Jocelyn retrouve enfin sa famille. Clary et le nouveau chef de l'Institut s'opposent quant à la mission de sauvetage de Jace. Valentin révèle un lourd secret.

Valentin trouve une autre méthode pour convaincre Jace, Simon demande de l’aide à Magnus, et Clary cherche l’équilibre entre sa nouvelle et son ancienne vie.

Alec en danger de mort, Jace se précipite pour sauver son parabatai mais des forces ennemies émergent de tous les mondes et s'acharnent violemment contre les guerriers.

Jace reste prisonnier dans la Cité Silencieuse, Clary traque un démon entré dans l'Institut, et l'Enclave ordonne un changement radical pour Jocelyne.

Les Shadowhunters sont toujours sous le choc après une attaque sur l'Institut qui les a laissés meurtris, et Clary met tout en œuvre pour éviter une tragédie.

Clara et Izzy vont à la Citadelle pour rencontrer une secte guerrière qui fabrique toutes les armes des Shadowhunters et en sait peut-être plus sur l'Épée Mortelle.

Clary et Luke ne sont plus d'accord sur ce qu'il convient de faire quand la sœur de Luke apparaît. Une personne inattendue conseille Simon sur sa vie amoureuse.

Alec prépare la cérémonie des runes pour son frère Max, mais la tension monte au sein des Shadowhunters et des révélations douloureuses se font entendre.

Clary doit affronter l'hostilité des créatures obscures et l'activation du pacte de sang d'Iris. Isabelle et Raphael se rapprochent.

Alors que Valentin met en œuvre son plan concernant l'Épée Mortelle, les Shadowhunters se hâtent de prendre le Monde Obscur, et la vie de Clary est en danger.

Endeuillés par la terrible attaque de Valentin sur l'Institut, les Shadowhunters sont maintenant forcés de combattre un démon encore plus vil qui attaque New York.

Valentine et Magnus tentent de s'échapper de prison, Jace se démène avec sa nouvelle identité et les Shadowhunters doivent envisager une révolte des créatures obscures.

La mort subite de quelques Shadowhunters force les dirigeants de l'Institut à envisager un mode de défense discutable contre la violente révolte des créatures obscures.

Clary, Jace et Simon se rendent à la cour des Lumières pour poser leurs questions à la reine des fées, tandis qu'Alec passe un accord de paix avec les créatures obscures.

Sans aucun souvenir de la soirée précédente, Simon se réveille suspecté de meurtre. Alec envoie Valentin à Idris, et une personne du passé de Sebastian ressurgit.

Après les événements de l'année passée, Simon aimerait suivre les traditions de Yom Kippour, tandis que Clary et Jace se rendent à Idris à la recherche de Valentin.

Alors que les Shadowhunters se hâtent de trouver le troisième et dernier Instrument Mortel, Clary comprend que son frère Jonathan travaille pour Valentin.

Après une attaque, les Shadowhunters, sur le qui-vive, sont sur le point de coincer Jonathan Morgenstern, qui se trouve bien plus près qu’ils ne l’auraient cru.

Les créatures obscures combattent une armée de démons libérés par une faille dimensionnelle qui leur impose un choix : défendre New York ou repousser Valentin.