因為興趣而開始當英雄的男人——埼玉。在那之前，有一天他在找工作，從湊巧遇到的怪人手中救下了一個小孩，因此從小就夢想成為英雄的他，開始進行特訓，三年後他擁有了無敵的強大力量，遇到任何敵人都能一拳擊倒。可是，變成他所憧憬的英雄，原本應該每天都過得很充實的他，卻因為太過強大，常常只要一拳就結束了戰鬥，這種情況不斷地重複，對於自己絕對強大的力量，他漸漸地產生了一種空虛感。

Z市湧進了大群凶惡的蚊子，牠們會把獵物的血吸乾變成木乃伊。操控這個蚊群的是出生於「進化之家」這個神祕組織的怪人「蚊少女」。而這時，出現了一個男人跟蚊少女對抗，他的名字是傑諾斯。他是一個正義的生化人，為了與邪惡戰鬥，而自己將身體變成了機械。傑諾斯跟蚊少女拼命奮戰，結果卻陷入了性命之危，被碰巧經過的埼玉救回一命。幾天之後，傑諾斯突然前去造訪救命恩人埼玉他家，希望埼玉收他為徒。

埼玉與傑諾斯為了反過來將「進化之家」的刺客解決掉，而從其中一名刺客「裝甲猩猩」的口中問出他們組織的相關情報。進化之家的創始人吉納斯博士，擁有危險的思想，想要以人力讓人類進化，他想要研究埼玉強韌的身體，並加以利用。為了阻企他的企圖，埼玉二人靠著雙腿前往敵人的根據地。另一方面，接到裝甲猩猩的通知，吉納斯博士為了迎擊他們二人，打算釋放進化之家的終極武器。那就是太過凶暴，連吉納斯本身也無法控制的，史上最凶悍的惡魔「阿修羅獨角仙」。

自稱為桃源團的一群恐怖分子出現在F市，他們所有的成員都是光頭，而率領這一群奇形怪狀的人的，是穿著戰鬥服的巨漢「槌頭」。他的理念是「絕對不想工作」，他的目標是率領那些跟他的想法有共嗚的年輕人，實現他們的理想世界，就是讓想要工作的人養不工作的人。首先，為了做給別人看，他們準備去把城鎮裡最有錢的富豪「錢尼爾」的豪宅毀掉。但錢尼爾所雇用的保鏢，忍者「音速的索尼克」擋住了他們的去路。另一方面，埼玉從新聞裡知道桃園團的存在，因為髮型相同，埼玉怕自己也被認為是他們的同黨，所以也準備出發現去擊潰他們。

成為職業英雄第五天，埼玉沒什麼特別能做的事，在自己家裡打混渡日，但傑諾斯卻告訴他一個震憾的事實。C級英雄有基本工作量，每周都要有一次活動報告，如果沒有完成，就會從英雄名冊上除名。埼玉匆匆忙忙地趕到街上，到處尋找案件，但也沒那麼剛好就有怪人出現，時限一步步的逼近了。埼玉心情煩躁，視他為對手的音速的索尼克卻突然出現在他面前，向他提出挑戰。情況變得越來越難處理，而索尼克卻讓情況變得更加惡化，這讓埼玉十分焦躁。最後，埼玉可以保住他的英雄頭銜嗎？

Z市遇到了災害等級龍級的危機，從宇宙飛來的巨大隕石突然開始朝著Z市落下。英雄協會雖然請求S級的英雄們前去應付，但面對隕石他們也是束手無策，情況令人感到絕望。傑諾斯也被召集前往英雄協會分部，但那裡的職員全都已經去避難了，大樓只剩下一個空殼。同樣也來到那裡的S級英雄銀牙告訴傑諾斯，再這樣下去隕石將撞擊地面，毀滅Z市。傑諾斯為了守護恩師埼玉所居住的城市，決定竭盡一己之力對抗巨大隕石。

J市海邊有一群自稱是深海族的怪人上岸，開始往地面上侵襲。A級英雄莿槍俠在激烈戰鬥之後，把牠們殲滅了，但卻被之後到來的深海王一拳擊殺。埼玉跟傑諾斯看到新聞報導之後，急忙趕往J市，可是他們不但一直無法確定深海王在哪裡，二人還意外的分散了。在那當中，擋在深海王前面的是一名身穿囚服的巨漢，以及應該還在服刑的音速的索尼克。另一方面，C級英雄無照騎士也騎著愛車正義號，拼命地趕往現場。

受到深海王的襲擊，災害避難所裡陷入一片恐懼，這時傑諾斯獨自一人出現了。他那與深海王戰得難分高下的英姿，讓避難所的人們感到興奮激動，但傑諾斯為了保護一個孩子，而被深海王所噴出的溶液擊中，形勢一舉惡化。就在深海王要給傑諾斯無情的最後一擊時，另一位英雄出現了，但那是無照騎士。身為C級英雄的無照騎士，跟深海王的實力相差太大，使得人們感到很失落。但即使如此，無照騎士仍是勇敢地前去與深海王對抗。

S級英雄們突然接到緊急召喚。埼玉與傑諾斯剛好前去拜託銀牙的道館，也跟銀牙一同前去。來到位於A市的英雄協會總部，各個傑出的S級英雄都已經集結於會議室。而在他們面前，英雄協會的幹部開口了，說預言百分之百會命中的先知席芭芭瓦，在預言半年以內「地球有難了」之後，就過世了。正當會議室裡的氣氛緊張的時候，總部的大樓發出巨大聲響並劇烈震動，四周被黑暗所包圍。不久，切換到緊急電源之後，在會議室等待著他們的是，剛剛那一瞬間A市已近乎完全毀滅的這個事實。

戰鬥員梅爾薩加德，從飛到A市上空的巨大太空船當中，降落到地面，並一腳踢開了A級英雄居全鐵。原子武士、金屬球棒、銀牙，與水嫩嫩囚犯等S級英雄前去應戰，但梅爾薩加德的肉體，受到攻擊也會立刻再長出來，無法對他造成致命的傷害，他們陷入了苦戰。另一方面，埼玉一個人進入大太空船內部，橫掃敵軍破壞船艦內部，同時朝著中樞部位走過去。敵方幹部格流剛許普，對埼玉的暴行感到憤怒，他為了扭轉這個局面，決定再次轟炸地面。城市瞬間被毀，這種惡夢般的慘劇再度威脅著A市。

戰慄的龍卷藉著強大的超能力，將敵人的轟炸全都反彈回去。激戰之後，原子武士等人發現強敵梅爾薩加德的弱點，地面上的情況漸漸地開著收尾。然而，當全世界屏氣凝神抬頭往上看著太空船時，在太空船內部，埼主正在跟黑暗盜賊團「黑暗物質」的頭目波羅斯對峙。太過強大的波羅斯，為了尋求能與他勢均力敵的對手，千里迢迢地來到地球。對面這個可以稱得上是宿命對手的敵人，埼玉這次可以認真以待了嗎？事關人類存亡的一場鏖戰，終於燃起了戰火。