北海道、旭川に暮らす平凡な高校生、館脇正太郎には一風変った知り合いがいる。九条櫻子さんだ。 古いお屋敷にばあやと暮らし、一見非の打ちどころのないお嬢様に見える櫻子さんだが、その実体は・・・ 三度のメシより『骨』が好き！　趣味が高じて標本士になってしまったという残念美人だ。 今日も正太郎をお供に増毛の海岸へ骨を拾いに来たが、そこで見つけたものはなんと人骨で・・・！

正太郎は深夜のコンビニで幼女を保護する。「いいちゃん」という愛称以外、名前も住所も分からない。 いいちゃんのリュックに血痕を見つけた正太郎は、警官の内海を連れて櫻子のもとを訪れる。 『骨』以外にも該博な知識を持ち合わせている櫻子は、時として探偵さながらの推理をしてみせるのだ。 櫻子はいいちゃんの『ある特徴』に目を留める。身元を割り出すことに成功した一同は、いいちゃんの家を訪れる。 だが、そこで目にした光景に正太郎は息をのむ。

山へ『骨探し』に来た櫻子と正太郎は、またしてもそこで白骨遺体を発見してしまう。 後日、その遺骨はクラスメイト鴻上百合子の祖母のものだったと分かる。 百合子の祖母は生前、認知症の夫を献身的に介護していた。 それを苦にした自殺・・・という説明に納得できない百合子は、櫻子に祖母の死の謎を解いて欲しいと懇願する。 櫻子が導き出した意外なその『理由』とは・・・？

正太郎は警官の内海から相談を受ける。友人の藤岡が『ある呪い』に脅えているというのだ。藤岡家の男子は代々短命で自分の死期も近づいている・・・という。 名探偵である櫻子にその『呪い』を否定して欲しいと依頼する内海。 藤岡家を訪れた一同を迎えたのは、大きなサモエド犬ヘクターだった。 犬嫌いで恐怖する内海。 『呪い』の実態を調査する櫻子、藤岡の手指に現れたある特徴に「君の呪いは私が解こうじゃないか」と宣言する。

藤岡が体調を崩していた原因は、書斎に飾られていた絵画に発生したカビであることが判明する。 藤岡はとある画家に勧められ、その絵画を飾っていたのだという。 ともあれ一件落着、安心する内海と正太郎だったが、真実はさらに一転する。 弾かれるように藤岡邸の庭へ飛び出す櫻子、そこには斧で大怪我を負った藤岡の姿があった！

夏祭りに来た鴻上百合子は、友人とはぐれてしまう。 ふと見た橋上に、暗い表情で川面を見つめる黒衣の女がいることに気づく。 「まさか！」と自殺を疑う百合子。女はそのまま立ち去るが、百合子は女が残した手紙を見つける。 中には遺書めいた言葉とダイヤモンドのリング・・・ 何としてでも自殺を思いとどまらせたい百合子は、祭りの監督に来ていた教師の磯崎、 パトロール中の内海を巻き込んで、女を探し始めるのだが・・・。

高校の文化祭。櫻子が意外にも二つ返事で来てくれて、嬉しい正太郎。 勝手に理科室に立ち入った櫻子は、生物教師の磯崎に標本展示のダメ出しをする。 櫻子が標本士だと知った磯崎は、前任の教師が残した標本の整理を依頼し、櫻子も了承する。 前任の教師、佐々木の残した見事な標本に賛辞を惜しまない櫻子。 だが以前、櫻子がペットの猫を自らの手で標本にしたと聞いた正太郎は、一抹の屈託を抱える。 一方、作業は順調に進むように思えたが・・・。

理科室の標本の中から人骨が見つかった。 それ自体に事件性はなく、佐々木教師の知人、曾根夏子という女性のものだったと判明する。 だが、骨と共に見つかった遺品の写真に書き添えられた短歌『寄生木に想い重ねし吾が屍　腸の上　水芭蕉咲く』が気になる正太郎は、櫻子を連れ、佐々木教師の姉、小雪のもとを訪れる。 小 雪の爪先が珍しい「ケルト型」であることに興奮する櫻子。 さらに小雪からは意外な言葉を聞かされて・・・。

正太郎には、数年間に亡くなった大好きなお祖母ちゃんがいる。 お祖母ちゃんはガンで亡くなった。 入院中、お見舞いに来る正太郎に、お祖母ちゃんはいつも『プリンを買ってきてほしい』とリクエストした。 これまでプリンが好物だったわけでもないのに、なぜか必ず同じ店のプリンがいいと言うのだ・・・ ある雨の日、正太郎からそんな昔話を聞いた九条家のばあやは、不自然なその行動の裏にかくされた、祖母の優しい嘘を推理する。

今年最後の『骨探し』に米飯地区の森を散策する櫻子、正太郎、磯崎。 今度こそ楽しくトレッキング・・・と思いきや、磯崎に連絡が入る。 磯崎が担任していた女生徒、圓一重が行方不明になったというのだ。一報を聞くや、青ざめる磯崎。 実は過去、一重と親友だった西沢二葉が在学中行方不明になっており、今も見つかっていないのだ。 最近の一重の動向を探るうち、もう一人の親友、津々見三奈美が浮上する。 彼女の部屋には一枚の絵画が残されていて・・・。

旭川に初雪が降ったその日、正太郎は櫻子に別れを告げられた。 もう私と一緒にいてはいけないと。受け入れられない正太郎は、永山の祖父の家にいた。 なぜなら、そこが櫻子と知りあうきっかけとなった場所だからだ。 櫻子と出会った『初めて事件』に正太郎は思いを馳せる。