La détective du NYPD Harlee Santos, qui fait partie d’une unité de policiers malhonnêtes de Brooklyn, est interpellée par le FBI qui est prêt à tout, même à se servir de sa fille, pour qu’elle devienne informatrice contre ses collègues.

Harlee a de la difficulté à accepter le fait qu’elle soit devenue informatrice pour le FBI, tandis que Wozniak soupçonne tous les membres de son équipe. Craignant que Wozniak ne remonte jusqu’à elle, Harlee suggère que toute l’équipe soit soumise au polygraphe, un plan qui se retourne contre elle. Espada aide Tess à surmonter l’infidélité de son mari.

La culpabilité de Loman pour la mort d’un suspect non armé devient un problème pour l’équipe, qui décide de tester sa loyauté. Wozniak envoie Harlee faire une commission qui révèle la présence d’un partenaire silencieux dans le portrait. Wozniak réalise que Donnie lui cache des informations. Harlee feint la coopération avec Stahl et conduit involontairement le FBI à une preuve incriminante.

Harlee et Tess interceptent la cargaison d’héroïne d’un trafiquant de drogue qui découvre le secret de Wozniak et tente de l’utiliser à son avantage pour récupérer sa drogue. Harlee craint que l’intérêt que lui porte Stahl est plus que simplement professionnel et décide de l’espionner avec l’aide d’un vieil ami. 

Les soupçons de Wozniak le conduisent à Saperstein, ce qui oblige Harlee à convaincre Stahl d’arrêter Saperstein pour le garder hors de danger. Harlee visite son ex-conjoint violent, Miguel, qui la charge de retrouver l’homme ayant commis le meurtre pour lequel il est emprisonné.

Wozniak se sent coupable d’avoir essayé de tuer Saperstein, mais il n’a d’autre choix que de terminer ce qu’il a commencé. Harlee tente désespérément de protéger Saperstein et de garder l’unité au sein de ses collègues. 

À la suite de la mort de Saperstein, Harlee réalise que rien n’arrêtera Wozniak et décide d’aider Stahl dans son enquête. L’équipe exerce des représailles contre deux policiers qui ont harcelé la fille d’Harlee, Cristina, et son copain. Wozniak fait sentir à Loman qu’il fait partie de l’équipe.

Harlee's collaboration with Stahl (Warren Kole) uncovers Wozniak's secret relationship with Donnie.  Wozniak decides to take charge of the big job after picking up a package that turns out to be a kidnapped man.  A mysterious call to Saperstein's desk forces the crew to face their mixed feelings about their fallen friend and ultimately decide to preserve his memory.

Harlee and Wozniak secure more details on the big score and meet Donnie's silent partner, who reveals himself to be an DEA agent.  They learn the big score is an armored car heist.  Wozniak takes interest in a fellow marine veteran who is suspected of murder under dubious circumstances.

On the day of the heist, Harlee realizes she misplaced her trust in Stahl but it's too late to back down.  Harlee tries to get immunity for her crew as she participates in the heist knowing that it will lead to Wozniak's arrest.  Miguel discovers Harlee's secret.  Loman unwittingly witnesses the heist just as the exchange goes terribly wrong.

Harlee and Wozniak attempt to deal with the consequences of the heist's money disappearance. Harlee informs the FBI that she will get the money back.

Unable to provide Donnie and Linklater to the FBI, Harlee makes a deal with Stahl to exchange her own immunity for that of her crew. Harlee comes face to face with Miguel who reveals his darkest side as he demands to be a part of Cristina's life.