Clary devient Shadowhunter à part entière, mais elle cache un grand secret. Un démon à face de hibou s'attaque aux Terrestres. Magnus perd sa position de Grand Sorcier.

Aidé par Magnus, Alec invite sa mère à un dîner de famille. Raphael subit une perte qui lui brise le cœur. Simon essaie de pénétrer dans le royaume des Fées.

Les amis de Jace remarquent des changements perturbants dans sa personnalité. Simon trouve un colocataire idéal. Clary et Izzy poursuivent un vampire incontrôlable.

Clary demande à Cleophas de l'aider à comprendre ce qui ne va pas chez Jace. Alec apprend un secret sur le passé de Magnus. Jace se méfie du colocataire de Simon.

Magnus enquête sur une attaque démoniaque avec Clary et appelle un vieil ami à l'aide. Simon tente de se racheter auprès d'une personne qui ne veut alors plus s'en aller.

Clary doit dire la vérité concernant son vœu et tenter de retrouver Jace avant que l'Enclave mette la main sur lui. Luke et Simon cherchent la dernière victime de Lilith.

En attente de son jugement, Clary est emprisonnée par l'Enclave. Magnus, Alec et Isabelle essaient de sauver Jace. Simon en apprend davantage sur la reine d'Edom.

Pour sauver sa vie, Clary donne à l'Enclave ce qu'elle veut, mais le résultat est catastrophique. Le passé de Simon revient les hanter, lui et sa famille.

Simon fait un choix déchirant pour protéger sa famille. Magnus appelle son père à l'aide. Les Shadowhunters se préparent à affronter Lilith.

Luke a de gros doutes sur le sort réservé à Clary. Izzy apprend quelque chose de perturbant à propos de l'Enclave. Simon essaie de retirer la marque sur son front.

Les Shadowhunters suivent Clary et Jonathan à Paris. Magnus se fait difficilement à sa nouvelle vie sans magie. Simon poursuit ses efforts pour retirer la marque.

Les souvenirs de l'emprise de Lilith sur lui hantent Jace. Clary en apprend plus sur la rune qui la lie à jonathan. Luke donne des conseils à Maia.

Le rendez-vous de Jace et Clary, interrompu par Jonathan, finit mal. Magnus fait une tentative désespérée pour récupérer sa magie. Luke est soupçonné de meurtre.

Les Shadowhunters sont à la recherche des tueurs de vampires. La rune commence à assombrir l'humeur de Clary. Magnus est reçu avec froideur à l'Institut.

N'ayant pas réussi à retirer la rune, les Shadowhunters tentent une nouvelle approche. Depuis sa transfusion magique, Magnus souffre d'effets secondaires.

Izzy et Simon commencent une mission dangereuse qui révèle la corruption au sein de l'Enclave. Clary et Jonathan se rappellent de sombres souvenirs d'enfance.

Le soir d'Halloween, la sœur de Simon entretient une vieille tradition. Clary souffre d'être séparée de Jace. Alec doit prendre une décision importante concernant Magnus.

Rongée par la rune, Clary fuit avec Jonathan jusqu'à un club de Créatures obscures où ils espèrent obtenir l'Étoile du matin. Izzy essaie de reforger Glorieuse.

Jonathan passe un accord avec les Fées et révèle sa vraie apparence, tandis que les Shadowhunters, voulant à tout prix l'arrêter, se jettent dans le combat à Alicante.

Ayant découvert une rune qui donne accès à Edom, les Shadowhunters espèrent retrouver Magnus et le libérer avec l'aide de leurs alliés du Monde Obscur.

De retour sur Terre, les alliés affrontent une Lilith plus puissante que jamais. Jonathan prépare une série d'attaques démoniaques sur les Instituts de Shadowhunters.