あれから一年…平凡で幸せな日々を送る自由。そこへ、突如現れた謎の転校生…柳生フリーシャ、ラブリー眼帯を持つ子供小田豪鮎之助の出現、さらに300年前に柳生但馬守によってシベリアまで追いやられた柳生一族の襲来。自由の運命の歯車は再び回りだす。