ヒーロー協会に所属しヒーロー活動を開始したサイタマは、いつものようにジェノスを連れて買い物へ。そこで出会ったのは、ある組織から派遣されたという巨大ロボット機神G4と、それに対峙するキングだった。二人は戦いぶりを静観し、キングの実力を見極めようとする。同じ頃、ヒーロー協会は大予言者シババワが遺したメッセージを受け『地球がヤバい予言緊急対策チーム』を発足し、賞金首や荒くれ者からも戦力を集めようとするが…。

無数に集まった賞金首たちと、A級ヒーロー３人を全滅させ、ヒーロー協会へ宣戦布告をしてみせたガロウ。ヒーロー協会のシッチは、その凄まじい戦闘力に慄く。その頃、B級７位に昇格したサイタマを手下にしようと目論む地獄のフブキ（B級１位）は、誘いに興味を示さないサイタマに超能力で襲いかかる。ジェノスはしつこくサイタマを探す音速のソニックを「変質者」と即断。渾身のマシンガンブローとソニックの奥義が激突する。

ヒーロー協会重役のゼイミートがガロウに襲われた。警戒令が出される中、協会最高顧問のナリンキとその息子ワガンマの護衛を任されたS級ヒーロー・金属バットは、急襲してきたムカデ後輩とヒトトリグサを瞬殺。しかし、災害レベル竜に指定された凶悪怪人ムカデ長老が登場。さらにはガロウもその場に現れ戦況は急転する。そんな中、サイタマはチャランコが出場するはずだった武闘大会『スーパーファイト』に、カツラをかぶり変装して出場していた…。

災害レベル虎以上の凶暴な怪人たちが、各地で同時多発的に人々を襲い始めた。苦戦を強いられるヒーローたち。一方で徒党を組んだ怪人協会はヒーロー協会重役の誘拐を狙っていた。そして、金属バットとガロウとの熾烈なバトルを見ていた怪人フェニックス男はガロウを怪人協会へ誘う。同じ頃、サイタマが出場していたスーパーファイトが開幕。並み居る猛者たちの中に、過去４連覇を果たした優勝候補、冥躰拳の使い手スイリューの姿があった。

A級ヒーロー・イナズマックスがスイリューに一撃で敗れるという波乱で幕を開けたスーパーファイト。ジェノスは観客としてサイタマの試合を待っていたが、ヒーロー協会からの一報を受け、怪人たちが暴れる市内へと急行する。各地で起こる無数の怪人たちの猛攻にヒーローたちは防戦一方。その対応に追われ混乱する協会本部。そんな中、協会最高顧問ナリンキの息子ワガンマが怪人協会に誘拐されてしまう。

サイタマ、スイリューらベスト４が出揃ったスーパーファイトは大詰めを迎えていた。各地ではタツマキ、童帝、駆動騎士らS級ヒーローたちが事態の収束に乗り出し、怪人たちの勢力を押さえ込み始めていた。しかし、その戦況を怪人協会本部から見ていた幹部・ギョロギョロと、怪人王・オロチは、S級の戦いぶりを一笑に付すのだった。一方でアトミック侍は、ガロウ捜索の協力を仰ぐため、剣聖会屈指の大剣豪たちを集めていた。

スーパーファイト決勝戦はチャランコになりすましていたサイタマの反則負けという幕切れで、スイリューの優勝が決定する。そこへ現れたのは怪人化した初代スーパーファイト王者・ゴウケツ。ゴウケツの目的はスーパーファイトに参加している武術家たちを怪人協会に加入させることだった。次々と怪人化してしまう武術家たちに、スイリューはひとり立ち向かっていく。スーパーファイトの外ではヒーローたちの善戦むなしく各地は大きなダメージを受け、怪人協会の恐るべき謀略が明らかになる…。

怪人協会随一の強さを誇るゴウケツと怪人化したバクザンによって弄ばれるスイリュー。誰の助けも得られないことを悟り、絶望の底に叩きつけられた彼の前に現れたのは、サイタマだった。ほどなくして、ギョロギョロの計画の元、怪人協会の攻撃が収束していく。スーパーファイトで特に何も得られなかったサイタマ。強すぎるが故の悩みを打ち明けるサイタマに、キングはヒーローとしての高みを諭すのだった。

「怪人協会」からヒーローたちへの挑戦状とも取れる犯行声明が出された。人質となったワガンマ救出の猶予は3日。ヒーロー協会は怪人たちとの全面対決を前に準備に追われるが、メタルナイトは作戦協力の要請を拒否する。かたや、A級ヒーローのデスガトリングら8人の実力派たちは度重なる戦いで体力の残っていないガロウの追跡をしていた。連携の取れた連続攻撃に傷だらけとなったガロウはついに包囲されるのだが…。

8人のヒーローたちによってついに追い詰められたガロウ。しかし、一度の戦いで相手の戦闘スタイルを読み切る抜群のセンスをもつガロウは反撃を開始。徐々に形勢を逆転し、ヒーロー8人を全滅させる。そこへ駆けつけたのは、新パーツを換装しパワーアップしたジェノスだった。満身創痍のガロウは容赦のないジェノスの猛攻撃を受ける…が、その時、無数の怪人協会の刺客が突如として現れ、ガロウを奪取するべくジェノスに襲いかかる！

ガロウを追っていたシルバーファングとボンブがジェノスに合流。ボンブは無数の怪人たちを旋風鉄斬拳で倒していく。既に息も絶え絶えのガロウは、かつての師匠・シルバーファングの鬼気迫る流水岩砕拳に手も足も出ない。強烈な連続攻撃を受け、意識を朦朧とさせるガロウ！　そこに急襲を仕掛けたのは災害レベル竜の大怪蟲・ムカデ長老だった。さらにキング、サイタマも参戦！　壮絶バトルはあまりに意外なクライマックスを迎える！