Sorceline récupère le cristal de lune confisqué par les Pyjamasques en S2 et l'emporte sur la Lune pour charger sa forteresse et grâce au Méga Aimant-Lune peupler son "royaume" de loyaux sujets et de jolies choses. Les Pyjamasques décident alors de la pousuivre avec Spatiototem. Mais Sorceline arrive la première et commence à attirer des éléments de la ville vers la Lune grâce au rayon du Méga Aimant Lune. Alors que Gluglu et Bibou s'envolent vers l'espace, Yoyo reste derrière pour protéger la ville. Mais Glulgu et Bibou sont capturés et Yoyo prend une décision audacieuse pour aider ses amis.

Sorceline récupère le cristal de lune confisqué par les Pyjamasques en S2 et l'emporte sur la Lune pour charger sa forteresse et grâce au Méga Aimant-Lune peupler son "royaume" de loyaux sujets et de jolies choses. Les Pyjamasques décident alors de la pousuivre avec Spatiototem. Mais Sorceline arrive la première et commence à attirer des éléments de la ville vers la Lune grâce au rayon du Méga Aimant Lune. Alors que Gluglu et Bibou s'envolent vers l'espace, Yoyo reste derrière pour protéger la ville. Mais Glulgu et Bibou sont capturés et Yoyo prend une décision audacieuse pour aider ses amis.

Après que Tatouro'Tom a rencontré Robette, il pense à tort qu'elle est sa nouvelle meilleure copine. Il se bat avec Roméo pour déterminer qui de Robot ou Robette est le meilleur meilleur copain, tandis que les Pyjamasques font de leur mieux pour sauver la ville des dommages collatéraux.

Loune et Tiloup s'enfuient avec un chien du coin - ils pensent que c'est Scarloup, enfin devenu "Tout Garou". Les Pyjamasques doivent récupérer le chien... et découvrir ce qui est arrivé à Scarloup...

Les Farfezouaves - des Ninjazouaves frappés par des étoiles collantes que les Farfeloups ont machés - font de sacrés dégats dans la Montagne Mystère et les Pyjamasques doivent s'allier à Ninjaka pour les arrêter.

Pyja-Robot persuade les Pyjamasques de se diriger vers une comète - il pense que cela chargera leur Totem transformé en Astrototem d'un nouveau pouvoir. Mais c'est un piège, et s'en échapper réclame encore plus de pouvoirs aux Pyjamasques.

Sorceline taquine Roméo avec ses nouveaux Papinuits surchargés d'énergie de pleine lune. Les Pyjamasques doivent l'arrêter... mais Bibou ne peut s'empêcher de profiter secrètement de ce qui arrive à Roméo....

Ninjaka hypnotise et kidnappe le professeur des Pyjamasques - mais comment vont-il faire pour le récupérer ?

Lors d'une course poursuite entre Roméo et les Pyjamasques, Robot est abimé et tombe inerte sur le côté. Obnubilés par leur mission, les Pyjamasques décident de le réparer plus tard, mais ils ne réalisent pas que PJ Robot est vraiment contrarié par cette décision. PJ Robot se met alors en route pour réparer Robot tout seul .... sans se rendre compte qu'il tombe dans un piège....

Lionel mange de la lave collante malencontreusement ramenée de la Montagne Msytérieuse par Gluglu et acquiert des pouvoirs télékinétiques. Glulgu commence à l'entraîner pour en faire son "Super animal". Mais Ninjaka vole Lionel et l'utilise ingénieusement contre les Pyjamasques. Gluglu découvre que Lionel devrait être apprécié pour ce qu'il est et non pour les pouvoirs qu'il a.

Alors que Sorceline est abandonnée par les Papinuits devant les Pyjamasques, Bibou accepte de devenir sa nouvelle meilleure amie et la laisse entrer dans le QG, sans écouter ses vrais amis Yoyo et Gluglu quand ils l'avertissent que cela pourrait être un piège.

Ninjaka vole un ancien parchemin et le Gong au Dragon au musée et les emporte à la montagne mystèrieuse avec l'espoir de libérer le Dragon pour l'aider à percer les secrets de la montagne, gagner plus de pouvoir, et vaincre les Pyjamasques. Il libère la fille Dragon, Flamme Rouge, une petite fille Maitre Dragon et gardienne de la montage mystère condamnée à rester prisonière du Gong). En la libérant, Ninjaka accède à l'intérieur du temple de la montagne mystérieuse. Mais Les Pyjamasques vont empêcher Ninjaka de libérer la magie de la montagne.

Ninjaka vole un ancien parchemin et le Gong au Dragon au musée et les emporte à la montagne mystèrieuse avec l'espoir de libérer le Dragon pour l'aider à percer les secrets de la montagne, gagner plus de pouvoir, et vaincre les Pyjamasques. Il libère la fille Dragon, Flamme Rouge, une petite fille Maitre Dragon et gardienne de la montage mystère condamnée à rester prisonière du Gong). En la libérant, Ninjaka accède à l'intérieur du temple de la montagne mystérieuse. Mais Les Pyjamasques vont empêcher Ninjaka de libérer la magie de la montagne.

