立花响和雪音克利斯保护的列车遭遇了Noise军队的袭击，被夺走了所罗门之杖和威尔博士，而玛利亚和风鸣翼开始了盛大的演唱会，途中玛利亚突然召唤了大量Noise军队进入会场，通过直播代表名为菲尼的组织向全世界开战。

在玛利亚和风鸣翼激战中，两人的伙伴调、切歌和响、克丽丝分别加入战局，玛利亚三人释放出了最终手段增值分裂类型的怪物后离去，风鸣翼三人不得已使用了绝唱成功击败了怪物。

风鸣翼三人进入了菲尼的基地，却被无限重生的Noise军队阻拦陷入苦战，然而威尔博士的现身震惊了三人，原来当初的袭击，只是威尔博士为了夺取所罗门之杖自导自演的戏而已。

突然出现的玛利亚夺走了装有Nephilim的箱子并与风鸣翼展开激战，风鸣翼再次被击败，响与克丽丝也被调和切歌击败，玛利亚三人带着威尔博士成功返回基地。

切歌和调接受了盗取由圣遗物碎片制成的项链的任务潜入风鸣翼三人的学院，在校园祭上向克丽丝发起挑战，与此同时美国军队入侵了菲尼基地却被威尔博士召唤的Noise消灭，在撤退之前菲尼基地与风鸣翼三人展开了决斗，威尔博士释放出的Nephilim快速的击败了风鸣翼三人，立花响的左臂也被Nephilim咬断吞噬.....

吞噬了响手臂的Nephilim进化为更强的怪物，断臂的响在剧烈的刺激下进入黑化模式秒杀掉了进化后的Nephilim，威尔博士在调和切歌的帮助下返回了菲尼基地...

响在路上遭遇了威尔博士，在威尔博士即将被响抓住时，调与切歌阻挡住了响，威尔博士却趁机给调与切歌注射了Linker，失控的调与切歌施展了绝唱后却被命令撤回基地。失控后的响再次陷入昏迷...在调和切歌外出时，在意外之下切歌发现了自己才是真正的菲尼...

威尔博士使用神兽镜试图解除Frontier被施加的封印却遭遇失败，随后纳兹塔夏教授与美国政府言和，在交出资料后美国政府却试图消灭纳兹塔夏教授和玛利亚，却被威尔博士召唤出的Noise消灭。

支援来的克丽丝和风鸣翼击败了Noise军队，玛利亚带着纳兹塔夏教授回到基地后，被威尔博士道出事情的真相。得知小日向未来未死的响振作了起来，小日向未来却是被玛利亚带回了基地，被威尔博士列入计划的一部分....菲尼基地袭击了美国军舰调为了不让玛利亚难受而出击消灭了Noise军队，但被的切歌注射了Anti-Iinker。风鸣翼和克丽丝制服了调和切歌试图寻找威尔博士，却发现威尔博士释放出了的被改造后的小日向未来！

改造后的小日向未来和克丽丝展开激战，克丽丝不敌小日向未来，再被击败前被风鸣翼救下，调却背叛了菲尼基地，威尔博士出现后释放了Noise军队重创了美国海军，这时第二组的基地出现在战场附近。

威尔博士成功解除了封印释放了Frontier，克丽丝偷袭重创了风鸣翼，叛逃到威尔博士手下，跟随菲尼基地众人进入Frontier，威尔博士将Frontier灌输进月亮，并且将月亮强行拉到地球表面....第二组众人决定攻入Frontier，风鸣翼遭到了克丽丝的拦截，切歌则拦截了调，响一人进入了Frontier。

风鸣翼与克丽丝展开了最后的决斗，而调与切歌分别注射了Linker并释放了绝唱，在战斗中切歌击碎了调的装备，调却释放出了菲尼的能力挡住了切歌的攻击。切歌在心灰意冷下准备自尽却被调用身体挡住了攻击...

响成功的融合了永恒之枪，威尔博士却趁乱逃回了Frontier，为了阻止威尔博士，响、克丽丝、风鸣翼前往Frontier核心区域摧毁炉心，威尔博士召唤的Nephilim挡住了三人的去路，随后前来支援的调、切歌、玛利亚和三人会和，六人经过苦战，成功击败Nephilim。粉碎了威尔博士的疯狂计划。