新谷（池松壮亮）が生きていた。グルジブ人テロリストによる犯行が疑われる、北海道のエネルギー研究所爆破事件。研究所の防犯カメラ映像に映っているのは、確かに新谷だった。新谷宏美は空港爆破テロ事件の日に間違いなく死んでいる。崖から突き落とされて死んだはずの双子の兄・新谷和彦が生きていたとすれば…かつて宏美を逃がした偽刑務官が、宏美の殺人手口で殺された事件とも繋がりが見えてくる。大杉（香川照之）は、被害者の男が殺される直前に汐里（蒼井優）と接触していたことを知り、汐里を任意で取り調べる。汐里は素直に応じるものの核心部分の質問に対しては答えをはぐらかし、真相を語らない。その頃、外事警察分署にいる美希（真木よう子）の手元に、宗牙岬近くの駅で目撃された謎の男の人相書きが届く。描かれていたのは、意外な、美希を激しく動揺させる人物だった。一方で、倉木（西島秀俊）の前に、行方をくらましていた東（長谷川博己）が現われる。「偽りの秩序を乱すのが俺の使命だ」東はそう楽しげに語り、倉木にある忠告を残す。後日、汐里と和彦に繋がりがあるという疑惑を追及するため、倉木は汐里をカフェに呼び出す。そこで汐里は、取材中にグルジブのテロリストグループに拉致された過去を告白する。そこで和彦と出会ったのではないか、と倉木は詰め寄るが、汐里はそれに答えずに返す。「私もあなたの奥さんと同じ」「生きて帰ってこられたのは…」衝撃的な発言に、倉木は言葉を失う。そして、和彦の行方がつかめぬまま、宏美と同じ手口で第二、第三の殺人が起こる。そんな中、倉木に何者かから電話が入る。電話の主の指示を受けてたどりついた電話ボックスには、拳銃と３枚の写真があった。その写真に写っていたのは、「グラークα作戦」に従事している千尋（石田ゆり子）と「ある人物」だった…。

森原官房長官（瑳川哲朗）を爆死させた容疑で、倉木（西島秀俊）が指名手配された。大杉（香川照之）と美希（真木よう子）は心配するも、倉木の行方は誰もつかめずにいた。自分をはねた車の運転手が、長年探し続けてきた父・洋人（篠田三郎）だったことに衝撃を受けた美希は、公安警察だった洋人が警察を裏切り失踪したため、警告として美希の実家に無言電話がかかってきたのではないか、と推測する。 予想外の告白に、言葉を失う大杉。大杉は森原爆死事件の真相を探るべく、独自に行動を開始。汐里（蒼井優）に接触し、新谷との関係を問い詰める。さらに鳴宮（伊藤淳史）の協力を得て、森原官房長官の車に爆弾を仕掛けたのは倉木ではない証拠を探すことに。そんな中、汐里を尾行している部下・加藤（平山祐介）らから大杉に連絡が入る。「汐里が極秘に誰かと会っている」それを聞いた大杉は、汐里が会う相手が新谷（池松壮亮）ではと考え、自分が到着するまで監視を続けるよう指示。しかし、機会を逃すことを恐れた加藤たちが単独で突入してしまい…。一方、グルジブ人テロリストの居場所をつかんだ美希たち外事警察は、アジトと目される場所に突入する。しかし、そこには争ったような形跡と血痕が残されているだけで、誰もいなかった。自分たちが来る前に、誰かが来たのか！？そう考える美希の脳裏には、依然、行方の分からない倉木が思い浮かんでいた。

一連の連続殺人事件の容疑者は新谷宏美であると、池沢（佐野史郎）は会見で発表した。しかし、宏美は半年前に死亡している。その事実を知る倉木（西島秀俊）、大杉（香川照之）、和彦（池松壮亮）、汐里（蒼井優）は捻じ曲げられた真実を前に、それぞれの思いを抱えていた。同様に偽りの容疑をかけられている倉木は、“イワン・タイラー”の行方を聞き出すため、何人ものグルジブ人テロリストを拷問。大杉は、そんな倉木の暴走を止めようと銃を向けるのだった。その後、大杉は鳴宮（伊藤淳史）の協力で、倉木の無実を証明する証拠映像を入手する。すぐさま池沢にその報告書を突きつけ倉木の指名手配を解くよう迫る大杉。だが池沢はまともにとりあわない。一方、汐里は身分を偽り、取材と称して池沢に会っていた。巧みな言葉で池沢の関心を引き、打ち解けさせる汐里。しかし汐里には別の狙いがあった。そして段々と“イワン・タイラー”の正体に近づいていく倉木、大杉、美希（真木よう子）の３人は、公安警察がマークしていたロシア人諜報員・スモロフが参加するパーティーに潜入。スモロフから情報を聞き出そうとする。しかしそこに、東（長谷川博己）、そしてタイラーの素性に大きく関わる人物が現れ…。

「グラークα作戦」が実施された場所は、北海道最北端の無人島・孤狼島だった。そして、“イワン・タイラー”が破壊しようとしているロシアの秘密施設もまた孤狼島にあった。津城（小日向文世）のオフィスに集まった倉木（西島秀俊）、大杉（香川照之）、美希（真木よう子）は、津城から真実を聞く。２５年前、孤狼島は大地震が起こる可能性があるとされ、住民は本土への移住を余儀なくされた。しかし真相は、島で見つかったある重要な機密を隠すため、政府が住民を追い出したのだった。そして今、国会で議論されている情報開示請求が通れば、孤狼島封鎖の本当の理由、さらにロシアの秘密施設や「グラークα作戦」のことまで全て明るみに出てしまう。タイラーは、そうなる前にロシアの機密を隠蔽しようと動き出したのだ。倉木、そして美希は孤狼島に渡る。本当の真実を知るために。そして“イワン・タイラー”が何者かを確かめるために…。一方、大杉は強い決意を持って、テロ対策ユニットをマスコミに大々的にPRしている池沢（佐野史郎）に会いにいく。しかし池沢は鼻であしらい、相手にしない。それでもあきらめず池沢の車を追いかける大杉。その目前で、池沢の乗る車が大型トレーラーに激突された！命からがら這い出した池沢の前に立ちはだかったのは…。