横浜にある星ノ川高校の二年生・浅野真一郎の周囲では奇怪なことが起きていた。美女が蜈蚣の怪物に化けたり、旧校舎で女生徒が巨大な獣に襲われたり……そんな中、真一郎は弓矢を武器にする美少女・島津朔邪と出会う。彼女は妖魔退治を生業とする島津家第37代目当主だった。真一郎は朔邪と共に妖魔と戦うことになるのだが……。

化け猫のタマ子を仲間に加えた真一郎は、一人暮らしをしている朔邪の屋敷で家事手伝いをすることになった。気が強い上に超わがままな朔邪に振り回され、真一郎は気苦労が絶えない。そんな時、学校で新たな妖魔が出現する。女生徒たちを地の底へとひきずりこんで、白い肌を貪り食らう恐るべき敵の正体とは！？

朔邪の妹、須世璃がやってきた。彼女もまた妖魔退治を生業とし、鎌鼬を操る式神使いであった。しかも、朔邪とは島津家当主の座を争うライバル同士らしい。真一郎を味方にしたい須世璃はあの手この手で誘惑し、屋敷から連れ去ろうとする。だが、その途中で二人は妖魔・朧車が作り出す異空間に捕えられてしまう。

学校周辺で亡霊武者による辻斬りが相次いだ。何故、真一郎たちのいる学校の周りばかりに妖魔が出没するのだろうか？ 事件の謎を追いかける真一郎たちは、亡霊武者が西洋魔術によって作り出されたゴーレムであることを突き止める。だが、そのことを知った朔邪は激しい動揺を見せた。朔邪と西洋魔術の間にある因縁とは？

真一郎は相手の真名を読む能力者=真眼だった。だが、どうしても真名を知られるわけにはいかない朔邪は真一郎を避けるようになり、二人の関係はギクシャクする。その隙をつくかのように強力な妖魔が二体も校内に出現！ 真一郎の助力を拒む朔邪は戦いを焦ってしまい、ついに悲劇を自ら招いてしまうのだった。

当主剥奪の危機に陥った朔邪を励ます真一郎は、朔邪から出生の秘密を聞かされる。どうして朔邪に両親がいないのか？ なぜ朔邪は当主の座に拘るのか？ その全てが明らかになった時、真一郎は朔邪と一つの約束を交わす。そんな二人を試すかのように妖魔が仕掛ける卑劣な罠。過去と現在が交錯する世界で、朔邪が見つけた絆とは……。

一緒に危機を乗り越えた朔邪と真一郎の関係は急速接近し、まるで恋人のような雰囲気である。さらに妖刀・夜叉王を手にいれた真一郎は少しでも朔邪の力になろうと、鍛錬に励む毎日であった。何もかも順風満帆に見える中、地下鉄に妖魔・煙羅煙羅が出現。退治に出かけた朔邪たちを襲った衝撃の事態とは……！？

霊力を失って昏睡状態となった朔邪を必死に救おうとする真一郎。その姿を見た須世璃は調伏の儀に挑むことを決断する。それは新たな式神として雷獣を従えるため、たった一人で屈服させねばならない過酷な試練だ。死闘の中で須世璃に去来する過去……そこには当主の座を巡って対立する朔邪への秘められた想いがあった。

横浜のパワースポットが次々に破壊される事件が発生する。神弓を使えなくなった朔邪は敵の攻勢を止められず、ついに横浜は霊的無防備都市と化した。この窮地を救うために鎌倉から、お館様こと島津那巳がやってくる。しかし、それは魔女イスカが仕掛けた狡猾な罠の一部だった。最強の妖魔・蟒蛇に屋敷を襲われる朔邪たちの運命は――。

最強の妖魔・蟒蛇を相手に苦戦する須世璃たち。一方、朔邪も魔女イスカと最後の一騎討ちに挑むが、圧倒的な力の差に追い詰められていく。絶望的戦況の中、もはや朔邪を助けられるのは真一郎しかいない！ 二人が積み上げてきた想いを、二人が育んできた絆を乗せて……今、全ての因縁に決着をつける矢が放たれる！