformación de Jean en Phoenix.

Ciclope y Wolverine informan al profesor del descubrimiento de Emma sobre el origen de la explosión. Temiendo que Jean puede ser responsable de la destrucción de Genosha, el profesor y su equipo, los X-Men del futuro, tratan de descubrir información sobre el caso de la MRD.

Gambito llega a Genosha bajo las órdenes del senador Kelly para robar el casco de Magneto como una provocación para comenzar la guerra. Logra sin mucha dificultad ingresar a la isla pero con desconfianza total de la Bruja Escarlata. Gambito utiliza sus encantos con Polaris, que, sin saberlo, le ayuda en su tarea. A través de la intervención de los X-Men, Magneto y el Senador Kelly llegan a un entendimiento acerca de la inminente guerra.

Al estar confundida, Jean usa sus poderes en el hospital, lo que le permite a Emma, usando a Cerebro, localizarla. Emma y Scott van de inmediato al hospital y tratan de llevar a Jean de vuelta a la Mansión. Arcángel (ahora un Marauder de Siniestro) los intercepta y captura a Jean y a Scott. Más tarde, Emma parece estar jugando doble ya que está con los X-Men para llevarse a Jean al Hellfire Club.

Sospechando que la mano de Emma estuvo involucrada en el secuestro de Jean, Wolverine la encierra en una celda. Sin embargo Emma es liberada por Ciclope, quien confía en ella para encontrar a Jean. Al parecer, el Hellfire Club es consciente de la Fuerza del Phoenix que Jean posee en su interior y supuestamente desean extraer esta fuerza de ella, para que no destruya la vida sobre la tierra. Mientras tanto, Magneto prepara un complot contra la raza humana y el Profesor X y sus X-Men del futuro son detenidos por los centinelas.

Los X-Men, SHIELD y el MRD luchan contra los Centinelas de Magneto. Mientras tanto, el Hellfire Club tiene éxito desencadenando al Phoenix, que posee a las Stepford Cuckoos quienes tienen instrucciones de destruir a los Centinelas, los X-Men y a Genosha. En la conmoción Scott queda lastimado y Emma se apresura en ayudarlo (le da un beso) pero Jean la apresa. Ciclope, Jean, y Wolverine luchan contra el Phoenix, y cuando está a punto de acabar con Scott, Emma se pone en frente y encierra a la fuerza en su cuerpo de diamante, y con el último aliento le pide a Ciclope que la perdone y aparentemente se sacrifica a sí misma para destruir al Phoenix. Desde el futuro, el Profesor X informa a los X-Men que lograron su misión, evitaron la masacre del Phoenix y el dominio de los Centinelas, pero que en la actualidad un nuevo futuro ha tomado su lugar: la Era de Apocalipsis.