Le Chat-bolide a été volé par Roméo et pour le récupérer, Yoyo doit faire une course contre Sorceline, Ninjaka et les Farfeloups. Face à ses rivaux et craignant qu'il ne perde sa précieuse voiture pour toujours, la tentation de tricher devient grande.

Ninjaka vole à nouveau le char des pirates et refait surface sous son surnom de Pirate Ninja, assiégeant les canaux de la ville. L'excès de confiance de Gluglu et Bibou joue en faveur de Ninjaka ; ce n'est que lorsqu'ils incluent Yoyo dans leurs plans et travaillent en équipe qu'ils peuvent réussir.

Désireux d'impressionner Flamme Rouge,Yoyo rivalise avec elle et cela donne l'occasion à Ninjaka d'entrer dans la pagode et d'en découvrir les secrets.

Pour arrêter la tempête magique de Ninjaka et protéger la montagne, Flamme Rouge doit résoudre l'ancienne énigme qui fera d'elle un véritable maître de la montagne. Elle échoue à plusieurs reprises, puis réalise qu'elle doit compter sur l'aider des Pyjamasques pour réussir.

Désireux de prouver qu'il peut être un grand Leader, Tatouro'Tom essaie d'entraîner les Farfeloups à devenir des héros. Gluglu persuade ses camarades d'aider Tatouro'Tom et les Pyjamasques jouent les méchants pendant l'entraînement des Farfeloups.

Convaincue que Roméo a encore utilisé sa machine à glaçon, Bibou refuse d'écouter Robot et donne aux Farfeloups une chance de congeler la ville avec les inventions volées de Roméo.

Alors qu'il cherche une caverne secrète dans la montage mystérieuse, Ninjaminus le plus petit des Ninjazouaves trébuche dans une flaque de "lave collante magique" qui le transforme (à son insu et sans qu'il le sache) en Gigantus. Le Gigantus combat les Pyjamasques avec ses jets de lave collante et les piège dans la montage mysterieuse. Ninjaka emmène son Gigantus en ville pour s'approprier la nuit.

Alors qu'il cherche une caverne secrète dans la montage mystérieuse, Ninjaminus le plus petit des Ninjazouaves trébuche dans une flaque de "lave collante magique" qui le transforme (à son insu et sans qu'il le sache) en Gigantus. Le Gigantus combat les Pyjamasques avec ses jets de lave collante et les piège dans la montage mysterieuse. Ninjaka emmène son Gigantus en ville pour s'approprier la nuit.

Les Pyjamasques ne parviennent pas à se mettre d'accord sur la meilleure façon d'enquêter sur un cristal de lune assez étrange. Mais leur dispute crée une énergie négative qui fait que le cristal s'ouvre et donne naissance à un nouveau méchant : Motsuki.

Gluglu est pris au piège dans une dispute entre Sorceline et Motsuki, qui chacune leur tour lui font confisquer les pouvoirs de l'autre, laissant Yoyo et Bibou à la merci des Papinuits.

Après une nouvelle querelle avec Sorceline, Motsuki décide de devenir l'acolyte de Bibou, ce qui rend Sorceline encore plus en colère et dérange même un peu Yoyo et Gluglu.

Sorceline continue de traiter Motsuki comme un bébé, jusqu'à ce que cette dernière décide de prouver qu'elle peut être plus méchante qu'elle, en la piégeant elle et les Pyjamasques sur la Lune pour voler l'Aerototem des Pyjamasques.

Ninjaka piège Tatouro'Tom en lui disant qu'un vrai héros a besoin d'un véhicule pour que le pauvre Tatouro'Tom vole tous les véhicules des Pyjamasques l'un après l'autre.

Sorceline et Motsuki emmènent Tiloup sur la Lune pour qu'il leur trouve des cristaux noirs. Les Pyjamasques essaient de sauver Tiloup, mais c'est trop tard : il est devenu Tout Garou

Ninjaka piège Tatouro'Tom pour qu'il vole le bâton d'An Yu et que Ninjaka puisse reprendre le contrôle de la montagne mysterieuse. Grâce à l'aide inattendue de Ninjaminus, les Pyjamasques sauvent Tatouro'Tom et An Yu et les réconcilient.

Flamme Rouge essaie d'entraîner Ninjaminus à devenir Assistant du Gardien de la Montagne Mystérieuse car elle a besoin d'aide contre Ninjaka qui menace à nouveau son refuge. Grâce à Gluglu, Flamme Rouge réalise que Ninjaminus n'est pas seulement utile sous sa forme de Gigantus...

Alors que les Pyjamasques poursuivent Roméo dans son Labo, ils s'y font enfermer, piégés par une nouvelle inventon du petit génie fou les privant de leur pouvoir. PJ Robot crée alors un nouveau véhicule pour les sauver : le Tractotem.

Les animaux continuent de disparaître dans la ville et Gluglu veut enquêter mais Yoyo et Bibou ne pensent pas que c'est important, jusqu'à ce qu'ils découvrent que Sorceline est derrière tout ça, à la recherche d'un animal de compagnie de rechange maintenant que ses papinuits ont choisi Motsuki...

