Egyre több titokra derül fény, amint az Árnyvadászok és az Alvilágbeliek megpróbálnak visszatérni a normális állapotba Valentine halálát követően. Clary egyre nehezebben tartja magában a Raziel kívánságával kapcsolatos titkot, miközben Alec mindent megtesz annak érdekében, hogy kiszedje Jace-ből, amit ő és Clary titkol. Luke-nak hajthatatlannak kell lennie, hogy a titka rejtve maradjon Ollie előtt, aki mindent megtesz, hogy válaszokat találjon a kérdéseire. Mindeközben Lilith elkezdi megvalósítani tervét New Yorkban, amíg Simon a tündérbíróságon tölti idejét.

Az Intézetet magasabb szintű démonok tartják ostrom alatt, a feszültség pedig a tetőfokára hág az Árnyvadászok és a boszorkányvadászok között, amint Alec megpróbálja az irányítása alatt tartani a kialakult helyzetet.

Simon megpróbál bejutni a tündérek birodalmába, miközben Raphael súlyos veszteséggel kénytelen szembenézni. Jace gyanakodni kezd azzal kapcsolatosan, hogy ki is lehet ez az új, ismeretlen magasabb szintű démon, aki a Bagoly becenevet kapta. Alec családi vacsorát szervez Magnus segítségével.

Alec mindent belead, hogy megtalálja a Baglyot. Jace aggódni kezd, hogy a hallucinációi esetleg a múltjában gyökereznek, és Luke-hoz fordul tanácsért.

Az Intézet elleni elsöprő támadást követően az árnyvadászok komoly veszteségeket szenvednek. Clary drasztikus eszközökhöz nyúl, hogy meg tudja akadályozni a tragédiát.

Clary összefog Magnus-szal, hogy kinyomozzák a démonok legutóbbi támadását. Simon megdöbben, amikor meglátogatja valaki, akiről soha nem gondolta volna, hogy újra látja az életben, és akinek most nem nagyon akaródzik továbbállni. Mindeközben Izzy komolyan aggódik a vacsora miatt, amit a családjával és egy különleges vendéggel együtt kellene eltöltenie, Luke pedig megpróbál segíteni Maryse-nek.

Clarynek be kell vallania az igazságot kívánságáról, és meg kell találnia Jace-t, mielőtt a Klávé karmai közé kerül. Luke és Simon Lilith legújabb áldozata után kutat.

Clary az ítéletre vár a Klávé fogságában. Magnus, Alec és Isabelle mindent megtesz Jace megmentéséért. Simon megtudja az igazat Edom királynőjéről.

Clary, életbenmaradásáért cserébe felajánl valamit a klánnak, de ez katasztrofális eredménnyel jár. Simon múltja visszatér őt és családját kísérteni.

In the climactic mid-season finale, the team scrambles to find a way to put a stop to Lilith’s plan coming to fruition. But going up against their biggest opponent yet, their odds are not looking good. Meanwhile, Simon makes a heartbreaking choice with Isabelle’s help and Magnus reconnects with a powerful person from his past.

With the loss of Clary after Lilith’s apartment exploded, Alec, Isabelle and Jace try to come to terms with what has happened. Glad to have their brother back, Alec and Isabelle are still worried about Jace, who is taking the actions of The Owl very hard. Magnus is also mourning the loss of his magic and finds himself in a new position—having to rely on others for help. Meanwhile, Maia tries to help a devastated Simon who has lost his family and his best friend. But unknown to everyone, Clary is alive and finds herself in a new and dangerous predicament.

Simon is determined to get rid of the Mark of Cain and, with Isabelle’s help, tries to track down New York’s oldest vampire to get more information on the mark. Now in Paris, Clary desperately tries to find an escape from her current situation. Meanwhile, with his new sense of mortality, Magnus tries to live life to the very fullest.

Jordan and the Praetor try to track down Heidi, while the Shadowhunters try to locate Jonathan. Meanwhile, Luke looks to Maryse for help and Isabelle gets a possible lead on information on what is really going on in the Clave prisons.

Continuing to track down information on the rumors about misconduct at The Clave’s downworlder prison, Isabelle asks Alec for help. Meanwhile, Magnus succumbs to asking Lorenzo for a favor and Jace takes Clary on a special date.

As the saying goes, “rules are made to be broken.” But what if the rules are there for a reason? Several members of the team must examine the reasoning behind certain rules after consequences to questionable actions come to light. Whether the rules were broken because of love, loyalty or revenge, does the end justify the means?

Clary and Jace come up with a risky plan to get rid of her twinning rune, which may bring an old enemy back into the fray. Meanwhile, Alec is worried about Magnus.

Simon and Izzy team up on a secret mission to figure out what the Clave is hiding. Meanwhile, Clary is conflicted about Jonathan as the Shadowhunters try to get answers.

To try and save Clary from Jonathan, Jace goes undercover. Back at the Institute, Isabelle, Simon and Luke race to find a way to finally destroy Clary’s bond with Jonathan. With time running out, can Isabelle create the solution before Jace’s cover is blown?

Alec, Jace and Isabelle make a plan to finally get Clary back and stop Jonathan—much to Luke’s and Simon’s chagrin. Meanwhile, an emotionally raw Magnus struggles to deal with his father’s reappearance and Maia must make a tough decision that could affect the rest of her life.

Clary comes up with a plan that will bring Shadowhunters and Downworlders together, as Alec struggles for a way to help Magnus.

Jonathan begins his reign of vengeful terror as the Shadowhunters try to find a way to stop him. With only one hope, Clary must make a sacrifice that could have long-lasting implications for all. Meanwhile, wedding bells are in the air for one special couple.