Jocelyn si ricongiunge alla famiglia, mentre Clary e il nuovo leader dell'Istituto non sono d'accordo se salvare Jace da Valentine, che rivela un oscuro segreto.

Valentine escogita un nuovo modo per conquistare Jace, mentre Simon chiede aiuto a Magnus. Clary fatica a destreggiarsi tra la vita attuale e quelle passate.

Alec è in pericolo di vita. Jace corre a salvare il suo parabatai. Le forze del Mondo Invisibile e di quello dei Mondani insorgono contro i guerrieri.

Jace rimane prigioniero nella Città di ossa e Clary si lancia alla caccia di un demone entrato nell'Istituto. Il Clave ordina un cambiamento radicale per Jocelyn.

Mentre il devastante attacco all’Istituto lascia gli Shadowhunters scossi e feriti, Clary ricorre a misure estreme per capovolgere una situazione tragica.

Clary e Izzy vanno alla Cittadella per consultare una setta di Shadowhunters fabbricatrici di armi che potrebbero sapere qualcosa della Spada dell'anima.

La presenza di sua sorella al Jade Wolf fa discutere Luke con Clary sulle prossime mosse, mentre Simon riceve consigli inaspettati su come incontrare l'anima gemella.

Alec organizza la Cerimonia della runa per il piccolo Max, ma le tensioni fra gli Shadowhunters portano a una serata di dolorose rivelazioni.

Clary deve fare i conti con l'ostilità dei Nascosti e l'attivazione del patto di sangue di Iris, mentre il legame tra Isabelle e Raphael si fa più stretto.

Valentine mette in atto il suo piano per la Spada dell'anima. Intanto gli Shadowhunters cercano di conquistare il mondo dei Nascosti e Clary si trova in pericolo di vita.

Dopo che Valentine ha devastato l'Istituto, gli Shadowhunters in lutto devono affrontare un demone ancora più potente che attacca New York.

Mentre Valentine e Magnus cercano di evadere di prigione, Jace combatte con la sua nuova identità e gli Shadowhunters affrontano una possibile rivolta dei Nascosti.

La morte improvvisa di molti Shadowhunters costringe la direzione dell'Istituto a considerare una reazione controversa alla violenta rivolta dei Nascosti.

Clary, Jace e Simon si dirigono alla Corte Seelie per interrogare la regina delle fate, mentre Alec stipula un accordo di pace con i Nascosti.

Simon si sveglia non ricordando nulla della notte precedente e con un'accusa di omicidio. Alec trasferisce Valentine a Idris e qualcuno dal passato di Sebastian riappare.

Visti gli eventi dell'ultimo anno, Simon cerca di osservare il Giorno dell'Espiazione della religione ebraica, mentre Clary e Jace arrivano a Idris in cerca di Valentine.

Mentre gli Shadowhunters cercano il terzo e ultimo Strumento mortale, Clary scopre che suo fratello Jonathan lavora per Valentine.

Dopo un'aggressione, gli Shadowhunters scoprono dove si trova Jonathan Morgenstern, che è molto più vicino di quanto non immaginassero.

Dopo anni di diffidenza, i Nascosti si uniscono per staccarsi dal Clave e dare la caccia ai fuggitivi da soli, decisione che potrebbe innescare una guerra.