עונה שנייה למותחן הריגול בכיכובו של זוכה האוסקר, ג'יי.קיי. סימונס. הפעם, אנחנו מוצאים את שני ההאוורדים כל אחד בעולמו של השני. מאחר שהמעבר בין העולמות נחסם לאחר אירועי טרור, הם נאלצים להסתגל לחיים בעולם המקביל.

הווארד כלוא בצד השני ושם נאמנותו עומדת למבחן. אמילי מנסה לבקר את הווארד בכלא והבקשות שלה שנדחות מובאות לתשומת לב ההנהלה שמטילה עליה משימה.

הווארד מועבר אל כלא מסתורי בשם אקו. ביקור לא צפוי מעורר באמילי זיכרונות מחייה הקודמים. אמילי האחרת ושו מגלים שמערימים עליהם קשיים בחקירה.

הווארד, קווייל וקלייר פועלים יחד כדי להתגבר על אויב משותף. אמילי פותחת בחקירה על האחרת שלה. ובאקו, יאנק מתחיל לחקור את עברו של הווארד.

פיטר שולח את הווארד שיטפל בעציר, אלא שאז הכל מסתבך. מישהו מעברה של קלייר יוצר איתה קשר. המבצע למילוט אדם מאקו נמשך.

יאנק מספר על היווצרות העולמות המקבילים ועל התהליכים שהביאו ליצירת שיטת ההתנהלות הנוכחית.

פיטר נחקר וכדי להציל את עצמו הוא מוסר מידע שמאיר אותו באור שלילי. בצד השני, אמילי מחלצת את הווארד מאקו אך מגלה שלא סיפרו לה הכל על המשימה שאליה נשלחה.

פיטר ואשתו הולכים אל מקום מסתור שמעלה בה זיכרונות והיא מתחילה לספר לו על עברה. בינתיים, אמילי נזכרת בדברים נוספים ונעזרת בהווארד, כדי לגלות מה ההנהלה מתכננת לעשות.

קלייר ופיטר מספרים לחוקרת על החשדות של קלייר בפעולה שמירה מתכוונת לבצע. אמילי דואגת לכך שהווארד יוחזר לעולמו.

בפרק האחרון לעונה, מירה מוציאה לפועל את החלק האחרון בתוכנית שלה. קלייר נשלחת לברר מה בדיוק אינדיגו זוממים לעשות.