面对佐藤行凶得逞、永井圭与中野攻又成功逃脱的户崎，他受到亚人管理委员会的传唤，并由后辈的曾我部迎接。曾我部宣称“前辈已经被亚人管理委员会开除了。”然而，这个指令却被紧急撤销了，因为佐藤放出了新的恐怖行动第2波的预告——净化。根据田中的见闻，佐藤们将会暗杀掉亚人管理委员会及运营相关的15名高层人员。户崎被管理委员会命令阻止这个阴谋。

“然后，这就是开始倒数的信号了。”若井被枪杀，排在佐藤暗杀名单首位的男人。若井死的同时，佐藤所言的第2波就开始了。并且，这之后持续着第3波——最终波也将开始。佐藤的下个目标是名为樱井和夫的男子。佐藤等人回到作为窝点的城镇工厂后，开始进行下一次作战的准备。

樱井乘坐的飞机紧急降落在静冈县海域。杀害樱井的佐藤，爆破了飞机的门，逃跑了。警视总监为警察的威信和自豪，表明将全力以赴逮捕佐藤，但是街上的混乱正在扩大。这时，圭怀着某个疑问访问了奥古拉博士。那个疑问是关于自己的IBM……。不知道圭的烦恼的户崎，找圭商量什么时候埋伏佐藤才是上策。下一个目标是岸祐二……。

“你的朋友在少年院”突然，圭被户崎告知。他一瞬间胆怯,不过，马上重新考虑。考虑到今后发生的事情，我认为那里是最安全的地方。那个少年院发生了奇怪的事件。名叫琴吹竹笋的17岁少年，逃出了医院。两天后，他自动回来了。但是，不明白那个逃跑路径，本人也只是主张「如果注意到了在外面」。苦于处理此事的院长将此事视为“不存在”，将他送回集体宿舍。那里是海斗的房间。

杀害名单上的×符号超过了三分之一。但是，日本政府依然拒绝与佐藤的交涉。圭他们假想实战，转移到实地训练。各队由3人组成。把圭作为阿尔法队的要分员，黑衣们固定第二个和尾巴这样的阵形。那时，户崎被亚人管理委员会叫出来了。以调查奥古拉·伊库亚博士的死亡状况为名，阿尔梅达和迈尔斯这两名国防总省职员被送进医院。户崎很好地交换2人的追求,不过……。

厚生劳动大臣面前的目标被杀害，终于实行佐藤捕获计划的时刻到了。但是，重要的户崎被阿尔美达带走了。遭遇绑架现场的泉，尝试着救出户崎，却被迈尔斯的IBM阻碍。就这样泉自己也倒下了……。在泉的脑海中，1年多以前的情景复苏了。被世界的一切背叛，被憎恨支配的时候遇见了一个男人。他告诉了泉水里自己所处的状况和家人的情况。不仅如此，关于那之后她的生活方式……。

泉看到登上户崎，开车离去，独自追赶着阿尔梅达等人。但是，不能阻止他们，阿尔梅达一行人前往美国大使馆。如果被大使馆逃跑户崎的救出变得绝望性。圭用IBM追击他们的车。IBM在并列的住宅街疾驰，捕捉阿尔梅达的车。圭冷静地观察了那个动作……。那时，厚生劳动大臣出现在东京都内的高级餐厅里。绝对无法泄漏的大臣的日程。但是，佐藤他们正确地掌握了大臣的预定。

“剩下的目标只有一个。武藏重工的桥口会长。董事会将在3日后的19点杀了你”佐藤发出的犯罪时间指定的声明。面子被摧毁了的日本政府，终于切断最后的卡。亚人制压特化部队——决定正式投入对亚人特选群。他们不仅是战斗的专家，还被授予了武藏重工开发的特殊武器。瞬间损伤视网膜的激光。提高了威力的无线·taza·雁。IBM对策的小型脉冲喷水枪等……。拿着多彩的武器，去捕获亚人……？

卡车冲向武藏重工：“从这里开始——只有火和刀，是原始的战斗”。那个货架上装着EMP——炸药发电机。所有的电子机器都无法使用，处于警戒状态的机动队员陷入了恐慌。已经准备完毕的对亚队员们，舍弃最新装备，开始与通常兵器入侵的亚人们战斗。潜伏在大楼里的圭他们也在黑暗中孤立起来。但是，圭断言「这个状况反过来是机会」，使之发生IBM。圭注意到的是电梯轴……。

圭使佐藤认真起来。那个代价很高。佐藤IBM倒下的泉、攻。被残酷击溃的黑衣们。感到恐怖的圭，丧失斗志，崩溃落下。佐藤等亚人恐怖分子，经由地下武器库撤退。武藏重工开发的某样兵器作为礼物……。回到简保旅馆的户崎责备圭：“你跟着我，怎么这么任性！？”圭承认这个败北的原因全部是自己，隐居在房间里。另一方面，户崎也嘲笑自己和亚人结手的自己是傻瓜……。

“希望一周后的下午12点之前把日本交出来。”对于佐藤突然提出的要求，已经发表紧急事态宣言的政府再次发表声明，声明“这是国家的危机”。户崎作为亚人对策的专家打算阻止佐藤行动,不过，重要的圭丢失着战斗的气力。陆上自卫队，在人质和化学武器被压抑的情况下也不出手，只是把司令塔包围，让狙击犯待机。这时，圭的妹妹慧理子住院后给母亲打了电话。在医院内也蔓延着不安……。

佐藤发射的导弹在首相官邸附近着弹。佐藤从一开始就没有和日本政府进行交涉的意思。察觉到这件事的奥山他们离开佐藤，与户崎取得了联系。潜入了自卫队驻扎地的美军，一边关乎佐藤的圈套，一边也开始着手拆除装载了神经煤气的导弹。接着，探索班在地下的配管设施中搜索佐藤的逃跑路线。他们打算就那样转移到佐藤追踪,不过，根据来自五角大楼的指令死心。得知美军进一步计划的考马陆佐愤怒不已，但日本政府并无否决权。

“佐藤先生，大家……为了陪你玩儿……我已经厌烦了！”圭推起爆装置。在佐藤和田中的周围和头上，发生了爆炸。被大量的瓦砾压碎的2人。下一个瞬间，佐藤也启动了起爆装置。圭他们的脚下崩塌，佐藤一起被扔进巨大的地下战壕。接着醒来的时候，和佐藤在同一个空间里的是泉和户崎。圭他们，去2人的救出……。

又被画了作战的背面的圭。竟然招致计划的失败……。在美军散布神经气体的逼近之际，圭他们向佐藤挑战了最后的战斗……！