伊莉雅等人快乐的暑假突然迎来了结束。对于与在圆藏山刻下的第8张职阶卡片的英灵的战斗的抓痕一夜之间消失，有可疑的想法。赶去现场的伊莉雅她们，与谜之少女们相遇，少女们还对美游说“我们来迎接您了”……。在激烈的战斗中，伊莉雅被不可思议的光芒包围。之后，醒来发现在真冬的冬木市！？

恩兹华斯的Dolls之一，碧儿翠丝，谜之少女，向田中和伊莉雅袭击。被压倒性的力量逼进绝路的两人，在万事休矣的时刻，碧儿翠丝被什么人召回了，两人才摆脱困境。之后肚子饿的伊莉雅和田中被可疑的拉面店主卷进了新的危机。没有，钱！？拯救那样的危机的意外人物出现了？

在吉尔的引导下，伊莉雅和田中一起成功潜入爱因兹华斯的宅邸。目标是前往美游被幽禁的房间。而在那阻挡她们的是，碧儿翠丝和安洁莉卡。在穷途末路的情况下，伊莉雅成功与魔法红宝石命运般地再会。伊莉雅再次取回魔法少女之力，为了拯救美游而振奋起来！

因为小黑的狙击，成功击退了碧儿翠丝一行人，一时撤退回恩兹华斯的宅邸，巴泽特她们以学校的建筑作为据点以便恢复体力。但是，伊莉雅还找不到向拥有Archer“吉尔伽美什”、Berserker“雷神托尔”的卡片的敌人对抗的计策，而感到失落。对着那样的她，小黑突然持着双剑朝伊莉雅袭击……！？

巴泽特布置了结界，应该能防止Dolls们的急袭。但是，伊莉雅目击到了名为艾莉嘉的幼女想侵入学校。艾莉嘉不知何故称伊莉雅为“姐姐”，于是两人一眨眼间就变得融洽起来。此中，自称艾莉嘉的父亲的男人出现了。这个看似温柔的男人，说是来接艾莉嘉的…！？

来迎接艾莉嘉的男人，自称大流士，恩兹华斯家的当家，正是掳走美游的罪魁祸首。大流士有着强大的力量，现出了冰之结界型宝具。小黑即便用螺旋剑破坏结界，也无法造成一点伤害，然后大流士对伊莉雅说了一些冲击性的话语……！？

伊莉雅被捕捉到恩兹华斯宅邸内的地下牢笼。艾莉嘉想满足美游“想在伊莉雅身边”的愿望，把伊莉雅的意识从人体转移到熊布偶当中。因为天性的幻想和鼓动，伊莉雅掌握了动作的自由，但为了找回自己的身体，在屋子里到处寻找的途中，却意外遇到了碧儿翠丝……。

带着蓝宝石以熊玩偶的姿态变身为魔法少女的伊莉雅，与被替换意识的凛和露维亚展开激励的攻防战，并进入到艾莉嘉和安洁莉卡都在的寝室当中。为了取回本来的身体，与安洁莉卡对峙的伊莉雅得知了美游背后的真相。

牺牲美游，拯救世界……。恩兹华斯的真正目的，以美游作为圣杯祈求人类被拯救。伊莉雅陷入了意外的展开。及时赶来的小黑，果断认为比起拯救平行世界，美游更重要。另一方面伊莉雅，想到美游和世界被放在了天平上，无法做出选择……。

美游和世界，双方都要救！！为了实现那样的伊莉雅的愿望，必须从恩兹华斯的手中夺回美游。被迫展开激烈的战斗的伊莉雅恢复原样，隐身的吉尔和巴泽特为推翻劣势而现身。终于伊莉雅和美游再会的时刻来临。

率领无数漆黑的英灵，朱利安打算再次得到美游。另一方面，从牢笼中被解放的美游的哥哥·卫宫士郎，为了保护美游使用投影魔术，朝着朱利安而去。士郎的刀刃正要向朱利安飞去的时候，在前方阻拦的是，称呼士郎为“前辈”的一个少女。

从圣杯中溢出的泥沼英灵袭击伊莉雅等人。变身为Saber的伊莉雅即便使出浑身解数放出了Excalibur，也无法铲除掉那些不祥的存在。伊莉雅虽然无法打破局面，但为了救出美游和拯救平行世界的未来，她并没有放弃，其双眸一直在凝视着未来。