亚人——不会死亡的存在，17年前发现，至今全世界共有46人，日本国内确认2人。永井圭，立志报考医学院的高中生。他的目标是成为出色的人，因此严格自律并与选择性地与同班同学交友。在学校中，讲述“亚人”相关知识的课堂上，永井圭的同学用手机播放了用亚人做实验的视频。视频中，圭意外发现了自己在幼年就看到过的黑雾状物体。

在夜晚的黑暗中，逃跑着的圭， 山岭车道上几乎没有什么车辆，他和海顺利逃走。圭的脑海里回忆着手机上看到的画面——某研究所的亚人遭受拷问以及被杀死后复活的情景。“如果被抓住了一定会确认是不死之身吗？我讨厌被不停地杀死！”而在圭的家门前，一辆车停在了警察拉起的封锁线外，由厚生劳动省派来的名叫户崎的男人和他的秘书下车了。

圭是亚人的消息，通过电视和互联网开始向世界传播。而不明身份者协助圭逃跑、抓住圭就能获得大笔赏金，也同时被报道着。圭的家中，亚人管理委员会的户崎和他的秘书泉来拜访。与此同时，圭还在山路上逃亡，一辆摩托车却接近了他们。

永井慧理子的病房被黑色幽灵入侵了，警卫人员被害。看到这一幕的慧理子被吓晕过去，昏倒在床上。此时坐在医院外的田中放声大笑，因为黑色幽灵就是他受到佐藤指使而放出的。另一方面，圭也见到了自己的黑色幽灵。他的黑色幽灵，或者被称为别种之力的存在，似乎有着自我意识。圭在震惊之余，也意识到眼下有更为要紧的事情需要解决。

县警察总部的荒木在锁定手机的信号源后找到被认为是圭藏身的地方，立刻率领众多警察赶赴现场。他们均手持着户崎配发的对亚人专用武器。警察们一边习惯着使用该武器，一边包围了所谓的现场。数小时后，被捕获的圭醒来，映入眼中的却是研究人员。佐藤宣称圭是不合格的，他要教育下圭。

佐藤攻下研究所营救圭，圭一边流泪一边向他致谢。在周围有无数尸体的场景下，圭也没有显示出动摇，甚至面无表情的跟在佐藤后面。佐藤问圭对尸体是否在意，但圭只是冷冷的回答道不在意。“守住这里是这个人的本职工作吧，毕竟已经死了。”另一面，小仓郁也博士发正演说着他对亚人的独特见解。

从亚人研究所逃走的圭，漂流到了某个海岸上。已经习惯了疼痛的圭，却还是感受了来自溺水的别样苦楚。再一次的，圭对自己帮助他人的不合理行为感到后悔。另一方面，成功聚集了亚人的佐藤，引导他们在废弃的巨大仓库中见面，并让他们自己选择是否成为同伴。“关于亚人权利的问题，不妨听听我的计划吧。”佐藤说道。

佐藤的犯罪预告播出后，各大媒体连日报道着亚人相关的信息。根据视频，恐怖活动将在10天后的下午3点发生，目标是格兰特制药公司大楼。佐藤“准备好兵戎相见”的台词，被各大媒体多次报道。警视厅与亚人管理委员会，为了防止恐怖活动的发生而齐心协力。但是不仅佐藤的线索，就连视频的上传源头都未能找到。

佐藤等亚人，稳步而顺利地准备着袭击制药大楼。同时他们更换了新的据点，是某个废弃的城镇工厂。在满是灰尘的密室里，佐藤拿出地图并说道：“用我们的手来改变地图吧。”此时，被监禁了的小仓郁也博士，如愿以偿地拿到了FK香烟。吐着袅袅的烟圈，一脸满足的他将户崎想知道的情报和盘托出。

佐藤放出犯罪预告的第二天，圭像平常一样呆在山中婆婆家并准备吃饭，山中婆婆也给他买来了想要的手机。另一方面，佐藤等亚人分乘两辆车，来到了某个地方。奥山等3人乘车到目的地，而佐藤和田中则在停车在路旁的停车场。从车上下来的奥山，一边指挥着高桥和现推着行李车，一边联络着佐藤。

在尘土飞扬的倒塌建筑中，两帮人正对峙着。一边是戴着帽子的中年男子，一边是警视厅特殊奇袭部队，通称SAT队员，大约50名。他们就是佐藤口中所说的全日本拥有实战经验的最强部队。他们分成小组，在瓦砾背后瞄准着佐藤。与装备着特殊纤维的护甲与头盔的SAT相比，佐藤则是轻装上阵。

佐藤全灭了SAT后扬长而去，户崎虽然没能如愿抓到佐藤却找到了圭的藏身之处。警察封锁了山村，圭察觉到异样后用山中婆婆做人质而逃脱。圭带着中野攻一起突围，却遇上户崎与下村泉，双方放出黑色幽灵进行厮杀。最终圭和攻顺利摆脱追捕，并准备一起阻止佐藤继续杀戮。