כשנה לאחר פיצוץ מסתורי בבית הספר למוטאנטים, לוגן מתעמת שוב מול מוס, שמכניס לכלא משפחה שנתנה לו מחסה. האנק מנסה לפענח את הפיצוץ בביה"ס, ויחד עם לוגן מתכונן למלחמה הקרובה.

האנק מקוי ולוגן מנסים לגייס שוב את חברי האקס-מן. דומינו מנסה לגייס את רוג לאחווה, והאקס-מן נופלים בפח שתמנו להם חברי האחווה ומואשמים בניסיון התנקשות בסנאטור קלי.

וולברין וחברי האקס-מן שהתאחדו פושטים על האי גנושה ומוצאים את צ'רלס מחוסר הכרה. הוא מוצא דרך לתקשר איתם מהעתיד ומצווה עליהם להתאחד כדי להציל את העולם.

צ'ארלס מזהיר את האקס-מן מפני אסון אדיר שיתחולל באפריקה. מתברר שאת האסון תביא חברתם לצוות, סופה, בעודה נשלטת בידי הכוח האפל של פארוק, שהיה למלך הצללים.

הגנב המוטאנט, גמביט, נשכר בידי דוקטור סיביל זאיין כדי לגנוב קולר שפיתחו האקס-מן, ומאפשר ריסון של כוחות מוטאנטיים. לוגן יוצא ללכוד את גמביט ולהשיב לאקס-מן את הגנבה.

זחלן-הלילה עולה לאונייה שמעבירה מוטאנטים לגנושה. הם מותקפים על ידי פיראטים בפיקודה של החיזריית בעלת ששת הזרועות ספיירל, שנשלחה להביא מוטנטים לזירה הקטלנית של מוג'ו.

פיורי, מפקד מג"ן, פונה אל לוגן בבקשה שיעזור לו לעצור את הענק הירוק שהורס כפרים בקנדה. בתמורה כל מידע על האקס-מן, הכולל את שמותיהם ומיקומם יישאר חסוי. לוגן מגלה שהאמת מורכבת הרבה יותר.

נייטרו הוא מוטאנט שאחת לִזמן מה מתפוצץ בעוצמה אטומית, באופן בלתי מבוקר. חברי האחווה רוצים להשתמש בו למטרותיהם, אבל האקס-מן יודעים שצריך להסגיר אותו לידי השלטונות.

פרופסור אקסייבר מתקשר עם לוגן מן העתיד ומתאר לו מצב שבו מכונה שבנה טראסק יוצרת רובוטים ששולטים בכל המוטאנטים בעולם. משימתו של לוגן להשמיד את המפעל של טראסק.

זחלן-הלילה מגיע לגנושה ומתרשם מהנגלה לעיניו. אט אט מתברר לו שהמציאות מורכבת הרבה יותר מכפי שהיא נראית וכי החזות היפה טומנת בחובה סודות אפלים.

שברי זיכרונות שרודפים את לוגן גורמים לו לצאת למיקום שבו, למיטב זיכרונו, הוא חיסל מישהו והשאיר את בתו בת השש לבדה. אט אט מורכבת תמונה כמעט מושלמת מתוך פיסות הזיכרון.

סקוט יוצא לבדו לחפש את ג'ין הנעדרת ונופל למלכודת של סיניסטר. צוות האקס-מן נחלץ להצילו, אבל עליו להחליט אם הוא נשאר בצוות או ממשיך לבדו.

מגנטו מפר את ההסכם שלו עם הסנאטור קלי, ויוצא למתקפה מתואמת על כל בתי הכלא של החטיבה לריסון מוטאנטים. המלחמה הגדולה בלתי נמנעת.

מיסטיק מזהירה את וולברין שסוכני נשק איקס עומדים לחטוף את כריסטי, בתו של חבר צוותם לשעבר. יחד הם פולשים למתקן של פרויקט איקס, ולוגן מגלה פרטים על עברו.

מוג'ו שולח את ספיירל להביא אליו את טובי המוטאנטים כדי שיילחמו זה בזה במשחק הישרדות שהוא מביים. הפעם, זחלן-הלילה ומכשפת השני צריכים להילחם נגד וולברין שנשלט מרחוק ע"י מוג'ו.

וולברין מנסה למנוע מהמדען טרסק לבנות רובוטים בעלי יכולות של מוטאנטים. בעתיד הרחוק, יוצאים אקסייבר וחבריו לעימות מול פולריס הנוקמת.

כל חברי האקס-מן, מלבד לוגן ורוג נחטפים בידי נינג'ות. כדי לשחררם נאלץ לוגן להילחם בסמוראי מארגון היאקוזה, לוטוס הכסף, אחרי שלפני שנים, נלחמו שניהם על לבה של אותה אישה.

וולברין והאקס-מן נופלים למלכודת שטמן להם מחשב העל, וחברי האחווה נחלצים לעזרתם, לאחר שמגנטו הפנה להם עורף.

אמה עוזרת לסקוט להיזכר בעברו ויחד הם מנסים להבין למה הזיכרון של ג'ין לא מאפשר לו לתפקד כמו אקס-מן.

בעתיד הרחוק, נלחמים בישופ והאקס-מן על חייהם. למארו יש רובוט בשם רובר מדגם ישן שאותו היא מאלפת ואותו היא אוהבת. כשבישופ מטיל על רובר משימה שמסכנת את חייו, נבחנת נאמנותה של מארו.

גמביט הגנב חודר לאי גנושה על מנת לבצע פיגוע שיגרום למלחמה עולמית. לוגן נעזר בצ'רלס מן העתיד כדי לנסות למנוע את המלחמה ברגע האחרון.

זיכרונה של ג'ין מתחיל לשוב אליה, ושלושה כוחות מנסים להגיע אליה ראשונים, האקס-מן, משטרת המוטאנטים, וסיניסטר. לכל כוח כוונות משלו, ולעתים גם כוונות נסתרות.

לוגן מבין שאמה שותפה לחטיפה של ג'ין. ובינתיים מגנטו נחוש בהחלטתו לפתוח במלחמה. מכשפת השני מזהירה את האקס מן, אבל המתקפה יוצאת לדרך.

בעתיד הרחוק, וולברין מציל את הפרופסור מידי מחשב העל, ובהווה, אמה מנסה למנוע מחברי מועדון הפניקס לשחרר את עוצמת ציפור האש הכלואה בתוך ג'ין.

בפרק האחרון, חברי מועדון הפניקס מערימים על ג'ין ומחלצים מתוכה את ציפור האש שמכלה הכול. לאמה יש הזדמנות לתקן את נזקי בגידתה. המלחמה בין בני האדם למוטנטים מגיעה לקצה.