Les pouvoirs des Pyjamasques sont volés par Roméo et accidentellement confiés aux Farfeloups, qui les utilisent imprudemment. Afin de vaincre Roméo et de récupérer leurs pouvoirs,Yoyo a l'idée de s'allier avec les Farfeloups et de leur apprendre à utiliser leurs nouveaux pouvoirs.

Pendant une soirée dansante, Ninjaka utilise une "danse Ninja" spéciale qui hypnôtise tous les écoliers pour les conduire à la montagne mystérieuse. Grâce à l'avertissement d'An Yu et aux supers pouvoirs de Glulgu, les Pyjamasques libèrent tous les enfants.

Ninjaka détourne l'ambition de Tatouro'Tom de devenir une star du Kung Fu au cinéma pour s'introduire dans le musée.

Alors que Yoyo et Bibou sont en retraite zen dans la montagne mystérieuse, Gluglu et Tatouro'Tom gardent le QG et la ville... jusqu'à ce que leur garde se transforme en compétition pour savoir qui est le plus fort...

Les Farfeloups ont transformé leur Farfevroom en Farcevroom, mais plutôt que de les empêcher de créer le chaos dans la ville, Yoyo essaie de faire la blague la plus drôle qui soit pour le 1er avril.

Sorceline contrôle la Farfevroom à distance et fait des ravages, et les Farfeloups et les Pyjamasques doivent travailler ensemble pour arrêter le véhicule devenu fou.

Les Pyjamasques découvrent le Mecanolab de Roméo, une usine volante cachée dans les nuages au dessus de la ville. Comme l'usine est habitée par de méchants robots similaires à PJ Robot, les Pyjamasques l'envoient pour enquêter. Mais Roméo est au courant des plans des Pyjamasques et il capture PJ Robot.

Alors que la Mecanolab de Romeo à réussi à décoller hier soir, de terribles nuages de pollution crasseux sont apparus au-dessus de la ville, couvrant les ailes de l'astrohibou et de Bibou, ce qui empêche les Pyjamasques de nettoyer le nuage de pollution que Romeo a créée.

Découvrant qu'il est sur la liste des enfants méchants et qu'il ne recevra pas ce qu'il a demandé à Noël, Roméo décide de ruiner Noël pour tous le monde. Les Pyjamasques doivent aider le Père Noël et sauver Noël!

Découvrant qu'il est sur la liste des enfants méchants et qu'il ne recevra pas ce qu'il a demandé à Noël, Roméo décide de ruiner Noël pour tous le monde. Les Pyjamasques doivent aider le Père Noël et sauver Noël!

Roméo a composé une chanson spéciale transformant tous ceux qui l'écoutent en esclaves pour son usine volante. Pour vaincre Roméo, Les Pyjamasques doivent porter un protecteur d'oreilles, mais Yoyo se plaint des démangeaisons du casque et refuse de le porter, ce qui le transforme en serviteur de Roméo.

PJ Robot a trouvé un moyen de prendre le contrôle d'un mini-robot et essaie de transformer la Mecanolab de Roméo en fête volante pour robots tout en restant à l'intérieur du QG, mais les mini-robots se défendent et les Pyjamasques doivent intervenir.

Ninjaka a volé les éléments de décoration de la "Journée Pirate" à l'école. Yoyo, voulant prouver qu'il peut lui aussi être un grand pirate, va mettre en péril la mission de sauvetage des Pyjamasques.

Les Ninjazouaves disparaissent un à un et les Pyjamasques doivent aider Ninjaka, mais le temps qu'ils l'écoutent, il est trop tard et Roméo a capturé tous les Ninjas dans sa Mecanolab.

Gluglu trouve un cristal qui lui donne le pouvoir d'aller partout en un rien de temps et pense finalement qu'il n'a plus besoin de ses amis pour arrêter les méchants, mais les pouvoirs du cristal s'avèrent trop forts juste pour Gluglu..

Désireux de prouver qu'il est toujours le maître des profondeurs, Gluglu décide d'empêcher les Ninjazouaves de faire du jet ski dans les douves, sans remarquer qu'il s'agit d'une diversion de Ninjaka.

Motsuki a volé le bébificateur de Romeo et transforme tous les méchants et les Pyjamasques en bébés mal élevés, jusqu'à l'intervention de PJ Robot.

Sorceline, qui n'a pas été invitée à une soirée pyjama qu'Amaya organise, décide d'emmener toutes les filles de la soirée sur la Lune, jusqu'à ce que Bibou réalise qu'il ne faut pas exclure les autres.

Gluglu est piégé par Roméo pour capturer un cristal spécial aux pouvoirs flottants dans la marre, un crystal qui pourrait faire de Roméo le maître du ciel.

De son propre chef, PJ Robot décide d'utiliser le Tractotem contre la Mecanolab pour arrêter Roméo, mais il cause de sérieux dommages à celle-ci, qui menace de s'écraser dans la ville; PJ Robot et Roméo doivent travailler ensemble pour l'arrêter.